Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi18g0786 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g0787 . . . . . . . . . . Ahy17g3255 . Aip07g03539 . . . Amo17g2842 . . Apr5g1489 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Psa5g0966 . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sto5g1148 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g0788 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g0789 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Psa5g0968 . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sto5g1149 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g0790 . . . . Adu08g01014 . . . . . . . . . . . . . . . Arst8g01344 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Gma04g00400 . . . Gso4g0370 . . . . . . . . . . . . . . . . . Lasa5g03758 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Phac9g01539 . Phco7g00491 . . . . . . . . . . . Pumo10g00358 . Pvu9g0702 . . . . . Spst9g00496 . . . . . . . . . . . Vian4g02220 . Vifa2g03646 . Vimu10g03264 . . . Vivi3g01864 . . .
Vvi18g0791 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Gma06g00388 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g0792 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g0793 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g0794 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g0795 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi18g0786 Chr18 8157249 8159657 -
Vvi Vvi18g0787 Chr18 8164022 8164411 +
Ahy Ahy17g3255 Chr17 134665468 134668461 -
Aip Aip07g03539 Chr07 125403713 125408947 -
Amo Amo17g2842 Chr17 130454235 130457107 +
Apr Apr5g1489 Chr5 18857879 18861348 -
Psa Psa5g0966 Chr5 73136172 73138920 +
Sto Sto5g1148 Chr5 7661329 7663770 +
Vvi Vvi18g0788 Chr18 8166275 8168677 +
Vvi Vvi18g0789 Chr18 8172102 8173596 -
Psa Psa5g0968 Chr5 73164056 73167009 +
Sto Sto5g1149 Chr5 7666750 7677065 -
Vvi Vvi18g0790 Chr18 8181544 8185009 -
Adu Adu08g01014 Chr08 18207604 18211078 +
Arst Arst8g01344 Chr8 18183558 18187205 +
Gma Gma04g00400 Chr04 3471143 3473548 +
Gso Gso4g0370 Chr4 3396152 3398783 +
Lasa Lasa5g03758 Chr5 594878376 594880790 -
Phac Phac9g01539 Chr9 12506125 12508694 -
Phco Phco7g00491 Chr7 3598893 3601286 +
Pumo Pumo10g00358 Chr10 4712558 4715032 +
Pvu Pvu9g0702 Chr9 11639057 11639746 +
Spst Spst9g00496 Chr9 4462243 4464654 +
Vian Vian4g02220 Chr4 38972314 38983806 +
Vifa Vifa2g03646 Chr2 1063355795 1063356472 -
Vimu Vimu10g03264 Chr10 42911796 42914183 +
Vivi Vivi3g01864 Chr3 30118482 30121301 +
Vvi Vvi18g0791 Chr18 8190899 8193301 +
Gma Gma06g00388 Chr06 3354034 3356451 -
Vvi Vvi18g0792 Chr18 8196678 8199086 -
Vvi Vvi18g0793 Chr18 8201566 8203095 +
Vvi Vvi18g0794 Chr18 8215595 8217973 +
Vvi Vvi18g0795 Chr18 8220838 8221641 -