Gene search


Sequence information


Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Cca11g00564 ATGACAGAGACGGAAACAGAAGGAGCAGCGAAGGTGAACCCTATCGAACATCTTCCTCTGAGTCTCCTGAGATCCGATACAGTTCCACCCGCTCCCACCTTCTCCCAATCCACCGTCGATTTCCTCCCTCACTTCTGCGGCTACTCCTGGATCGCTTACGCCGcctcctctctcctcgtcgtctcccacttcccttcccctctctcccctcaccAAACCCGCATCGGCCCCCTTTTCCGCCAATCCTTCCAGCTCTCCGCCCATCCCGCCGCCTCCGTCGCCTGGTCCCCCCGCACTCCCTCCTCCGGCGACCTCGCCGCCGCCGCTGATAACTGCATCTGGATTTTCCGCCACGCCTCCGCCACTGCTCAAGGTTCTTTTTGTTGGAGCCAGAATGCAGTGCTTGTACAACATACGGAAGTGGCAAACATCAGATGGACAGGATCAGGAGATGGAATTATTTCTGTTGGAATGGAGGTGGTTTTCTGGAAAAGGAGTAACAAATGTTGGGAAGTTGCTTGGAAGTTTAAAGCAGATCAACCCCAAACTCTTGTTTGTGCAACTTGGTCTATTGAGGGCCCTTCAGCAACTGCAGCACATCATAGTAAAGAACACATTGAAGGGACCTTGACCAATGAAGTAAGCAAATTTGTGTTATTATGTCAAAGCAATGGACTATCTGAATATTCAAAAGTCAAACTACATCATCCTCTACCTGTTGTAATGATTCAATGGAGACCATCAAGGGTAAAGCTATCAAACAGATATGGTAAGTCTTCATTAAGGCATGTATTATTGACGTGCTGCTTAGATGGAACTGCAAGGTTATGGAGTGAAATTGATAATGGAAAGGCCAGGAGAGCTGGGAAAGACAACAATGATCAGAAGAACATGGGATGCTCTTATTGTGTTGTTGCTGTTATTGAGATTAATCAGTCCTTCAACGGAACTCTTGGTTCAGATATATTTGTGACATGGGGGACAGAAATTGAGGGAATATTTAGAAATGATGAAAAGACCAAACAAGTTTTTCCCAAAGTAGGATTGGAGCATGATGTTAGAAATTGTGATTGGCTAGTTGGCTTTGGTCCTGGAATGTTACTTAGCTTTTGGGCTGTGCACTGTCTTGATGATGTTTCCCCACTGAGATTCCCCCGAGTTACATTATGGAAGAGGCATGAACTCCAGAACCATGACATAGCAAATGCTTACAAGTTTAACTCCTCGGATTTTAAAAATGCCTTGTTTCTTCATAAGGTCATTATATTGAGAAATTGCCTGTCTGGTCCACCGATCATATGCTCTCCACTTCAGCTATTACCATGTAATTCCTTAGTTTGGTCATTTTTCCGTATTCAAACAGTACATGATGCTGTGGAGAACTCCATTAATAATGGTAACACAGATAACATCTCCTCCCATTTGACTGGTGGAGTTTTAAACTTAGATGGTCATAGTGGGAAAATCTTAAAGGTGTCAATTCATCCTTGTACATGTGAAGTTCAATTTGCTGCTTCTCTGGATTCTAATGGACTGCTTCTTTTTTGGTCACTTTCTAACATTTCAAACTGCGTTTTGGGATGTCCAACTTTGGTTCCTACTATGGAACTATGTGGAAAGCTTGCAACTCAAGACTCATGCTCCTTGTACACAAGTTTGACATGGGCACCATCAGTACTTGATGACAAACTGTTTTTTTTTATGGGGCATACCCGGGGTATTGATTGCTTCATTGTCAACATTTCTCGAACTGAAGAAGAAAATATAGAATGTCACTACTTATGCACTATTCCTTTCAGTGGTCACGGTCCTTATGAGGATGGCCCTTTCGATATCTTTACAATTCCTTTGAACTCCAATTGTGAAAATTTTTTTCGTAATAATAAACTTATGCTATTGGCAATATGGATGGGCAACTTTCAGGCCCTATCATGGGAAGTTAACTTGCACTCATTTGACATGTCAACAAACATTTGTGAATGCAATTTTGATGTTAAAAGCATTGATGACTGTAGTGTTTGGGCTTTTGAAAGTACATTTGCTAATAAAAAATATTGCATTACTGTAAATCTATGTTCATGTGAGTATCCAAGTTCCAATGATCTGGTTACTAGTTTCTCAGTGGCTGATCCAGGCACTCTGAGCCATAGACAACAAGAGTTTGGCTTTGCAAATGATCTTTGCAGTAGTTATCCTGCATATATCATGGCCACAGGCTCCTCTGATGGCATCTTGAAACTCTGGAAAAGTAAACCTGGCAACTCATTGACCCAGCACTTGCCGTGGGAGCTAGTTGGTTCCTTTGTTGCACATGATGGTCCCATCAAGGGTATATGTTTCCCTGATTGTGGTGAGAAGATTGCTACATTCTGCTACGAAAGCAATTCAAATGCTATCAATACCATCCATATATGGGATGCTGTACCACTAATTAGTGCAGGAACTTTTATTTTGGAGGATAAAATAAAGCTTGAAAGTGATGTTATTGCTCTAAAGTGGTTAACTTTAGGAACTGGGGAGTTATTGCTTGGAGTTTGTTTGCAAAATGAATTGCAAGTATATGCTCCTAAGTGTCATGTTGGTACAACTTTGTCAAACTCTGTAAATTTTCCAAAACTGAATATATGGATTCGCATTGCATATGCTTTCACTTCCATTCCAGTTTATGATTTCTTATGGGGACCCAGAGCTTCAGCAGTGGTGATTCATGGAAATTACTTTAGTGTATTTAGTCATTGGTTGTTCCATGTGGATAAAAAGCAAAGGAGTAATTTTCATCATTGTGATTCAGAGCCTAATACCTATAATTGTGAGGATGAAATATATGAAGACATATTTTCTGCAGTTTTTACTGAACGTGACATTGGTGCTCTCAGAGAACAGTCAATTGGAGATAGTCGCGCAGATTGTGATTCTGAGTGGTCCATAAAAAATATTTTGAAGGACAATAACCTTTCCAGTAGCTTGTTTCTGGCCAAGGAACAATTAAAATCTGAATTTCTTACCAAGGTTGGTTTATGGAGTATCTTAGAAGTAGCTGAGATAATTAGTGGATCATTACCTACTTATCACCCTGATGTACTACTTACTAATATAAGTTCAGGAAACTGGAAACGTGCTTTTGTAGCTCTGAGGCATCTTGTTGAATGCCTGAATTCCAATTATGATCCTAAAAAGATACACATCTCCAAAAAAATTGGTCTTCCAAATATTGCACTGTCATATTATCTGGAAGGATGTATATCAAAAGGTTCCCAAGGTAAGGGGTTCCAATGGAGTGGGGATGCTACTTCAATGACATCAATTTCACAGGCTCAGAGTAGCTTGTTCCAGTTTCCATATCATTCAGTTTCCAGTCCTGAAAATGGAAACATTTCCTCAACAGAATCTGAGCTGAATGGCTTTATTGAATCTCTTGAGAAATTGCCTGATTTACCACTTTTGATCGACACAGAGAAGACTCAAATTCTTGCAATTATAGATCTGCTTAGTGAAGTTAGTGGTGCACATTCATCTTCTGCATATCAGAGTCTTGATGAACCTGGGCGAAGGTTTTGGGTTGGACTAAGGTTTCAGCAACTGCTTTTTCTCCGCAAGTTTGCTAGAGCTGCGTCTTACGAAGAGTTGCTTGTTAACTCTAGGTTGTTTGTATGGGCTTACCACTCTGATTGCCTAGATAATTTGTTTGGTTCTGTCATACCCAATGAACCTTCATGGCAAGAAATGCGTGCTTTGGGTATGGGCTTTTGGTATGCTAATATACCTCAATTGCGTGCAAGGATGGAGAAATTGGCAAGAGCTCAGTATTTGAAGAACAAAAATCCTAAGGATTGTGCTTTGCTGTACATTGCACTGAATAGAATTCAAGTTTTAGCTGGCCTTTTCAAAATCAGTAAGGATGAGAAGGATAAGCCTTTAGTGGGCTTTCTTTCACGCAATTTTCAGGATGATAAAAATAAAGCTGCTGCTTTAAAAAATGCTTATGTCTTACTGGGAAAGCATCAGCTGGAATTAGCAATTGCTTTCTTTTTGCTTGGAGGTGACCATTCTTCTGCTATAAATATTTGTGCTAAGAATCTTGGGGATGAACAGCTTGCCCTAGTCCTTTGTCGTCTTGTTGAGGGCCATGGTGGACCACTGGAGCATCATTTAATTACAAAGAACATACTTCCATCTGCAATTGAGAAAGGAGACTACTGGCTAGCAAGCCTTTTGGAGTGGGAAATGGGTAATTACTATGAATCTTTTTATAGAATGCTAGAGTTTTCAGTAAACCCTGTGCCTTGGAAGTCCACTGTCATGTCCAAATATTGTCCTTTTTTGGACCCTACCATTGCTTTTTATTGCCAAATGTTAGCAACAAAGCATAGCATGCGGAATGCTGTGGGGGAGCAAAATTCTGCAATCCTTTTGAGATGGGCAACTTTGGTGGCAGTTACTGCCCTAAAAAGATGTGGTAATCCTCTTGAGGCATTGGAGTACTTCTCATCTTCATTGAGTGTGCTCGGGACTGCAGATCAAGAGAGTGAATTAAGTGACAATCATGATGTGCTGTCCAGCACTCTTAAGCCTTTGCCAAGAAAATGCTCTAACTGGTTGTCTGCTGATGTGTCTGCACATCTGGAGTTCCATATTAAATTGAATTTGGCACTTTGCTACTTGTCAAAATTGATACGAGAGCATCCAAGCTGGCCTGATACATTTGCAGAATATAATGGAGAAGCTTTTGATTCTGATGACTACATGGTGCGATATGAGAGATCAGTTGATAGTTTTAAACAAAAGTTACACACAGGACTTGCTCTATTTGAACAGAGGTTTTTATTGGCTCCACACTGTCTAATCAATATGATTTTTCTCTTACTTTGCCATCATGGAGCATTGTACATTGGATATGATATGATAGATGGATGCACTCAAGGGGAACTGTCTCAAAAGAAGAGAAATATATTTGATGATTTCAATTTATATTACTCTCAGATTAAGCCCCTCTTTAAGACTGCAGAAGATGTTTCCTTTCTCTATTCAAGATTTTTTTGTGCCTGCAGTATGGAATATTTTCAACGAAGTTCATCTATTTCATTTATTGAGAGAGAACCCAAGTTTTCAGATGCTTTGCAGTCCCGCTTTGAAGGTGTTTTGATTTCATTGTCATATTTAAGAGCAGTTTTTAGGATCCAGTTGAGTTCTATTGGCAAAGATCTTGTCAAAACACATCTTGATATCTTGGATTTTTACGAGTATTATTTACATTTTTCATTAGCTTGGCTTCAAAGAAACGCTGAAGCCCTTCTGTATATGGTGGAACCATTTTTGGTTCCACAATCTAATGGCCGTAATCCTTATGACATTGATATGGTGAATCTGATGAAGCTTATCCCAAAAATTGGAAAGTTGGCTCAAACTTCTTTCATGCCAAATATACATAACCTTCAATTGTCCAAATGTGCAGAAGATAAACTAGTTGCAGATATAAAGCATTCAATTCCTGATGATGAAAGATGGAAGATTTTAGGGACCTGCTTGTGGCAGCATATGTCTAGATTCATGATATCTAATTTGAATCCTATTCTTGCCAAACTTGGAGATGGTAATTTGTCTGGTCCTTTCCACAGAAAATATACTTATGGAGAGTCTTATCTAATAAATATGGATTCTGAAAGCATCAGCTTGCAAGAGAAGATTCGGTTAGTCTCATTTAGCCTATGTGATCTACTGATGACAACAGTTACTCACATTTCTTCTTATCATGTTAAACAACATGCAGAATTTCTGTGGCAAAAAGTAGAGAATGATTTGAATGTAATTACTCTTGAATGGTTAAAACAAAAATCAGAATTCAGTCAGAACCAAAACCTGGACATTTTGGAATTGGGGAACAGGAAAGATAACTATTCGGTTCATCAATTATTATGGGATCACTGTGCGGATCCCAAATTGATATCTGATTGCTTTGCACAGGAAAAACTCAATTGGCCAAATGATTTGGATCATATGCATACTAAAGGATGGAATGACCTGTCTAGAATTATGACAGGACTGTATAAAACTGATGATACATGTGTTGGTGAAAGTAAACTTAGCACTAGATCTTCTAATCATGAAGTTGGAACTCCTGTTATAGGAATGTCAAGTGGCCATGCTTCTGCAAGATCAAACCAGAAAGACATAACTCAAACAAATTTTGCAGTTTTCCAGAGTCCCAGAGAAATGTACAAGAGAAATGGAGAACTTTTGGAGGCATTGTGTATGAACTCTACTGATCAACGGGAAGCTGCAGTTGCTAGCAACCGGAAGGGTATAATGTTCTTTCATCTGGAAGATGAGGTTCATTTTAGTGGTAGATCAGATGATCTTTTGTGGGCCAAGGCTGATTGGCCTCAGAATGGATGGGCAGGTTCGGAATCCACCCCTGCTCCAACATGTGTTTCTCCTGGTGTTGGCCTTGGGAGCAAGAAAGGGGTACACCTTGGGCTGGGTGGAGCAACTGTTGGTGTGGACTCTTCAGCTTGGCCCAGCAATGACTTGACAGGTGGTGGAGTATTAGGAATGCTAGGTTATGCTGGCATTGGTGCCTCTGGATTAGGTTGGGAAATTCAACAAGATTTTGAATATTTTGTTGATTCACCTGCCACTTTGGAGAACATAAGTACCAGGGCTTTGTCTAGTCATCCGATGAGGCCGTTCTTCTTGGTTGGTTCTAGCAATACACACATTTACTTATGGGAGTTCAACAAAAACAAAGCTACTGCTACGTATGGAGTACTTCCTGCTGCCAATGTCCCTCCACCTTATGCCCTTGCATCAATTTCAGCTTTACAATTTGACCACTTTGGACATCGGTTTGCCAGTGCCGCATTAGATGGAACTGTCTGCACATGGCAACTGGAGGTTGGAGGAAGGAGCAATGTCCGTCCAACAGAATCATCTCTCTGCTTTAATGGTCATGCATCGGATGTCACATATTTTTCTTCAAGTGGATCGATAATAGCTGTGGCTGGATATAGCTCTAGTGGTGTTAATGTTGTCATATGGGACACTTTAGCTCCACCTACTACTTCTCGGGCTTCCATTTTATGTCATGAAGGTGGTGCAAACACCGTATCTGTTTTTGATAATCATGTGGGAAGTGGTTCTGTATCCCCCCTTATTGTGACTGGTGGTAAAGGTGGTGATGTTGGACTTCATGACTTTCGCTATATAGCTACTGGAAAGGCTAAAAGGCACAGGCATGCTGATAATATTGGGCAAAGCTCTATCTCATCTTCGCCTCGTGGCAAGGACCAGAATGTAGATGGGATGCTTTGGTACATTCCAAAGGCTCACTCAGGGAGTGTCACAAAAGTAGTTACCATCCCAAATACCAGCTTGTTTTTAACTGGAAGCACAGATGGAGATGTCAAACTCTGGGATGCCCAGAGCACAAAGTTAGTACATCACTGGTCAAAGATACATGAAAAGCACACCTTTCTGCAGCCTAACTCTCGTGGATTTGGTGGTGTTGTCCGGGCTGCTGTTACAGATATACAAGTTTTTTCCCATGGTTTTCTCACATGCGGTGGGGATGGAACAGTAAAGCTGATACGGCTGGACAATCACCTGCGTGGCCATGGAATTGAGTTATGA 7626 0.4036 MTETETEGAAKVNPIEHLPLSLLRSDTVPPAPTFSQSTVDFLPHFCGYSWIAYAASSLLVVSHFPSPLSPHQTRIGPLFRQSFQLSAHPAASVAWSPRTPSSGDLAAAADNCIWIFRHASATAQGSFCWSQNAVLVQHTEVANIRWTGSGDGIISVGMEVVFWKRSNKCWEVAWKFKADQPQTLVCATWSIEGPSATAAHHSKEHIEGTLTNEVSKFVLLCQSNGLSEYSKVKLHHPLPVVMIQWRPSRVKLSNRYGKSSLRHVLLTCCLDGTARLWSEIDNGKARRAGKDNNDQKNMGCSYCVVAVIEINQSFNGTLGSDIFVTWGTEIEGIFRNDEKTKQVFPKVGLEHDVRNCDWLVGFGPGMLLSFWAVHCLDDVSPLRFPRVTLWKRHELQNHDIANAYKFNSSDFKNALFLHKVIILRNCLSGPPIICSPLQLLPCNSLVWSFFRIQTVHDAVENSINNGNTDNISSHLTGGVLNLDGHSGKILKVSIHPCTCEVQFAASLDSNGLLLFWSLSNISNCVLGCPTLVPTMELCGKLATQDSCSLYTSLTWAPSVLDDKLFFFMGHTRGIDCFIVNISRTEEENIECHYLCTIPFSGHGPYEDGPFDIFTIPLNSNCENFFRNNKLMLLAIWMGNFQALSWEVNLHSFDMSTNICECNFDVKSIDDCSVWAFESTFANKKYCITVNLCSCEYPSSNDLVTSFSVADPGTLSHRQQEFGFANDLCSSYPAYIMATGSSDGILKLWKSKPGNSLTQHLPWELVGSFVAHDGPIKGICFPDCGEKIATFCYESNSNAINTIHIWDAVPLISAGTFILEDKIKLESDVIALKWLTLGTGELLLGVCLQNELQVYAPKCHVGTTLSNSVNFPKLNIWIRIAYAFTSIPVYDFLWGPRASAVVIHGNYFSVFSHWLFHVDKKQRSNFHHCDSEPNTYNCEDEIYEDIFSAVFTERDIGALREQSIGDSRADCDSEWSIKNILKDNNLSSSLFLAKEQLKSEFLTKVGLWSILEVAEIISGSLPTYHPDVLLTNISSGNWKRAFVALRHLVECLNSNYDPKKIHISKKIGLPNIALSYYLEGCISKGSQGKGFQWSGDATSMTSISQAQSSLFQFPYHSVSSPENGNISSTESELNGFIESLEKLPDLPLLIDTEKTQILAIIDLLSEVSGAHSSSAYQSLDEPGRRFWVGLRFQQLLFLRKFARAASYEELLVNSRLFVWAYHSDCLDNLFGSVIPNEPSWQEMRALGMGFWYANIPQLRARMEKLARAQYLKNKNPKDCALLYIALNRIQVLAGLFKISKDEKDKPLVGFLSRNFQDDKNKAAALKNAYVLLGKHQLELAIAFFLLGGDHSSAINICAKNLGDEQLALVLCRLVEGHGGPLEHHLITKNILPSAIEKGDYWLASLLEWEMGNYYESFYRMLEFSVNPVPWKSTVMSKYCPFLDPTIAFYCQMLATKHSMRNAVGEQNSAILLRWATLVAVTALKRCGNPLEALEYFSSSLSVLGTADQESELSDNHDVLSSTLKPLPRKCSNWLSADVSAHLEFHIKLNLALCYLSKLIREHPSWPDTFAEYNGEAFDSDDYMVRYERSVDSFKQKLHTGLALFEQRFLLAPHCLINMIFLLLCHHGALYIGYDMIDGCTQGELSQKKRNIFDDFNLYYSQIKPLFKTAEDVSFLYSRFFCACSMEYFQRSSSISFIEREPKFSDALQSRFEGVLISLSYLRAVFRIQLSSIGKDLVKTHLDILDFYEYYLHFSLAWLQRNAEALLYMVEPFLVPQSNGRNPYDIDMVNLMKLIPKIGKLAQTSFMPNIHNLQLSKCAEDKLVADIKHSIPDDERWKILGTCLWQHMSRFMISNLNPILAKLGDGNLSGPFHRKYTYGESYLINMDSESISLQEKIRLVSFSLCDLLMTTVTHISSYHVKQHAEFLWQKVENDLNVITLEWLKQKSEFSQNQNLDILELGNRKDNYSVHQLLWDHCADPKLISDCFAQEKLNWPNDLDHMHTKGWNDLSRIMTGLYKTDDTCVGESKLSTRSSNHEVGTPVIGMSSGHASARSNQKDITQTNFAVFQSPREMYKRNGELLEALCMNSTDQREAAVASNRKGIMFFHLEDEVHFSGRSDDLLWAKADWPQNGWAGSESTPAPTCVSPGVGLGSKKGVHLGLGGATVGVDSSAWPSNDLTGGGVLGMLGYAGIGASGLGWEIQQDFEYFVDSPATLENISTRALSSHPMRPFFLVGSSNTHIYLWEFNKNKATATYGVLPAANVPPPYALASISALQFDHFGHRFASAALDGTVCTWQLEVGGRSNVRPTESSLCFNGHASDVTYFSSSGSIIAVAGYSSSGVNVVIWDTLAPPTTSRASILCHEGGANTVSVFDNHVGSGSVSPLIVTGGKGGDVGLHDFRYIATGKAKRHRHADNIGQSSISSSPRGKDQNVDGMLWYIPKAHSGSVTKVVTIPNTSLFLTGSTDGDVKLWDAQSTKLVHHWSKIHEKHTFLQPNSRGFGGVVRAAVTDIQVFSHGFLTCGGDGTVKLIRLDNHLRGHGIEL 2541
       

