Gene search


Sequence information


Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Tsu07g04163 atggcGGTTTCCGAAGAAGAATGTTCTTCTATCAAGTCAGctccttcttcttcatcatcttcttcttctcgcTATTATCTTTCTAAGTCGGTTCTTAGACCTAGCGCTGTTCTCCAGGTCCTCTACGCTCATCTTCGTTCCCCTTCCTCAAACGACGTCGTTTTCGGCAAGGAGACATCTATAGAGTTGGTGGTTATTGATGAGGATGGGAATGTACAAACTGTTTGTGATCAGCCTGTTTTTGGCATCATTAAAGATCTTGCTGTATTGCCCTGGAATGACAAATTTCGTGCCCGTCGTCCACAGACTCAAGGTAAAGACCTCTTGGTTGCTTTGTCTGATTCCGGAAAGCTGTCATTGCTCACATTTTGCATTGAAATGAACAGGTTTTTTCCAATAACACATGTTCAGCTATCTAATCCTGGAAACATAAGGGATCTTCCAGGAAGAATGCTGGCAGTTGATTCCAGTGGTTGTTTTATTGCTGTCAGTGCATATGAAGATCGGCTGGCTCTGTTTTCTCTGTCAACGTCAATGATTGGGAGTGATATCATCGATGAGAGAATAATATATCCCCCTGAAAGTGAAGGGAGTGCAAGTACTTCCAGAACCATGCAGAAAAGCAGTATAAGTGGTACTATTTGGAGTATGTGCTTTATTTCACTAGATTCCCGACAACCAAGCAAGGAGCATAATCCTGTATTAGCTATTATTCTAAATAAGAGGGGAGCTCTTCTAAATGAATTGCTTTTGTTGGAATGGAATGTTAAAGCACATACAATCTCTGTTATTTCTCAGTATGTTGAAGCCGGACCTCTAGCACATAACGTTGTTGAAGTTCCCAACTCTCCGGGACTTGCATTTCTATTCAGGGCTGGTGATGTTCTATTAATGGACTTTAGAGATCCTCACAATCCATTATGTGTCTCCAGGACTTGCTTGAACATTTTATCCAATGCAGTAGAAGAGCAGACTTATGTGGATGACTCTTGTAAATTACAGGATTTTGATGATGAAGGCTTTAGTGTTGTTGCCTGTGCTTTGTTACAGCTTAGTGATTATGATCCTATGTGCATAGACAGAGATAATGGTGGAACTAATTCTGGTCCCAAGTACATATGCTCTTGGAGTTGGGAACCTGAAAATTATGAAGTTCCTAGGATGATCTTTAGTGTAGACACTGGAGAATTTTTTATGATTGAAGTTTTTTTGGACTCCGATGGCCCTAAATTCAGCCTCTCCGAATGTCTCTATAAAGGTGTACCATGTAAAGAACTTTTGTGGGTTAAGGGTGGATATCTAGCATCAATTGTAGAAATGGGGGATAGCATGGTCCTGAAATTGAAAGATGGAAGGCTATTTTTTACAAATCTTATTCAAAACATTGCACCAATCTTCGATGTGGCATCTGGGGATTATCATGAAGAGAAGAATGACCAAATGTATGCTTGCTGTGGTGTGACACCTGAGGGGTCATTAAGAATTATTCGAAGTGGTATCAATGTAGAAAAGCTACATAGAACCCCTTCTACTTATGAAGGGGTAGCTGGTACTTGGACTGTTCGAATGAAAATTTCAGATTCATTTCATTCTTTTCTAGTTCTATCATTTCTTGGGGAGACCAGAATATTGTCAGTTGGATTAAGTTTTACTGATGTGACTGATTCTGTTGGTTTCGAACCTAATGTCTGCACTTTGGCATGTGGCCTTGTAAGTGACGGTTTGCTTGTTCAGATCTATCAATCTACTGTTAAGCTTTGTTTGCCTACTAAGGATGGTCATTCTGAAGGTATCCCTTTGTCCTCTCCTATTAGCACATCTTGGTCCCCGGAGAATCTGAATATTAGTTTGGGGGCAGTTGGCCATAACTTCATAGTTGTGTCGACCTCTAACCCATGTTTTTTGTTTATCCTTGGGGTTAGAATGCTTTCTGCTTATCAATATGAAATCTATGAAATGCAACATTTGGAACTGCAGAACGAATTATCATGCATTTCCATCCCTAGACCGAAGTATGggaaaaaacaatcaaattcatCCATTTCAGAAAATAATAGTTCCATTGCTTCTGTAAGTGGTGTGGACATCAATAAAACATTTGTTATTGGCACCCATAGGCCTTCTGTGGAAATTTGGTCTTTTGATCTGGATGGTGGAGTCACGGTAGTTGCTTGCGgaacaatttcattaaaaagtACAACAGGGATTGCTAAAAGTTTTTGCATACCTCAAGATGTACGACTCGTATTTGTTGATAAGTATTATGTTCTTGCTGGATTGAGGAATGGAATGCTCCTTCGCTTTGAGTGGCCAACAGAACCGTctcattcatcatcaataaaTGTGGTGGACACTGCTTTATCCTCTATAAATTTGGTAAATTCTATGACCATGGCTTTCAACATGAGAAAGAACCTTCCTTCCGTGCTTCAATTGATTGCCATTCGTCGCATTGGCATCACTCCAGTTTTCTTGGTGCCCCTGGATGACACACTTGATGCTGATATAATTGCACTGAGCGATAGGCCTTGGTTATTGCATAGTGCAAGGCACAGCATTTCCTATACTTCTATCTCATTTCAACCATCTTCACATGTAACTCCTGTTTGCTCTATTGACTGTCCAAAAGGAATATTATTTGTTGCCGAAAACAGTTTGCATCTGGTGGAGATGGTTTACAGCAAGAGACTTAATATGAAGAAGATTAATTTAATGGGCACTCCACGAAAGGTCCTTTATCACAAAGAAAGTCGGATGTTACTTGTGATGAGGACTGAACTGAGTATTGGTGCATGTTTGTCTGACATATGTTGTGTGGATCCCCTAAGCGGGTCAGTAATATCATCTTTTAGACTAGAGCTTGGAGAAACAGCAACATCCATGGAATTAATTAGGTTTGGAAGTGAGCAGGTGCTTGTGGTTGGAACTAGTCTGTATTCTGGTCCACCTGTTATCCCTAGTGGTGAAGCTGAGAGTGCCAAGGGCCGTCTTCTTGTTCTTTGCATTGATCATGTGCAAAATTCAGACAGTGGTTCCATGACCTTCTGTTCGAAGGCAGGGTCATCATCTCAAAAAACTTCACCATTCAATGAAATTGTTGGGCATGTTCCTGAACAGCTATCAAGCAGTAGCCTTGGCAGCAGCCCTGATGATAATAGCTCTGATGGCatcaaacttgatgaaaatgaaatttggCAGTTCCGATTGGTTTCTGCAGCTACATGGCCGGGAATTGTTCACGCGATCTGTCCTTATCTTGATCGCTATTTTTTGGCATCTGCTGGCAATGCTTTCTATGTATGTGGTTTCCCAAATGACACTCCACAAAAAGTGAGAAAGTATGCTGTGGCAAGGACGCGTTTCGCGATAAGATCTTTGACTACATATTTTAGTAGAATTGCAGTTGGTGATAATCGTGATGgtatccttttcttttcttaccATGAGGAAGCAAGAAAATTGGAGCAACTTTGTGGTGACCGATCAATAAGGTTGGTTGCTGATTGCATTCTCATGGATGATAATACAGCTATTGTTTCAGATCGTAAAGGAGGCATAGCTGTTTTATGTTCAGATCATTTGGAAGCATCAAGCAATGCAAGTCCTGAATGCAATTTGAAACTAAGCTGTGCTTATTTCATGGCTGAGGTAGCTATGAGCATCCAAAAGGGCTCATACTCATACAGACTTCCAGCTGATGATGTGCTGTCAGGTGGCATTGGCCCCAAGACAAATGTTGACTCGCCACAAAATACTATTATTGTTAGTACACTATTAGGAAGCATAATGATCTTCATCCCTTTATCAAGagAGGAATATGAGCTCTTAGAAGCTGTGCAAGCAAGACTTGCTGTCCATCATTTGACTGCACCTATTCTTGGAAATGATCACAATGAGTTTCGCAGCCGGGAAAATCCAGTCGGGGCACCCAAGATACTTGACGGGGACATGTTGACTCAGTTTCTGGAGCTGACAAATATGCagcaaaataacattttgtcttCGGAACCACCTGACGTGGTAAAACCAAGTTTGAAGCCACTCCTACACCAATTTTCTGTGAATCAAGTTGTTCAACTTCTTGAACGAGTTCATTATGCACTGAACTAA 4110 0.3959 