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Sequence information


Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Amo06g0400 ATGGTCTCATTTGCTCAACTCCAGAGGATAATGTATCCTACTGAAAGTGAAGGGACTGCAAGTATTTCTACAAGTAATTACAGAAGCACTTTAAGTGGTACTATTTGGAGCATGTGCTTTATTTCACAAGATTCCAAGCAATCAAACAAGGAGCATAATCCTATACTAGCTGTTGTTCTAAATAGGAGGGGAAAACCTCAAAATGATTTGATACTGTTGGAATGGAATATTAAAGCACGTACAATCTCTGTCATTTCTCAGTTTGTTGAAGCTGAAGCTGGGTTTCTAGCACTTAACATTGTTGAAGTTCCTAACTCTCATGGACTTGCATTTCTATTCAGAGAAGGTGATGCTCTTTTGATGGATTTAAGAGACGCTTGCAACCCATGTTGCGTCTATAGGACTAACTTAAACTTTTTACCCAATGCCATGGAGGAGCAGACTTATATTGAGGACTGTTGTAAATTACAAGATGTTGACGATGAACGCTTTAATGTTGCTGCCTGTGCTTTGTTGGAGCTGAGTGATTATGATCCTATGTGCATAGACAATGACAGTGCTAGTACTAATCCAAGTTTCAAGTATGTATGCTCATGGAGTTGGGAACCTGAAAATAATAAAGATCCCAGGATGATCTTGTCTGTAAATACTGGAGAATTTTTTATGATTGAAATTCTTTTTGAATCTGATGGCCTTAAAGTTAGTATCTCTGAGTGTCTTTATAAAGGTATGCCTTGTAAAGCACTTTTGTGGGTTAAAGGTGGATATATAGCTGCCTTTATAGAAATGGGAGATGGCATGGTTCTGAAATTGGAAGATGGAAGGCTATGCTATACAAACCCTATTCAAAATATTACACCAATACTGGACATGGCAGTTGTGGATTATCATGATGAGAAACATGATCAAGTGTTTGCCTGCAGTGGTGAGGCACCTGAGGGGTCGTTAAGGATAATTCGGAGTGGTATCAGTGTAGACAAGCTAATTAGGACTGCTCCCATATATCAGGGGGTCTATGGCGCTTGGACTGTTCGAATGAAAATTACTGATTCATATCATTCTTTTCTAGTGCTATCATTTGTTGAGCAGACAAGAATATTGTCAGTTGGATTAAGTTTTACAGACGTGACTGATTCAGTTGGTTTCCAACCTAATGTATGTACCTTGGCATGTGGCCTTTTTAGTGATGGTCTGCTTGTCCAGATCCACAAATCTACTGTTAGGCTTTGTTTGCCTACCAAGGGTGCTCATGCTGAAGGTGTATCCATGTCCTCTCCTATTTGCACATCTTGGTCTCCAGATAACATGACCATCAATTTGGGGGCAGTTGGGCACAATTTCATAGTTGTGTCCACCTCTAACCCATGCTTTTTGTTTATTCTAGGGGTAAGGTTGCTATCAGCTTATCATTATGAAATTTATGAAATGCATCATTTAGGACTGCAGAATGAATTGTCATGCATTTCCATCCCTAGACAAAAAACTGAGCAGAAACAACCAAATTCATCTTCTGCAAATAAAAGAAGTACTTCTTCCCTTGTTAGTGGAGTTGACATCAATAAAACCTTTGTTATTGGCACACACAAGCCATCTGTTGAAATTTTGTCTTGTGGTCCTGATGGAGTTACGATGGTTGCTTGTGGGACAATTTCATTAACAAATACAATGGGGACTACCTTAAGTGGCTGTGTACCTGAAGCTGTGCAGCTTGTATTTGTTGATAAGTATTATGTTCTTGCTGGATTGAGGAATGGAATGCTTCTTCGCTTTGAGTGGCCAACAAGATCATCTTCAATACCATTGACCGTGGATAATGCTGATTTATGTTCCACAAATTTGGTGAATTCTGTGGCCAATGCTTTTGACAAGAGAAATGACCTGCCTTCCGTGCTTCAGTTGATTGCCATTCGTCGTATTGGTGTTACTCCAGTTTTCTTGGTGCCCTTGGATGACTCGCTTGATGCTGATATAATTGTTCTATGTGAGAGACCTTGGTTGTTGCATAGCGCAAGACACAGCCTTTCCTATACTTCTATTTCATTTCAGCCATCCACACATGTTACTCCTGTTTGCTCCATTGAGTTTCCTAAAGGAATACTATTTGTTGCAGAAAACAGTTTACATCTTGTGGAGATGGTGCACAGTAAGAGAATTAATGCACAGAAGTTTCATTTAGAAGGCACTCTACGCAAGATCCTGTATCACAATGAAAGCAGGATGTTGCTTGTGTTGAGGACTGGACTGAATTATGGTACATGCTCGTCTGACATATGTTTTGTGGATCCCACAAGTGGGTCAGTGCATTCATCTTTTAGACTCGAACCTGGAGAAACAGGAAAATCCATGGAATTAGTAAGGGTTGGAAGTGAGCAGGCTCTTGTAGTTGGAACTAGTCTGTCTTCTGGTCCGGCCATAATGCCCAGTGGGGAAGCTGAGAGTGCTAGGGGTCGCCTTCTTGTTCTTTGCCTTGATCATGTGCAAAATTCAGATAGTGGTTCAATGACATTATGTTCAAAGGCAGGATCGTCATCTCTACGAACTTCACCATTTCATGAAATTGTTACATATGCTCCCGAACAGTTATCGGGCAGCAGTCTTGGCAGCAGCCCCGATGATAATAGTTCCGATGGGATCAAACTAGATGAAAATGAAGTATGGCAGTTCCGGTTTGCTTATGGCAATACATGGCAGGGAATGGTGCTTGCAATCTGTCCTTATCTTGATCGTTACTTCCTGGCATCAGCTGGCAATACTTTTTATGTTTGTGGTTTCCCAAATGACAATCCCCAAAGAGTGAGAAAGTTTGCGCAGGGAAGGACACGTTTCTTGGTAACATCATTGACTGTACATTTCACTAGAATCGCTGTTGGTGATTGTCGTGATGGTGTCCTTTTCTATTCCTACCATGAGGATACAAAAAAATTGGAGCAACTTTACTCTGACCCATCGCTGAGGTTAGTTGCTGATTGCATTCTTATGGATGCTGAAACGGCTGTCGTTTCGGATCGTAAAGGAAGCATTGCTGTTTTATGTTCAGATCATTTGGAAGATAATGCAAGTCCAGAATGCAATTTGTCACTAAATTGTGCTTATTTCATGGGTGAAATAGCCATGAGCATTCAGAAGGGTTCATATTCATACCGTCTTCCAGCTGACGATGCTCTGCAAGGAGCCAATTGGCCCAAGACAAACATTGATTCACTACAAAATACAATTATTGCTAGTACTCTGTTAGGAAGCATCATGATCTTCATCCCTTTATCAAGGGAAGAATATGAGCTCTTAGAAGCAGTGCAAACAAGACTTGCTGTACATCATTTGACTGCACCTATTCTTGGGAACGATCATAATGAGTTTCGCAGCCGTGAAAATCCAGCCGGAACACCCAAAATACTTGATGGTGATATGTTGACTCAGTTTCTGGAGTTGACAAGCATGCAACAACAGATCATTTTATCATCCGACCCACCGGAAATGGTAAAATCAAGTTTGAAGTCACTCCTACCTCCACATGTTCCTATTAATCAGGTTGTTCAACTTCTTGAACGAGTTCATTATGCGCTGAACTAA 3570 0.4067 MVSFAQLQRIMYPTESEGTASISTSNYRSTLSGTIWSMCFISQDSKQSNKEHNPILAVVLNRRGKPQNDLILLEWNIKARTISVISQFVEAEAGFLALNIVEVPNSHGLAFLFREGDALLMDLRDACNPCCVYRTNLNFLPNAMEEQTYIEDCCKLQDVDDERFNVAACALLELSDYDPMCIDNDSASTNPSFKYVCSWSWEPENNKDPRMILSVNTGEFFMIEILFESDGLKVSISECLYKGMPCKALLWVKGGYIAAFIEMGDGMVLKLEDGRLCYTNPIQNITPILDMAVVDYHDEKHDQVFACSGEAPEGSLRIIRSGISVDKLIRTAPIYQGVYGAWTVRMKITDSYHSFLVLSFVEQTRILSVGLSFTDVTDSVGFQPNVCTLACGLFSDGLLVQIHKSTVRLCLPTKGAHAEGVSMSSPICTSWSPDNMTINLGAVGHNFIVVSTSNPCFLFILGVRLLSAYHYEIYEMHHLGLQNELSCISIPRQKTEQKQPNSSSANKRSTSSLVSGVDINKTFVIGTHKPSVEILSCGPDGVTMVACGTISLTNTMGTTLSGCVPEAVQLVFVDKYYVLAGLRNGMLLRFEWPTRSSSIPLTVDNADLCSTNLVNSVANAFDKRNDLPSVLQLIAIRRIGVTPVFLVPLDDSLDADIIVLCERPWLLHSARHSLSYTSISFQPSTHVTPVCSIEFPKGILFVAENSLHLVEMVHSKRINAQKFHLEGTLRKILYHNESRMLLVLRTGLNYGTCSSDICFVDPTSGSVHSSFRLEPGETGKSMELVRVGSEQALVVGTSLSSGPAIMPSGEAESARGRLLVLCLDHVQNSDSGSMTLCSKAGSSSLRTSPFHEIVTYAPEQLSGSSLGSSPDDNSSDGIKLDENEVWQFRFAYGNTWQGMVLAICPYLDRYFLASAGNTFYVCGFPNDNPQRVRKFAQGRTRFLVTSLTVHFTRIAVGDCRDGVLFYSYHEDTKKLEQLYSDPSLRLVADCILMDAETAVVSDRKGSIAVLCSDHLEDNASPECNLSLNCAYFMGEIAMSIQKGSYSYRLPADDALQGANWPKTNIDSLQNTIIASTLLGSIMIFIPLSREEYELLEAVQTRLAVHHLTAPILGNDHNEFRSRENPAGTPKILDGDMLTQFLELTSMQQQIILSSDPPEMVKSSLKSLLPPHVPINQVVQLLERVHYALN* 1190
       

Annotation information


Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Amo06g0400 1189 PANTHER DNA REPAIR/RNA PROCESSING CPSF FAMILY 8 1186 - -
Amo06g0400 1189 PANTHER CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR (CPSF) A SUBUNIT PROTEIN 8 1186 - -
Amo06g0400 1189 Pfam Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term 29 490 IPR018846 -
Amo06g0400 1189 Pfam CPSF A subunit region 888 1142 IPR004871 GO:0003676|GO:0005634
Amo06g0400 1189 Gene3D - 323 717 IPR015943 GO:0005515
       

Duplication type information


Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Amo06g0400 Amo-Chr6 5460207 5468949 Wgd
       

Pathway information


Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Amo06g0400 K12830 - gmx:100806799 1865.12
       

Event-related genes


Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Amo16g4075 16 153219383 153230164 Amo06g0400 06 5460207 5468949 hybridization