Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi19g1220 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cca10g01357 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mal4g1890 . . . . . . . Mtr2g2293 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ssu8g1428 . . . Tpr7g3184 . . . Tsu02g03880 . . . . . . . . . . . Vra5g2322 .
Vvi19g1221 . . . . . . . . Aev10g1105 . Ahy18g1807 . Aip08g02042 . . . Amo18g2370 . . . . . . . . . . . . . . . . . Dod10g0712 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mtr2g2292 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1222 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1223 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1224 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva07g01393 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lal1g1556 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lja3g4942 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1225 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1226 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1227 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1228 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g1229 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi19g1220 Chr19 20230675 20232220 +
Cca Cca10g01357 Chr10 18978648 18981400 -
Mal Mal4g1890 Chr4 36046817 36049068 -
Mtr Mtr2g2293 Chr2 34706764 34708992 +
Ssu Ssu8g1428 Chr8 27326645 27328903 -
Tpr Tpr7g3184 Chr7 39558451 39560793 +
Tsu Tsu02g03880 Chr02 44807386 44809541 +
Vra Vra5g2322 Chr5 29992648 29994445 +
Vvi Vvi19g1221 Chr19 20238195 20240748 +
Aev Aev10g1105 Chr10 14824712 14827260 +
Ahy Ahy18g1807 Chr18 68815716 68818324 -
Aip Aip08g02042 Chr08 64948705 64951147 -
Amo Amo18g2370 Chr18 78147610 78150197 -
Dod Dod10g0712 Chr10 21750047 21752634 +
Mtr Mtr2g2292 Chr2 34690154 34692704 +
Vvi Vvi19g1222 Chr19 20270044 20270388 -
Vvi Vvi19g1223 Chr19 20274021 20274383 -
Vvi Vvi19g1224 Chr19 20288471 20290073 +
Bva Bva07g01393 Chr07 14292071 14295363 +
Lal Lal1g1556 Chr1 17889306 17892949 +
Lja Lja3g4942 Chr3 91557381 91559576 +
Vvi Vvi19g1225 Chr19 20325617 20325917 +
Vvi Vvi19g1226 Chr19 20353037 20354026 -
Vvi Vvi19g1227 Chr19 20371244 20371540 -
Vvi Vvi19g1228 Chr19 20404890 20407359 -
Vvi Vvi19g1229 Chr19 20467478 20467747 -
Bva Bva07g01393 Chr07 14292071 14295363 +