Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi3g1293 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1294 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1295 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1296 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1297 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1298 . . . . Adu04g00082 . . . . . . . . . . . . . . . Arst4g00130 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lapu6g02945 . Lasa5g02414 . . . . . . . . . . . . . Mepo3g06034 . Mesa9g03580 . . . . . Phac6g00107 . . . . . . . . . . . . . . . Pvu6g0033 . . . . . . . . . . . . . Trre5g02408 . . . . . . . . . . . Vivi3g03659 . . .
Vvi3g1299 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1300 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1301 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lapu6g03066 . Lasa5g02419 . . . . . . . . . . . . . Mepo3g06040 . Mesa9g03572 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Pvu6g0037 . . . . . . . . . . . . . Trre5g02395 . . . . . . . Vimu2g02759 . . . . . . .
Vvi3g1302 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi3g1293 Chr3 18846514 18863031 +
Vvi Vvi3g1294 Chr3 18864770 18865390 +
Vvi Vvi3g1295 Chr3 18895490 18896431 +
Vvi Vvi3g1296 Chr3 18899577 18900068 -
Vvi Vvi3g1297 Chr3 18906550 18917166 +
Vvi Vvi3g1298 Chr3 18922048 18923460 -
Adu Adu04g00082 Chr04 870559 879094 +
Arst Arst4g00130 Chr4 844921 848086 +
Lapu Lapu6g02945 Chr6 36441729 36445725 -
Lasa Lasa5g02414 Chr5 477506327 477509922 +
Mepo Mepo3g06034 Chr3 74622827 74626545 +
Mesa Mesa9g03580 Chr9 67012533 67015034 -
Phac Phac6g00107 Chr6 1195181 1196260 +
Pvu Pvu6g0033 Chr6 1040878 1043253 +
Trre Trre5g02408 Chr5 18588653 18591128 -
Vivi Vivi3g03659 Chr3 61981395 61982808 -
Vvi Vvi3g1299 Chr3 18931865 18934342 -
Vvi Vvi3g1300 Chr3 18936110 18937357 -
Vvi Vvi3g1301 Chr3 18943192 18943821 +
Lapu Lapu6g03066 Chr6 41778869 41779922 +
Lasa Lasa5g02419 Chr5 477718791 477719945 +
Mepo Mepo3g06040 Chr3 74695674 74697587 +
Mesa Mesa9g03572 Chr9 66918509 66920392 -
Pvu Pvu6g0037 Chr6 1376123 1378343 -
Trre Trre5g02395 Chr5 18452921 18454684 -
Vimu Vimu2g02759 Chr2 25040162 25042485 +
Vvi Vvi3g1302 Chr3 18962501 18963365 -