Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi2g0272 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva08g00014 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sto6g3068 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi2g0273 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva08g00013 Bva11g02263 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sto6g3067 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi2g0274 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Gma05g01483 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi2g0275 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi2g0276 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi2g0277 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi2g0278 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva08g00012 Bva11g02264 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi2g0279 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva08g00011 Bva11g02265 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sto6g3065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi2g0280 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi2g0281 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva11g02266 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sto6g3064 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi2g0272 Chr2 2206447 2212006 +
Bva Bva08g00014 Chr08 86889 89851 -
Sto Sto6g3068 Chr6 37711897 37715232 -
Vvi Vvi2g0273 Chr2 2223199 2224951 +
Bva Bva08g00013 Chr08 82785 85100 -
Bva Bva11g02263 Chr11 18210800 18212855 +
Sto Sto6g3067 Chr6 37701832 37702065 -
Vvi Vvi2g0274 Chr2 2231928 2233589 -
Gma Gma05g01483 Chr05 36657016 36659582 +
Vvi Vvi2g0275 Chr2 2240211 2248221 +
Vvi Vvi2g0276 Chr2 2249340 2250006 -
Vvi Vvi2g0277 Chr2 2265423 2267057 +
Vvi Vvi2g0278 Chr2 2286157 2287242 +
Bva Bva08g00012 Chr08 77473 78915 -
Bva Bva11g02264 Chr11 18217181 18218776 +
Vvi Vvi2g0279 Chr2 2293763 2296287 -
Bva Bva08g00011 Chr08 72101 74581 +
Bva Bva11g02265 Chr11 18220024 18222388 -
Sto Sto6g3065 Chr6 37694255 37697478 +
Vvi Vvi2g0280 Chr2 2305371 2306888 +
Vvi Vvi2g0281 Chr2 2309929 2311573 +
Bva Bva11g02266 Chr11 18226147 18228726 +
Sto Sto6g3064 Chr6 37684979 37687427 -