Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi3g1203 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva13g00886 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lja4g4027 Mal7g3808 . . . . . . . Mtr4g3177 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sto13g2526 Tpr3g1647 . . . Tsu02g01615 . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1204 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1205 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva13g00887 Bva14g01062 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sto13g2527 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1206 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cca08g01217 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mal4g4914 . . . . . . . Mtr2g0129 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Tpr2g2890 . . . Tsu08g04356 . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1207 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1208 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1209 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1210 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1211 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1212 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi3g1203 Chr3 17278323 17287592 +
Bva Bva13g00886 Chr13 4144443 4147900 +
Lja Lja4g4027 Chr4 73301528 73305547 -
Mal Mal7g3808 Chr7 103839005 103841412 -
Mtr Mtr4g3177 Chr4 45203964 45207404 -
Sto Sto13g2526 Chr13 31429088 31432682 +
Tpr Tpr3g1647 Chr3 14719944 14723489 +
Tsu Tsu02g01615 Chr02 14272902 14276657 +
Vvi Vvi3g1204 Chr3 17294581 17304951 -
Vvi Vvi3g1205 Chr3 17343699 17348912 -
Bva Bva13g00887 Chr13 4148128 4150584 -
Bva Bva14g01062 Chr14 5098842 5101041 -
Sto Sto13g2527 Chr13 31433396 31435346 -
Vvi Vvi3g1206 Chr3 17373374 17375164 +
Cca Cca08g01217 Chr08 35589464 35595719 +
Mal Mal4g4914 Chr4 128817747 128825037 -
Mtr Mtr2g0129 Chr2 1358727 1361081 +
Tpr Tpr2g2890 Chr2 33404301 33406915 -
Tsu Tsu08g04356 Chr08 61449200 61453208 -
Vvi Vvi3g1207 Chr3 17380214 17380348 +
Vvi Vvi3g1208 Chr3 17385158 17386195 -
Vvi Vvi3g1209 Chr3 17394323 17398142 +
Vvi Vvi3g1210 Chr3 17403327 17403903 -
Vvi Vvi3g1211 Chr3 17428872 17429383 -
Vvi Vvi3g1212 Chr3 17433328 17433994 +