MAVSEEECSSIKSAPSSSSSSSSRYYLSKSVLRPSAVLQVLYAHLRSPSSNDVVFGKETSIELVVIDEDGNVQTVCDQPVFGIIKDLAVLPWNDKFRARRPQTQGKDLLVALSDSGKLSLLTFCIEMNRFFPITHVQLSNPGNIRDLPGRMLAVDSSGCFIAVSAYEDRLALFSLSTSMIGSDIIDERIIYPPESEGSASTSRTMQKSSISGTIWSMCFISLDSRQPSKEHNPVLAIILNKRGALLNELLLLEWNVKAHTISVISQYVEAGPLAHNVVEVPNSPGLAFLFRAGDVLLMDFRDPHNPLCVSRTCLNILSNAVEEQTYVDDSCKLQDFDDEGFSVVACALLQLSDYDPMCIDRDNGGTNSGPKYICSWSWEPENYEVPRMIFSVDTGEFFMIEVFLDSDGPKFSLSECLYKGVPCKELLWVKGGYLASIVEMGDSMVLKLKDGRLFFTNLIQNIAPIFDVASGDYHEEKNDQMYACCGVTPEGSLRIIRSGINVEKLHRTPSTYEGVAGTWTVRMKISDSFHSFLVLSFLGETRILSVGLSFTDVTDSVGFEPNVCTLACGLVSDGLLVQIYQSTVKLCLPTKDGHSEGIPLSSPISTSWSPENLNISLGAVGHNFIVVSTSNPCFLFILGVRMLSAYQYEIYEMQHLELQNELSCISIPRPKYGKKQSNSSISENNSSIASVSGVDINKTFVIGTHRPSVEIWSFDLDGGVTVVACGTISLKSTTGIAKSFCIPQDVRLVFVDKYYVLAGLRNGMLLRFEWPTEPSHSSSINVVDTALSSINLVNSMTMAFNMRKNLPSVLQLIAIRRIGITPVFLVPLDDTLDADIIALSDRPWLLHSARHSISYTSISFQPSSHVTPVCSIDCPKGILFVAENSLHLVEMVYSKRLNMKKINLMGTPRKVLYHKESRMLLVMRTELSIGACLSDICCVDPLSGSVISSFRLELGETATSMELIRFGSEQVLVVGTSLYSGPPVIPSGEAESAKGRLLVLCIDHVQNSDSGSMTFCSKAGSSSQKTSPFNEIVGHVPEQLSSSSLGSSPDDNSSDGIKLDENEIWQFRLVSAATWPGIVHAICPYLDRYFLASAGNAFYVCGFPNDTPQKVRKYAVARTRFAIRSLTTYFSRIAVGDNRDGILFFSYHEEARKLEQLCGDRSIRLVADCILMDDNTAIVSDRKGGIAVLCSDHLEASSNASPECNLKLSCAYFMAEVAMSIQKGSYSYRLPADDVLSGGIGPKTNVDSPQNTIIVSTLLGSIMIFIPLSREEYELLEAVQARLAVHHLTAPILGNDHNEFRSRENPVGAPKILDGDMLTQFLELTNMQQNNILSSEPPDVVKPSLKPLLHQFSVNQVVQLLERVHYALN 1369
       

Annotation information


Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Tsu07g04163 1369 Pfam Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term 107 667 IPR018846 -
Tsu07g04163 1369 MobiDBLite consensus disorder prediction 1 22 - -
Tsu07g04163 1369 Pfam CPSF A subunit region 935 1323 IPR004871 GO:0003676|GO:0005634
Tsu07g04163 1369 Gene3D - 502 894 IPR015943 GO:0005515
Tsu07g04163 1369 PANTHER CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR (CPSF) A SUBUNIT PROTEIN 20 1366 - -
Tsu07g04163 1369 Gene3D - 36 461 IPR015943 GO:0005515
Tsu07g04163 1369 PANTHER DNA REPAIR/RNA PROCESSING CPSF FAMILY 20 1366 - -
       

Duplication type information


Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Tsu07g04163 Tsu-Chr7 47325906 47339774 Dispersed
       

Pathway information


Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Tsu07g04163 K12830 - gmx:100806799 2120.89