Regulatory proteins (RPs)

  In this study, we systemically compared TF/TR classification rules used in different databases, and derived a set of consensus rules based on the available literature for accurate plant TF/TR identification and classification. For plant PKs, we directly used the HMM profiles developed by Lehti-Shiu and Shiu (2012) to provide a comprehensive classification system. These consensus rules for TF/TR classification and HMM profiles for PK classification were implemented in iTAK, a computational program that provides consistency and uniformity on the identification and classification of plant TFs, TRs, and PKs.
  The relevant gene ids can be obtained from the legume blast and match under the Tools module.This link is Legume blast and match.

Regulatory proteins (RPs)

Transcription factors (TFs)

Column 1 Column 2 Column 3 Column 4 Column 5 Column 6 Column 7 Column 8
AP2 or ERF-AP2 AP2 or ERF-ERF AP2 or ERF-RAV Alfin-like B3 B3-ARF BBR-BPC BES1
BSD C2C2-CO-like C2C2-Dof C2C2-GATA C2C2-LSD C2C2-YABBY C2H2 C3H
CAMTA CPP CSD DBB DBP E2F-DP EIL FAR1
GARP-ARR-B GARP-G2-like GRAS GRF GeBP HB-BELL HB-HD-ZIP HB-KNOX
HB-PHD HB-WOX HB-other HRT HSF LFY LIM LOB
MADS-M-type MADS-MIKC MYB MYB-related NAC NF-X1 NF-YA NF-YB
NF-YC NOZZLE OFP PLATZ RWP-RK S1Fa-like SAP SBP
SRS STAT TCP TUB Tify Trihelix ULT VOZ
WRKY Whirly bHLH bZIP zf-HD --- --- ---

Transcription regulators (TRs)

Column 1 Column 2 Column 3 Column 4 Column 5 Column 6 Column 7 Column 8
ARID AUX or IAA Coactivator p15 DDT GNAT HMG IWS1 Jumonji
LUG MBF1 MED6 MED7 Others PHD Pseudo ARR-B RB
Rcd1-like SET SNF2 SOH1 SWI or SNF-BAF60b SWI or SNF-SWI3 TAZ TRAF
mTERF --- --- --- --- --- --- ---

Protein kinases (PKs)

