Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi18g1946 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva07g00562 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mal7g1009 . . . . . . . Mtr4g0894 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Tpr4g1100 . . . Tsu06g00823 . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1947 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1948 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva07g00566 Bva09g02026 . . . . . . . . . . . . . Gma06g02883 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1949 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva09g02029 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Mal7g1007 . . . . . . . Mtr4g0893 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Tpr4g1098 . . . Tsu06g00822 . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1950 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva07g00568 Bva09g02030 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1951 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1952 . . . . . . . . . . . . Aip09g00047 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1953 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1954 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi18g1955 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi18g1946 Chr18 26843265 26848414 +
Bva Bva07g00562 Chr07 7390533 7393390 +
Mal Mal7g1009 Chr7 29308250 29312378 +
Mtr Mtr4g0894 Chr4 11560449 11565486 +
Tpr Tpr4g1100 Chr4 10584780 10588711 -
Tsu Tsu06g00823 Chr06 7396023 7405046 -
Vvi Vvi18g1947 Chr18 26856807 26871643 +
Vvi Vvi18g1948 Chr18 26888876 26895228 -
Bva Bva07g00566 Chr07 7425995 7435392 -
Bva Bva09g02026 Chr09 16623070 16633528 -
Gma Gma06g02883 Chr06 52610843 52618842 +
Vvi Vvi18g1949 Chr18 26914328 26916481 -
Bva Bva09g02029 Chr09 16678036 16679600 -
Mal Mal7g1007 Chr7 29227372 29230821 +
Mtr Mtr4g0893 Chr4 11555769 11558494 +
Tpr Tpr4g1098 Chr4 10577209 10580112 +
Tsu Tsu06g00822 Chr06 7387834 7394972 +
Vvi Vvi18g1950 Chr18 26917882 26937946 -
Bva Bva07g00568 Chr07 7447926 7452172 -
Bva Bva09g02030 Chr09 16680276 16682028 -
Vvi Vvi18g1951 Chr18 26948961 26954668 -
Vvi Vvi18g1952 Chr18 27006644 27007161 -
Aip Aip09g00047 Chr09 384244 386301 +
Vvi Vvi18g1953 Chr18 27010880 27012712 +
Vvi Vvi18g1954 Chr18 27016436 27022051 -
Vvi Vvi18g1955 Chr18 27027226 27030397 +