Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi19g1060 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1061 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1062 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1063 . . . . . . Aed1g0419 . Aev10g1161 . Ahy18g1703 . Aip08g01894 . . . . . Apr2g0546 . . . . . . . Bva09g01023 Bva09g01023 . . Cca10g01269 . . . Dod10g0780 . . . . . . Gma15g02373 . . . . . . . Lal1g1575 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ssu8g1341 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1064 . . . . . . Aed1g0418 . . . . . . . . . . . Apr2g0547 . . . . . . . Bva09g01024 Bva09g01024 . . Cca10g01270 . . . . . . . . . . Gma15g02374 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ssu8g1342 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1065 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1066 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1067 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1068 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1069 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi19g1060 Chr19 15646432 15646734 +
Vvi Vvi19g1061 Chr19 15663614 15663916 +
Vvi Vvi19g1062 Chr19 15709594 15709836 -
Vvi Vvi19g1063 Chr19 15756688 15778894 +
Aed Aed1g0419 Chr1 5945064 5952355 -
Aev Aev10g1161 Chr10 15343491 15349158 -
Ahy Ahy18g1703 Chr18 50323492 50332949 +
Aip Aip08g01894 Chr08 49542059 49549603 +
Apr Apr2g0546 Chr2 6277124 6285824 +
Bva Bva09g01023 Chr09 5223663 5233919 +
Bva Bva09g01023 Chr09 5223663 5233919 +
Cca Cca10g01269 Chr10 16964608 16973567 +
Dod Dod10g0780 Chr10 23007552 23014228 -
Gma Gma15g02373 Chr15 50346588 50355691 +
Lal Lal1g1575 Chr1 18134821 18146129 -
Ssu Ssu8g1341 Chr8 25117181 25123126 +
Vvi Vvi19g1064 Chr19 15780101 15780978 -
Aed Aed1g0418 Chr1 5942502 5942922 +
Apr Apr2g0547 Chr2 6286250 6287676 -
Bva Bva09g01024 Chr09 5234251 5235263 -
Bva Bva09g01024 Chr09 5234251 5235263 -
Cca Cca10g01270 Chr10 16974775 16976759 -
Gma Gma15g02374 Chr15 50356579 50358522 -
Ssu Ssu8g1342 Chr8 25125105 25126588 -
Vvi Vvi19g1065 Chr19 15785307 15785450 +
Vvi Vvi19g1066 Chr19 15797560 15797823 +
Vvi Vvi19g1067 Chr19 15810821 15811240 +
Vvi Vvi19g1068 Chr19 15811787 15812002 +
Vvi Vvi19g1069 Chr19 15832030 15832494 +