Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi18g2056 . . . . . . . . . . . Ahy17g0285 . Aip07g00207 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2057 . . . . . . . . . . . Ahy17g0284 . Aip07g00206 . . . . . . . Arst4g03667 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Pvu8g2824 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Vimu1g00733 . . . . . .
Vvi18g2058 . . . . . Adu03g01079 . . . . . . . . . . . . Apr8g1657 . . Arst3g01374 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Phac11g00004 . Phco9g00037 . . . . . Pste1g00014 . . . Pte17g00016 . Pumo11g02331 . Pvu11g0002 . Rops3g00003 . . . Spst11g00265 . . . . . . . . . . . . . . . . . Viun11g03079 . . . .
Vvi18g2059 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2060 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2061 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2062 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2063 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2064 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi18g2056 Chr18 28510764 28511552 +
Ahy Ahy17g0285 Chr17 2711094 2713877 +
Aip Aip07g00207 Chr07 1780832 1783771 +
Vvi Vvi18g2057 Chr18 28516219 28527002 +
Ahy Ahy17g0284 Chr17 2692445 2695219 +
Aip Aip07g00206 Chr07 1763266 1766040 +
Arst Arst4g03667 Chr4 115599913 115608213 -
Pvu Pvu8g2824 Chr8 58293939 58296691 -
Vimu Vimu1g00733 Chr1 4759736 4762540 -
Vvi Vvi18g2058 Chr18 28531644 28533656 +
Adu Adu03g01079 Chr03 11457593 11459088 +
Apr Apr8g1657 Chr8 26754780 26761866 -
Arst Arst3g01374 Chr3 11867725 11878056 -
Phac Phac11g00004 Chr11 90075 101634 +
Phco Phco9g00037 Chr9 268178 271654 +
Pste Pste1g00014 Chr1 96843 100998 +
Pte Pte17g00016 Chr17 262677 264831 -
Pumo Pumo11g02331 Chr11 56075589 56087243 -
Pvu Pvu11g0002 Chr11 15369 18318 +
Rops Rops3g00003 Chr3 84703 87342 -
Spst Spst11g00265 Chr11 8619562 8622288 -
Viun Viun11g03079 Chr11 41655666 41657032 -
Vvi Vvi18g2059 Chr18 28543000 28549108 -
Vvi Vvi18g2060 Chr18 28549322 28549849 -
Vvi Vvi18g2061 Chr18 28551071 28552051 -
Vvi Vvi18g2062 Chr18 28565997 28566296 -
Vvi Vvi18g2063 Chr18 28594157 28597171 -
Vvi Vvi18g2064 Chr18 28597269 28610553 -
Vvi Vvi18g2065 Chr18 28628582 28629416 -