Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi19g0190 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cca09g01836 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0191 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cca09g01834 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0192 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0193 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva09g00893 Bva09g00893 . . . Cca09g01833 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0194 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lja3g4854 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0195 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva09g00892 Bva09g00892 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0196 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0197 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0198 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Arst3g01950 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lal11g1447 . . . . . . . Lapu5g00818 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Pvu11g1436 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Vivi7g01313 . .
Vvi19g0199 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Arst3g01949 . . . . . . . . . . . . . . . . . . Gma06g02146 . . . Gso6g1977 . . . . . . . . . . . . . . . . Lapu5g00819 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Pvu11g1437 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Arst Arst3g01950 Chr3 23106214 23107701 -
Vivi Vivi7g01313 Chr7 67492515 67494044 -
Vvi Vvi19g0190 Chr19 2150884 2151213 -
Cca Cca09g01836 Chr09 43101876 43102352 -
Vvi Vvi19g0191 Chr19 2155950 2157323 -
Cca Cca09g01834 Chr09 43075762 43077794 +
Vvi Vvi19g0192 Chr19 2170949 2173503 +
Vvi Vvi19g0193 Chr19 2189219 2190597 -
Bva Bva09g00893 Chr09 4614254 4614646 -
Bva Bva09g00893 Chr09 4614254 4614646 -
Cca Cca09g01833 Chr09 43068474 43072191 +
Vvi Vvi19g0194 Chr19 2195915 2196499 +
Lja Lja3g4854 Chr3 90601675 90604712 -
Vvi Vvi19g0195 Chr19 2202787 2203758 +
Bva Bva09g00892 Chr09 4613265 4614021 -
Bva Bva09g00892 Chr09 4613265 4614021 -
Vvi Vvi19g0196 Chr19 2206227 2207558 +
Vvi Vvi19g0197 Chr19 2211413 2213613 -
Vvi Vvi19g0198 Chr19 2219868 2220233 +
Arst Arst3g01950 Chr3 23106214 23107701 -
Lal Lal11g1447 Chr11 17817697 17819841 -
Lapu Lapu5g00818 Chr5 8411636 8413176 +
Pvu Pvu11g1436 Chr11 32882773 32884119 -
Vivi Vivi7g01313 Chr7 67492515 67494044 -
Vvi Vvi19g0199 Chr19 2231065 2232444 +
Arst Arst3g01949 Chr3 23089692 23091276 -
Gma Gma06g02146 Chr06 38160172 38161764 -
Gso Gso6g1977 Chr6 34457314 34458977 -
Lapu Lapu5g00819 Chr5 8429710 8430755 +
Pvu Pvu11g1437 Chr11 32937479 32939130 -