Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi3g1013 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1014 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bva13g00945 Bva14g01984 . . . . . . . . . . . . Gma15g00558 Gma13g02278 . . Gso15g0504 Gso15g0504 . . Lal15g0548 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lja6g3233 . . . . . . . . . . . . . . . . . Psa7g2344 Psa1g4906 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1015 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1016 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1017 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1018 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Car01g00179 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lal3g0044 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Psa7g2342 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1019 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1020 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1021 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi3g1022 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Vvi Vvi3g1013 Chr3 11515795 11518626 +
Vvi Vvi3g1014 Chr3 11598682 11618887 -
Bva Bva13g00945 Chr13 4457607 4462248 -
Bva Bva14g01984 Chr14 12368280 12372769 -
Gma Gma15g00558 Chr15 4622042 4628792 -
Gma Gma13g02278 Chr13 37602561 37610482 +
Gso Gso15g0504 Chr15 4539461 4546286 -
Gso Gso15g0504 Chr15 4539461 4546286 -
Lal Lal15g0548 Chr15 3810022 3822577 -
Lja Lja6g3233 Chr6 60747770 60754988 +
Psa Psa7g2344 Chr7 167106814 167113470 +
Psa Psa1g4906 Chr1 364080117 364084343 +
Vvi Vvi3g1015 Chr3 11666805 11703195 -
Vvi Vvi3g1016 Chr3 11724503 11725267 +
Vvi Vvi3g1017 Chr3 11752407 11753066 +
Vvi Vvi3g1018 Chr3 11781121 11781852 -
Car Car01g00179 Chr01 1343875 1345432 -
Lal Lal3g0044 Chr3 273753 277463 -
Psa Psa7g2342 Chr7 167077702 167080597 +
Vvi Vvi3g1019 Chr3 11784904 11785236 -
Vvi Vvi3g1020 Chr3 11793946 11794335 -
Vvi Vvi3g1021 Chr3 11795587 11801406 +
Vvi Vvi3g1022 Chr3 11813586 11814432 -