Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi18g1996 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mal2g2292 . . . . . . . Mtr3g2528 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1997 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1998 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1999 . . . . . . . . . . . . Aip09g00046 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Gma06g02842 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2000 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2001 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lasa7g00766 . . . . . . . . . . Mal7g0968 . . . . . . . Mtr4g0870 . . . . . . . . . . Pste1g04210 . . . . . . . Pvu11g2247 . . . . . . . . . . Tpr4g1082 . . . Tsu06g00803 . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2002 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2003 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2004 . . . . . . . . . . Ahy13g0928 . Aip03g01007 . . . Amo13g1090 . . . . . . . . . Bva07g00604 . . . . . . . Dod03g3315 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g2005 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Lasa Lasa7g00766 Chr7 56894413 56906707 +
Pste Pste1g04210 Chr1 26432695 26446078 +
Pvu Pvu11g2247 Chr11 50176173 50185138 +
Vvi Vvi18g1996 Chr18 27596149 27600827 -
Mal Mal2g2292 Chr2 28497227 28506705 -
Mtr Mtr3g2528 Chr3 39264385 39271288 +
Vvi Vvi18g1997 Chr18 27605341 27608757 +
Vvi Vvi18g1998 Chr18 27641256 27643249 +
Vvi Vvi18g1999 Chr18 27668163 27672912 -
Aip Aip09g00046 Chr09 381530 383669 +
Gma Gma06g02842 Chr06 52255564 52257174 +
Vvi Vvi18g2000 Chr18 27675475 27677404 -
Vvi Vvi18g2001 Chr18 27682856 27701326 +
Lasa Lasa7g00766 Chr7 56894413 56906707 +
Mal Mal7g0968 Chr7 26870010 26884178 -
Mtr Mtr4g0870 Chr4 11115930 11128016 -
Pste Pste1g04210 Chr1 26432695 26446078 +
Pvu Pvu11g2247 Chr11 50176173 50185138 +
Tpr Tpr4g1082 Chr4 10438409 10450296 +
Tsu Tsu06g00803 Chr06 7192864 7204979 +
Vvi Vvi18g2002 Chr18 27705194 27707866 -
Vvi Vvi18g2003 Chr18 27713911 27721484 -
Vvi Vvi18g2004 Chr18 27730893 27733782 -
Ahy Ahy13g0928 Chr13 9913231 9920748 -
Aip Aip03g01007 Chr03 9658447 9663138 -
Amo Amo13g1090 Chr13 13724505 13729171 +
Bva Bva07g00604 Chr07 7837406 7837903 -
Dod Dod03g3315 Chr03 65802667 65836522 -
Vvi Vvi18g2005 Chr18 27762784 27762978 -