Annotation information


Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Cca11g00564 2541 PANTHER RABCONNECTIN-3A 24 2530 - -
Cca11g00564 2541 Pfam RAVE protein 1 C terminal 801 1413 IPR022033 -
Cca11g00564 2541 SUPERFAMILY WD40 repeat-like 2219 2532 IPR036322 GO:0005515
Cca11g00564 2541 PANTHER RABCONNECTIN-RELATED 24 2530 - -
Cca11g00564 2541 SUPERFAMILY WD40 repeat-like 88 811 IPR036322 GO:0005515
Cca11g00564 2541 Gene3D - 2216 2520 IPR015943 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 227 278 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 2206 2243 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 475 517 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 78 117 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 2432 2471 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 2260 2295 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 2306 2346 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 2351 2397 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 2483 2529 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 761 806 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 SMART WD40_4 689 749 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 ProSiteProfiles Trp-Asp (WD) repeats profile. 2439 2480 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 ProSiteProfiles Trp-Asp (WD) repeats circular profile. 2439 2474 - -
Cca11g00564 2541 Pfam WD domain, G-beta repeat 2439 2471 IPR001680 GO:0005515
Cca11g00564 2541 Gene3D - 462 854 IPR015943 GO:0005515
       

Pathway information


Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Cca11g00564 K24155 - gmx:100789935 4529.16
       

Event-related genes


Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Cca11g00564 11 8825648 8844683 Cca11g00564 11 8825648 8844683 ECH