Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi4g1004 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva04g03471 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lapu1g01468 . Lasa3g02062 . . . . . . . . . Lja1g3015 . . . Mepo3g02254 . . . . . . . . . Phco3g02676 . . . Psa2g3717 . Pste5g01192 . . . . . Pumo5g00158 . Pvu8g0549 . Rops8g00978 . Seca2g00867 . Spst1g01163 . . . . . . . . . . . Vian2g00526 . Vifa5g01635 . Vimu6g00643 . Viun5g00761 . Vivi6g02984 . . .
Vvi4g1005 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva13g03550 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lja1g3014 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g1006 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g1007 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g1008 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g1009 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g1010 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g1011 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g1012 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi4g1013 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi4g1004 Chr4 16664476 16674564 -
Bva Bva04g03471 Chr04 27483303 27487260 -
Lapu Lapu1g01468 Chr1 27500509 27504164 +
Lasa Lasa3g02062 Chr3 522114549 522118405 -
Lja Lja1g3015 Chr1 36532023 36536359 +
Mepo Mepo3g02254 Chr3 32265495 32269678 -
Phco Phco3g02676 Chr3 53293962 53297590 -
Psa Psa2g3717 Chr2 397391438 397393981 -
Pste Pste5g01192 Chr5 7695661 7699539 +
Pumo Pumo5g00158 Chr5 4508466 4512588 +
Pvu Pvu8g0549 Chr8 4839408 4843253 +
Rops Rops8g00978 Chr8 20869945 20870262 +
Seca Seca2g00867 Chr2 13424711 13432420 +
Spst Spst1g01163 Chr1 13963446 13967163 -
Vian Vian2g00526 Chr2 6396566 6400153 +
Vifa Vifa5g01635 Chr5 481375055 481378979 -
Vimu Vimu6g00643 Chr6 7590187 7594027 -
Viun Viun5g00761 Chr5 4779972 4783973 +
Vivi Vivi6g02984 Chr6 117115130 117119855 +
Vvi Vvi4g1005 Chr4 16695702 16700045 +
Bva Bva13g03550 Chr13 23996715 23999783 -
Lja Lja1g3014 Chr1 36525215 36527679 +
Vvi Vvi4g1006 Chr4 16733927 16734217 -
Vvi Vvi4g1007 Chr4 16735502 16735771 -
Vvi Vvi4g1008 Chr4 16740481 16740771 -
Vvi Vvi4g1009 Chr4 16743271 16744762 +
Vvi Vvi4g1010 Chr4 16755874 16756164 -
Vvi Vvi4g1011 Chr4 16765755 16766066 -
Vvi Vvi4g1012 Chr4 16767618 16767914 -
Vvi Vvi4g1013 Chr4 16770015 16770326 -