LGRPv2

Gene search

Sequence information

Select	Gene	Cds	Cds_length	GC_content	Pep	Pep_length
	Vvi4g1371	ATGTCGAAATGGAAAAAATTGGACTCAAGGACCTTCGGTATAACGCGGTCGATGATTTCATCGCCCTCATGGGTTGTCTTGAAACTTCTTCAGCGTGAAGGATTTGAAGCCTACCTGGTAGGTGGGTGTGTGAGAGACTTAATCCTGAATAAAACACCTAAAGATTTTGATGTGATCACCACAGCTAAACTTAAACAGATCAAGAAGAGATTTCGCCGTGCTCAGATTGTTGGACGGCGGTTTCCTATATGCAGAGTGCATGTTAAAGGTTCTGTAATTGAGGTATCCAGCTTTGAAACAGTGGCAAAGCATGGTGAAGAAAAAGAAAAAGTTAGTTTCTCCCAAATGCCAAGTGGTTGTGATGAAAGTGACTTCAATCGCTGGAGGAACTGTATGCATCGAGATTTCACAATTAACAGTTTATTCTTTGATCCTTTTGTGAATAAAATCTATGATTACGCTAATGGAATGAAGGATTTGAGGTCCTTAAAGCTACGGACATTAATCCCCGCACAGTTGTCATTCAAAGAGGACTGCGCTAGAATGTTGCGGGGTTTAAGAATTGCAGCTCGTCTAGGCCTGTCATTTTCAAGGGAAACTGAGACTGCAATACGAAGCCTTGCTTCATCTGTTAAGAGTTTGGACAAGTCCAGGATAATGTTGGAGTTAAACTATATGCTGTCTTATGGATCCGCTAAGCCTTCTCTCTGTTTACTTTGGAGATTCAACCTGCTTGACATTCTGCTTCCATTTCATGGAGCATACCTTGCTCAACAGGCCACTGAACCATCTGCACAGCATTCCATGATGTTTATGAAATTATTCTTCAATTTGGATAAATTGGTTACTTGTGATCGACCTTGTGATTGCAGTCTATGGGTTGGACTGTTGGCATTTCACATGGCATTAGTAAACAAACCCCAAGATGCTTCTGTAGTTTGGACTTTATCTTCTGTTCTATATCATGGGAAGTGGACAGAAGGTGTTAAATTTGCAAGAAAACATGCTCTAGCGCCAATTAGTTTCTCACCTGAGATTTTAGTGGAATGTGATTCTAAATCAGATGAAGAACTAGCAGAAAGAGTTTCTGAGTTGGCATCACTTGTGCAAGATTGTGCAATTTTCTCGACTAAAACGGGTGACCTTTCTGCATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGTCCCCTGTTTGAATAATGGAAGGGCCTGGCTCCTCCCCCACTTGTGA	2361	0.2122	MSKWKKLDSRTFGITRSMISSPSWVVLKLLQREGFEAYLVGGCVRDLILNKTPKDFDVITTAKLKQIKKRFRRAQIVGRRFPICRVHVKGSVIEVSSFETVAKHGEEKEKVSFSQMPSGCDESDFNRWRNCMHRDFTINSLFFDPFVNKIYDYANGMKDLRSLKLRTLIPAQLSFKEDCARMLRGLRIAARLGLSFSRETETAIRSLASSVKSLDKSRIMLELNYMLSYGSAKPSLCLLWRFNLLDILLPFHGAYLAQQATEPSAQHSMMFMKLFFNLDKLVTCDRPCDCSLWVGLLAFHMALVNKPQDASVVWTLSSVLYHGKWTEGVKFARKHALAPISFSPEILVECDSKSDEELAERVSELASLVQDCAIFSTKTGDLSASXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVVPCLNNGRAWLLPHL*	787

Annotation information

Select	Seq ID	Length	Analysis	Description	Start	End	IPR	GO
	Vvi4g1371	786	Pfam	Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A	193	252	IPR032828	-
	Vvi4g1371	786	CDD	NT_ClassII-CCAase	25	161	IPR002646	GO:0003723\|GO:0006396\|GO:0016779
	Vvi4g1371	786	Gene3D	-	167	334	-	-
	Vvi4g1371	786	SUPERFAMILY	Poly A polymerase C-terminal region-like	164	308	-	-
	Vvi4g1371	786	Gene3D	Beta Polymerase, domain 2	19	166	IPR043519	-
	Vvi4g1371	786	PANTHER	POLYNUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE FAMILY PROTEIN	2	378	-	-
	Vvi4g1371	786	SUPERFAMILY	Nucleotidyltransferase	12	161	IPR043519	-
	Vvi4g1371	786	Pfam	Poly A polymerase head domain	37	166	IPR002646	GO:0003723\|GO:0006396\|GO:0016779

Duplication type information

Select	Gene	Chromosome	Start	End	Duplicated_type
	Vvi4g1371	Vvi-Chr4	20591509	20603213	Dispersed

Pathway information

Select	Query	KO	Definition	Second KO	KEGG Genes ID	GHOSTX Score
	Vvi4g1371	-		-	vvi:104879172	751.895