Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
Valid last name is required.
    
Valid last name is required.
    
Valid line number is required.
Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi4g0904 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g0905 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g0906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva04g03431 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g0907 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g0908 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g0909 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g0910 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g0911 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g0912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mal1g1285 . . . . . . . Mtr1g2812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Tpr1g1599 . . . Tsu01g03301 . . . . . . . . . . . .
Vvi4g0913 . . . . . Adu06g00256 . . . . . . . . . . . . . . . Arst9g02119 . . . . Bva13g03506 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lapu6g01996 . . . . . . . . . . . Lja5g1629 . . . Mepo3g04153 . . . . . . . . . Phco11g01299 . . . . . Pste5g03362 . . . . . Pumo5g03841 . Pvu6g1121 . Rops8g04175 . Seca8g06203 . Spst6g00512 . . . . . . . . . . . Vian6g01002 . . . Vimu2g01620 . Viun6g01695 . . . .
   
Previous Page 503 of 2817 Next

DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi4g0904 Chr4 14086517 14096086 +
Vvi Vvi4g0905 Chr4 14102599 14110792 +
Vvi Vvi4g0906 Chr4 14126029 14128649 -
Bva Bva04g03431 Chr04 27263204 27267211 -
Vvi Vvi4g0907 Chr4 14148780 14153582 -
Vvi Vvi4g0908 Chr4 14183044 14183364 +
Vvi Vvi4g0909 Chr4 14185597 14185830 +
Vvi Vvi4g0910 Chr4 14226255 14228871 -
Vvi Vvi4g0911 Chr4 14265039 14265273 -
Vvi Vvi4g0912 Chr4 14265392 14267197 -
Mal Mal1g1285 Chr1 16413834 16418358 +
Mtr Mtr1g2812 Chr1 39292909 39297421 +
Tpr Tpr1g1599 Chr1 14923337 14928141 -
Tsu Tsu01g03301 Chr01 40910003 40914257 +
Vvi Vvi4g0913 Chr4 14284402 14285962 -
Adu Adu06g00256 Chr06 3139174 3142626 +
Arst Arst9g02119 Chr9 66290089 66295546 +
Bva Bva13g03506 Chr13 23818238 23821878 -
Lapu Lapu6g01996 Chr6 19765176 19768663 +
Lja Lja5g1629 Chr5 17488230 17491821 -
Mepo Mepo3g04153 Chr3 50620481 50623640 -
Phco Phco11g01299 Chr11 9760029 9764183 +
Pste Pste5g03362 Chr5 26840074 26843415 -
Pumo Pumo5g03841 Chr5 88335750 88336304 -
Pvu Pvu6g1121 Chr6 22324470 22328681 -
Rops Rops8g04175 Chr8 84063059 84068122 -
Seca Seca8g06203 Chr8 156020095 156024856 +
Spst Spst6g00512 Chr6 4703794 4706444 -
Vian Vian6g01002 Chr6 27293073 27295638 -
Vimu Vimu2g01620 Chr2 11481019 11484033 +
Viun Viun6g01695 Chr6 24562023 24565788 -