Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Seca4g11471 ATGATAGACACAGTCACAGAGTCAGAGACAAGAACCTCTTGTTCTTCAAACATGAACACGAACACGAACATCATCGATCACCTTCCTCTCCGTCTCCTCAGATCCGACGTGGTAACACCCGCCCCCACTTTTTCTCATTCCACCATCGATTTCCTCCCTCACTTCTTGGGTTACACATGGATCGCTTATGGAGCTTCTTCCATCCTCGTCATCACCCACTTCCCTTCTCCTCTCTCTTCCCACCAAACCCGCATCGGTCCCATTTTCCGTCAAGTATTCGAGCTCTCCGCCGATCACTCCTCCCCCGTCGCCGCTGTCTCCTGGTCCCCCCGCACCCCCTCCTCCGGCGACCTCGCCGCCGCTGCCGAAAATTGCATCTGGGTTTTCCACCATGATTCTGCCACGTCTAAAGGTTCTTTTTGTTGGAGCCAGAATGCAGTGCTTGTGCAACACATGAAAGTGGAGACCATCAGATGGACAGGATCAGGGGATGGAATTATTTCTGGTGGAATGGAGGTTGTTTTCTGGAAAAAGAGTAACAGGTGTTGGGAAATTGCTTGGAAGTTTAAAGCAGATCAACCCCAAACTCTTGTAAGTGCAACCTGGTCTATTGAGGGTCCTTCAGCAACTGCAGCACATCCTAGTAAAGAACGGATTGAAGGGTCCTTAATCAGTGAGGTAAGCAAATGTGTGTTAGTATGCCAAAGCAATGGACTATCTGAATATTCGAAAGCCAAACTACAGCATCCTCAACCTATTGTAATGATTCAATGGAGACCAACAAGGGAAAGGCTATCAAACAGATATGGTAGGCATTCAATAAGGCATGTATTACTGACATGCTGCTTAGATGGAACTGCAAGGTTATGGAGTGAGATTGATAATGGAAAGGTCAGGAGGGCTGGGAAGGACATCAATGATCAAAAGAGCATGGGGTGCTCTTATTGTGTTGTTGCTGTTATTGAAATTAATCAGTCCTTAAAAGGAACTCTTGGTTCAGATATATTTGTGACATGGGGGATGGAAATCGAGGGAATATTTAGAACAGGCGAAGGAGTCAAGCAAATTTTTTCCAAAAAAGGATTTGAGCATGACGTTAGAAAATGCGATTGGTTAGTTGGGTTTGGTCCTGGAATGTTGCATAGCTTTTGGGCTGTCCACTGTCTTGATGATGTTTCCCCACTGAGATTCCCCCGAGTTACATTATGGAGGAGACATGAACTCCAAAACCACGACATAGGAAATGTGTATAAGTTTGACTCATCTGATTTTAAAAACGCATTACTTCTGCATAAAGTCATCATATTGAGAAACTGCTTGTCTGGCCCACCATTTATATGTTCTCCACTTCAGTTATTACCTTGTAATTCCTTAGTTTGGTCTTTTTTCCATATTCAAACAATACATGACTCTGTGGAGAACTCCCTTGATAATGGTAACATATATAACAACTCCTCCCATTTGTCAGGTGGAGTTTTAAACTTAGATGGACACAGTGGGAAAATTTTAAAGGTTTCAATTCATCCTTATACGTGTGAAGTTCAATTTGCTGCATCTCTGGATTCTAATGGACTGCTCCTCTTTTGGTCAATTTCTAACATTTCAAACTGCATTTTGGGGTGTCCAACTTTGGTTCCTACTTGGGAACTCTGTGGAAAGCTTGCAACTCAAGACTCATGCTCCATGTATACAAGCTTGACATGGGCACCTTCAATACTTGATGACAAACTGGTTTTTTTTATGGGACATACCAGGGGGATTGATTGCTTCATAGTCAATATTAGTCGAACTGAAGAAGAAAACATAGAATGTCACTACTTATGCACTATTCCTTTTAGTGGTCATGGTCCTTATGAGGATGGCCCATCTGATATCTTTGCAATTCCCTTGAACTCTACTTGTAGTAAAACATTTCGTAATAATAAACTTATGCTATTGGCAATTTGGATGGAGAGATTTCAGGCCCTATCATGGGAAGTTAACTTGCACTCTTTTGACATGTCAACAAGCTGTTGTGAATGCAATTTTGATGCTAAAAGCCTTGATGAGTGCAGTGTTTGGGCATTTGAAAGTACATTTGCTAGTAAAAGATATTGCATTACCGTGATTCCATGTTCATCTGAGTTTCCGAGTTCCAATGATCTGGTTACTAGTTTTGCAGTAGCTGAACCAGGTACTCTGAGTCATGGACAACAGGAGTTTGACTTTGCAAATGATCTGTGTACTAGTTATCCTACATATATCATGGCCACAGGATGCTCTGATGGCAGCTTGAAACTTTGGAAAAGTAACTCTGGCAACCCATTGACCCTGCACTTGCCTTGGGAGCTTGTGGGTATGTTTGTGGCACATGATGGTCCTGTCAGGGGTATATCTTTCACTGATTGTGGTCAGAAAATTGCTACATTCTGCAACAGAAACAAATCAAATGCTGTCAATACCATCCATATATGGGATGCTGTAAATCTGATCACGGCAGGGACTTTTATTTTGGAAGATAAACTAACGCCTGAAAGTGAAGTTATTACTCTGAAGTGGTTAACTCTAGGGACAGGTGAGTTATTGCTTGGAGTTTGTTTGCAAAATGAATTGCAAGTATATGCTCGGAAGCGTTACGATGGTTTGACTTTGTCAAACGCTGTAAATTTTCCGAAAATGAATATATGGGTTCGGATTGCATTTGCTCACACTTCCCTTCGAATTTATGACTTTGTATGGGGACCAAGAGCTGCAGCAGTGGTAATTCATGGAAATTACTTTAGTATATTTAGTCATTGGTTGTTCCACATGGATAAAAAGCGAAAGATTAATTTTCATCCTTGTGATTCAGAGTCAAATGGCTATAATTGCCAGGGTGAAATATATGAAGACATACTTTCTGCAGTTTTTACTGATTGTGACATTGGTGCTTTAAGAGAACTGTCAACTGGAGACAGTCGTGCAGATTGTTATTCCAAGCAGTCCATCAAAATTGATATAAAGGATAATAACCTATCCAGTAGTTTGTTTCTGGCCAAGGAACAATTAAAATCAGAACTTTTTACCAAGTTTGGTTTATGGAACATCTTAGAAGTAGCTGAGATAATCAGTGGATCTTTGCCAACTTATCACCCTGATGTACTACTTACTAATATAAGCTCAGGCATCTGGAAACGTGCTTATGTAGCTGTGAGGCATCTTGTTGAGTGCCTGACTTCTAATGGTGATCCTAAAAAGAGACACGTCTCCAAAAGGAATGGTCTTCCAAATATCATATTGTCAAATTATCTAGAAGGTCAAATATCAAAAAGTTCCCAAGATAAGGGATTCCGTTGGAGTGGGGATGCTGCTTCACTCACATCAATTTCACAGGCTCCAAGTAGCTTGATCCAGTTTCCATATCAATCAGGTTCCAGTGCCGAAAATAAAAGCATTACCACCTCAACAAGATCTGAGCTTACTGGCTTTATTGAATCTCTTGAGAATTTTCCTGATTTATCCCTTTTGATCAACATAGAGAAGACAGAGATTCTTGCAATCATTGATTTGCTCATTGAAGTTAGTAGCTCAGACTCATCTTCTGCATATCAAAGCCTTGATGAACCTGGGCGAAGGTTTTGGGTTGCATTAAGGTTTCAGCAACTTCTTTTCCAACGAAAGTTTGCTAGAGCTGCATCTTTGGAAGAGTTGCTAGTTAACTCAAGGTTGTTCGTGTGGGCTCACCACTCTGATAGCCTAGAAAATTTATTTGGTTCTGTCATACCCAATGAACCATCATGGCAAGAAATGCGTGCTTTGGGCATGGGCTTTTGGTATGCTAATATTCCTCAATTGCGTGCAAGGATGGAGAAATTGGCAAGAGCACAATATTTGAAAAACAGAAATCCTAAGGATTGTGCATTGTTGTATATTGCACTGAATAGAATTCAAGTTTTGGCTGGCCTTTTCAAAATCAGTAAGGATGAAAAGGACAAGCCTTTAGTGGGTTTTCTTTCACGCAATTTTCAGGATGAGAAAAATAAAGCTGCTGCTTTAAAAAATGCTTATGTCTTACTGGGAAAGCATCAGCTGGAATTAGCAATTGCTTTCTTTATGCTTGGAGGTGATCATTCTTCTGCTATAAATATTTGTGCTAAGAACCTTGGGGATGAACAGCTTGCACTAGTCATTTGTCGCCTTGTTGAGGGCCATGGTGGACCATTGGAGCATCACCTAATTAAAAAGTATATACTTCCATCTGCGATTGATAAAGGAGACTACTGGCTGGCAAGCCTTCTGGAGTGGGAAATGGGTAATTACTATCAATCTTTTCATAGAATGCTAGAGTTTTCAGTAAATCCTGTGGCTCAGGAGTCCACCATCATGTCCAATTGTGGTCCTTTTCTGGACCCTACTGTTGGTTTTTATTGCCAAATGCTAGCAACAAAGAATAGCATGCGGAATGCTGTAGGAGAGCAAAATTCTACTATCCTTTTAAGATGGGCAACTTTGATGACAGTTACTGCCCTAAAAAGATGCGGTAATCCTCTTGAGGCATTGGAGCATTTCTCATCTTCACTTAGCATGCTTGGGACTGCAGATCAAGAGAGTGAATTGGGTGATGGACATGATGTGCTGTCCAGTACATTAAAGCCTTTGCCAAGAAAATCATCTAACTGGTTGTCTGCTGATGTATCTGTACATCTAGAGTTCCAGATTAAATTGAATTTGGCACTTTGCTACTTATCAAAATTGATAAGAGAGCATCCAAGTTGGCCTGACACTCCTACAGAATCTAATGGGGAAGCCTCTTATTCTGATGAGTACATGATGCAATATGAGAAATCAGTTGAAAGTTTTAAACAAAGGTTATACACAGGGCTTGCCCTATTTGAACAGAGGTTTTTATTGGCTCCGAGCTGTCTTATCAGTATGATTTCAATCTTACTCTGCCATCATGGATTATTGTACATTGGATATGATATGACAGATGGATGCACTCAAGGAGAAATGTCTCAAAAGAAGAGTGATATATTTGATGTTTTCAATTTATATCACTCTCTGTTTAAACCCCTCTTTAAGACTGCAGAAGAAATCTCCTCTTTGTATTCAAGATTTTTTTCTGCCTGCAGTATGGAATATTCTCAACGAAATTCAGCTCTTCTTGAGAAAGGTGCATCTACTGAGAGTAGATCTATGTTTTCAGATGCTTCACAGTGTCACTCTGAAGGTCTTCTGATTTCATTATGGTATTTGAGAGCTATTTTGAGGATCCATTTGAGTTCTATTAGCAAAGATCTGATAAAAAAACATCTTGATATCCTTGATTTTTTTGAGTATTATTCATATTTTTCACTAGCTTGGCTTCGACGAAACTCAGAAGCTCTTTTATTGATGGTGCGACCTTTCTTGAATGCACATGCTAATGGCCGTAATCCTTATGAGGTTGATATGGTGAATCTGAAGAAGCTTATACCAAAAATTTCACAGTTGTTGGCTCAAAATTCTTCCATAACTAATATAGAAAACCTCCAAGTATCCAAATGTGCTGAAGATAAACTAGCTGCGGATGTAAAGCATTCAGTTCCTGATGATGAAAGATGGAAGATTTTAGGGACCTGCTTGTGGCAGCTTATGTCTAGATTCATGATATCTAATTTGAATTTGGTTCTTGCTAAACTTGAAGATGATAATTTGTCTGGTTCTTTCGACAGAAAATATGCTTGTGGGCACTCTAATCTCATAAATATGGATTCTGATAGCATCAGATTGCCAGAGCAGATTCAATTAGTCTCATTTAGTTTATGTGATTTACTGATGACAACAGTTACTCACATTTCTTCTTATCATGTTAAACAACTTGTGGAATTTCTGTGGCAGAAATTGGAGAATGATTCAAATGTAATGACTCTTGAGTGGTTAAAACAAACAAACCAATCGGAATCCAATCAGATCCAAAACCTGGATGTTTGGGATCTGATGAACGGGAAAGATAACTATTTAGTTCATCAGTCATTATGGGATCACTGTGCTGATCCCAAATTGATATCTGATTGCTTTGCGCAGGAAAAACTGAATTGGTTAAAGGATTTAGACCATAAGCCTGCCAAAGGATGGAATGACCTGTATGTAATTATGACAGGATTACATAAAACTGATGATTCACATGATGATGAATGTAAACTTGGCACTAGATCTTCTAATCATGAAGTTGGATCTCCGGTTAAAGGAATGTCTCTAAGTGGCCATGCTTCTGCAAGATCCAACCAGAAAGATATAAATTGTATGAATATTGCAGTTTTCCAGAGTCGCAAAGAAATGTATAAGAGAAATGGAGAACGTTTGAGCAGGCACTGTGTATAA 6321 0.398 MIDTVTESETRTSCSSNMNTNTNIIDHLPLRLLRSDVVTPAPTFSHSTIDFLPHFLGYTWIAYGASSILVITHFPSPLSSHQTRIGPIFRQVFELSADHSSPVAAVSWSPRTPSSGDLAAAAENCIWVFHHDSATSKGSFCWSQNAVLVQHMKVETIRWTGSGDGIISGGMEVVFWKKSNRCWEIAWKFKADQPQTLVSATWSIEGPSATAAHPSKERIEGSLISEVSKCVLVCQSNGLSEYSKAKLQHPQPIVMIQWRPTRERLSNRYGRHSIRHVLLTCCLDGTARLWSEIDNGKVRRAGKDINDQKSMGCSYCVVAVIEINQSLKGTLGSDIFVTWGMEIEGIFRTGEGVKQIFSKKGFEHDVRKCDWLVGFGPGMLHSFWAVHCLDDVSPLRFPRVTLWRRHELQNHDIGNVYKFDSSDFKNALLLHKVIILRNCLSGPPFICSPLQLLPCNSLVWSFFHIQTIHDSVENSLDNGNIYNNSSHLSGGVLNLDGHSGKILKVSIHPYTCEVQFAASLDSNGLLLFWSISNISNCILGCPTLVPTWELCGKLATQDSCSMYTSLTWAPSILDDKLVFFMGHTRGIDCFIVNISRTEEENIECHYLCTIPFSGHGPYEDGPSDIFAIPLNSTCSKTFRNNKLMLLAIWMERFQALSWEVNLHSFDMSTSCCECNFDAKSLDECSVWAFESTFASKRYCITVIPCSSEFPSSNDLVTSFAVAEPGTLSHGQQEFDFANDLCTSYPTYIMATGCSDGSLKLWKSNSGNPLTLHLPWELVGMFVAHDGPVRGISFTDCGQKIATFCNRNKSNAVNTIHIWDAVNLITAGTFILEDKLTPESEVITLKWLTLGTGELLLGVCLQNELQVYARKRYDGLTLSNAVNFPKMNIWVRIAFAHTSLRIYDFVWGPRAAAVVIHGNYFSIFSHWLFHMDKKRKINFHPCDSESNGYNCQGEIYEDILSAVFTDCDIGALRELSTGDSRADCYSKQSIKIDIKDNNLSSSLFLAKEQLKSELFTKFGLWNILEVAEIISGSLPTYHPDVLLTNISSGIWKRAYVAVRHLVECLTSNGDPKKRHVSKRNGLPNIILSNYLEGQISKSSQDKGFRWSGDAASLTSISQAPSSLIQFPYQSGSSAENKSITTSTRSELTGFIESLENFPDLSLLINIEKTEILAIIDLLIEVSSSDSSSAYQSLDEPGRRFWVALRFQQLLFQRKFARAASLEELLVNSRLFVWAHHSDSLENLFGSVIPNEPSWQEMRALGMGFWYANIPQLRARMEKLARAQYLKNRNPKDCALLYIALNRIQVLAGLFKISKDEKDKPLVGFLSRNFQDEKNKAAALKNAYVLLGKHQLELAIAFFMLGGDHSSAINICAKNLGDEQLALVICRLVEGHGGPLEHHLIKKYILPSAIDKGDYWLASLLEWEMGNYYQSFHRMLEFSVNPVAQESTIMSNCGPFLDPTVGFYCQMLATKNSMRNAVGEQNSTILLRWATLMTVTALKRCGNPLEALEHFSSSLSMLGTADQESELGDGHDVLSSTLKPLPRKSSNWLSADVSVHLEFQIKLNLALCYLSKLIREHPSWPDTPTESNGEASYSDEYMMQYEKSVESFKQRLYTGLALFEQRFLLAPSCLISMISILLCHHGLLYIGYDMTDGCTQGEMSQKKSDIFDVFNLYHSLFKPLFKTAEEISSLYSRFFSACSMEYSQRNSALLEKGASTESRSMFSDASQCHSEGLLISLWYLRAILRIHLSSISKDLIKKHLDILDFFEYYSYFSLAWLRRNSEALLLMVRPFLNAHANGRNPYEVDMVNLKKLIPKISQLLAQNSSITNIENLQVSKCAEDKLAADVKHSVPDDERWKILGTCLWQLMSRFMISNLNLVLAKLEDDNLSGSFDRKYACGHSNLINMDSDSIRLPEQIQLVSFSLCDLLMTTVTHISSYHVKQLVEFLWQKLENDSNVMTLEWLKQTNQSESNQIQNLDVWDLMNGKDNYLVHQSLWDHCADPKLISDCFAQEKLNWLKDLDHKPAKGWNDLYVIMTGLHKTDDSHDDECKLGTRSSNHEVGSPVKGMSLSGHASARSNQKDINCMNIAVFQSRKEMYKRNGERLSRHCV. 2107
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Seca4g11471 2106 MobiDBLite consensus disorder prediction 2050 2071 - -
Seca4g11471 2106 Pfam RAVE protein 1 C terminal 813 1435 IPR022033 -
Seca4g11471 2106 SMART WD40_4 488 530 IPR001680 GO:0005515
Seca4g11471 2106 SMART WD40_4 774 819 IPR001680 GO:0005515
Seca4g11471 2106 SMART WD40_4 141 177 IPR001680 GO:0005515
Seca4g11471 2106 SMART WD40_4 88 130 IPR001680 GO:0005515
Seca4g11471 2106 SMART WD40_4 702 762 IPR001680 GO:0005515
Seca4g11471 2106 SMART WD40_4 240 291 IPR001680 GO:0005515
Seca4g11471 2106 Gene3D - 459 825 IPR015943 GO:0005515
Seca4g11471 2106 PANTHER RABCONNECTIN-RELATED 34 2106 - -
Seca4g11471 2106 SUPERFAMILY WD40 repeat-like 97 830 IPR036322 GO:0005515
Seca4g11471 2106 Gene3D - 60 380 IPR015943 GO:0005515
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Seca4g11471 Seca-Chr4 253965320 253976596 Transposed
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Seca4g11471 K24155 - gmx:100789935 3399.76
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Seca4g11471 4 253965320 253976596 Seca4g11471 4 253965320 253976596 ECH