Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi3g0563 . . . . . . . . Aev04g3292 . Ahy13g0636 . Aip03g00665 . . . Amo13g0647 . . . . . . . . . Bva13g00253 Bva14g00327 . . . . . . Dod03g3081 . . . . . . . . . . . . . Lal1g0268 . . . . . Lan13g0268 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mepo4g01257 . Mesa1g01383 . . . . . . . Phco8g03305 . . Psa6g2224 . . Pste1g03659 . . . . . . . Pvu3g0115 . . . . . Spst2g02148 . . . . . . . Trre1g01330 . . . . . . . Vimu7g00375 . . . Vivi4g03863 . .
Vvi3g0564 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g0565 . . . . . . . . . Aev05g0594 . Ahy15g0696 . Aip05g00710 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Dod02g0651 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Psa7g4271 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g0566 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g0567 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g0568 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g0569 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g0570 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g0571 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g0572 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi3g0563 Chr3 4892251 4921156 +
Aev Aev04g3292 Chr04 31984168 31984542 +
Ahy Ahy13g0636 Chr13 6634513 6636161 +
Aip Aip03g00665 Chr03 6532320 6539810 +
Amo Amo13g0647 Chr13 8029894 8031212 +
Bva Bva13g00253 Chr13 1210167 1211036 -
Bva Bva14g00327 Chr14 1627474 1628280 -
Dod Dod03g3081 Chr03 63480420 63481405 +
Lal Lal1g0268 Chr1 1574778 1577643 -
Lan Lan13g0268 Chr13 1696837 1699349 -
Mepo Mepo4g01257 Chr4 16184533 16185586 +
Mesa Mesa1g01383 Chr1 19055572 19055958 +
Phco Phco8g03305 Chr8 47704270 47705021 +
Psa Psa6g2224 Chr6 157219410 157219885 -
Pste Pste1g03659 Chr1 17535573 17536450 +
Pvu Pvu3g0115 Chr3 1043561 1044620 -
Spst Spst2g02148 Chr2 20454535 20455280 +
Trre Trre1g01330 Chr1 9946448 9946831 +
Vimu Vimu7g00375 Chr7 4234678 4235046 +
Vivi Vivi4g03863 Chr4 157994356 157995149 +
Vvi Vvi3g0564 Chr3 4923020 4926411 +
Vvi Vvi3g0565 Chr3 4928360 4930341 +
Aev Aev05g0594 Chr05 4111644 4113431 -
Ahy Ahy15g0696 Chr15 9305291 9307390 +
Aip Aip05g00710 Chr05 8979506 8981777 +
Dod Dod02g0651 Chr02 8493492 8496022 -
Psa Psa7g4271 Chr7 346988203 346990236 +
Vvi Vvi3g0566 Chr3 4933087 4933515 +
Vvi Vvi3g0567 Chr3 4941201 4941799 +
Vvi Vvi3g0568 Chr3 4941938 4942339 +
Vvi Vvi3g0569 Chr3 4947898 4950015 -
Vvi Vvi3g0570 Chr3 4954891 4955328 +
Vvi Vvi3g0571 Chr3 4958019 4959737 +
Vvi Vvi3g0572 Chr3 4959953 4962755 +