Column 1 Column 2 Column 3 Column 4 Column 5 Column 6 Column 7 Column 8
AGC-Pl AGC_MAST AGC_NDR AGC_PDK1 AGC_PKA-PKG AGC_RSK-2 Aur AurL-Cr-1
BUB CAMK_AMPK CAMK_CAMK1-DCAMKL CAMK_CAMK1-Tthe CAMK_CAMKL-CHK1 CAMK_CAMKL-LKB CAMK_CDPK CAMK_Cr-1
CAMK_OST1L CK1_CK1 CK1_CK1-Pl CMGC_CDK-CCRK CMGC_CDK-CDK7 CMGC_CDK-CDK8 CMGC_CDK-CRK7-CDK9 CMGC_CDK-PITSLRE
CMGC_CDK-Pl CMGC_CDKL-Cr CMGC_CDKL-Os CMGC_CK2 CMGC_CLK CMGC_DYRK-PRP4 CMGC_DYRK-YAK CMGC_GSK
CMGC_GSKL CMGC_MAPK CMGC_Pl-Tthe CMGC_RCK CMGC_SRPK Group-Cr-1 Group-Pl-2 Group-Pl-3
Group-Pl-4 Group-other IRE1 NAK NEK PEK_GCN2 PEK_PEK RLK-Pelle_C-LEC
RLK-Pelle_CR4L RLK-Pelle_CrRLK1L-1 RLK-Pelle_DLSV RLK-Pelle_DSLV RLK-Pelle_Extensin RLK-Pelle_L-LEC RLK-Pelle_LRK10L-2 RLK-Pelle_LRR-I-1
RLK-Pelle_LRR-I-2 RLK-Pelle_LRR-II RLK-Pelle_LRR-III RLK-Pelle_LRR-IV RLK-Pelle_LRR-IX RLK-Pelle_LRR-V RLK-Pelle_LRR-VI-1 RLK-Pelle_LRR-VI-2
RLK-Pelle_LRR-VII-1 RLK-Pelle_LRR-VII-2 RLK-Pelle_LRR-VII-3 RLK-Pelle_LRR-VIII-1 RLK-Pelle_LRR-XI-1 RLK-Pelle_LRR-XI-2 RLK-Pelle_LRR-XII-1 RLK-Pelle_LRR-XIIIa
RLK-Pelle_LRR-XIIIb RLK-Pelle_LRR-XIV RLK-Pelle_LRR-XV RLK-Pelle_LRR-Xa RLK-Pelle_LRR-Xb-1 RLK-Pelle_LRR-Xb-2 RLK-Pelle_LysM RLK-Pelle_PERK-1
RLK-Pelle_PERK-2 RLK-Pelle_RKF3 RLK-Pelle_RLCK-II RLK-Pelle_RLCK-IV RLK-Pelle_RLCK-IXa RLK-Pelle_RLCK-IXb RLK-Pelle_RLCK-Os RLK-Pelle_RLCK-V
RLK-Pelle_RLCK-VI RLK-Pelle_RLCK-VIII RLK-Pelle_RLCK-VIIa-1 RLK-Pelle_RLCK-VIIa-2 RLK-Pelle_RLCK-VIIb RLK-Pelle_RLCK-X RLK-Pelle_RLCK-XI RLK-Pelle_RLCK-XII-1
RLK-Pelle_RLCK-XII-2 RLK-Pelle_RLCK-XIII RLK-Pelle_RLCK-XV RLK-Pelle_RLCK-XVI RLK-Pelle_SD-2b RLK-Pelle_Singleton RLK-Pelle_URK-1 RLK-Pelle_URK-2
RLK-Pelle_URK-3 RLK-Pelle_URK-Pp-1 RLK-Pelle_WAK RLK-Pelle_WAK_LRK10L-1 SCY1_SCYL1 SCY1_SCYL2 STE_STE-Pl STE_STE11
STE_STE20-Fray STE_STE20-Pl STE_STE20-YSK STE_STE7 TKL-Cr-3 TKL-Cr-4 TKL-Cr-Single TKL-Pl-1
TKL-Pl-2 TKL-Pl-3 TKL-Pl-4 TKL-Pl-5 TKL-Pl-6 TKL-Pl-7 TKL-Pl-8 TKL_CTR1-DRK-1
TKL_CTR1-DRK-2 TKL_Gdt TLK TTK ULK_Fused ULK_ULK4 WEE WNK_NRBP

Results

Select RPs_name Species RPs_type Gene ID Hmm_acc Hmm_name E-value Clan
VOZ Acco TF Acco01g3439 None None None None
VOZ Acco TF Acco03g1285 None None None None
VOZ Acco TF Acco06g2075 None None None None
VOZ Accr TF Accr11g01290 None None None None
VOZ Accr TF Accr1g03119 None None None None
VOZ Accr TF Accr5g01066 None None None None
VOZ Adu TF Adu03g03462 None None None None
VOZ Adu TF Adu08g01743 None None None None
VOZ Aed TF Aed10g1836 None None None None
VOZ Aed TF Aed5g0906 None None None None
VOZ Aed TF Aed9g0519 None None None None
VOZ Aev TF Aev03g0144 None None None None
VOZ Aev TF Aev10g2251 None None None None
VOZ Ahy TF Ahy13g3392 None None None None
VOZ Ahy TF Ahy18g0947 None None None None
VOZ Ahy TF Ahy3g3128 None None None None
VOZ Ahy TF Ahy8g1695 None None None None
VOZ Aip TF Aip03g03839 None None None None
VOZ Aip TF Aip08g00975 None None None None
VOZ Alju TF Alju02g0564 None None None None
VOZ Alju TF Alju03g1338 None None None None
VOZ Alju TF Alju04g1223 None None None None
VOZ Amo TF Amo04g1076 None None None None
VOZ Amo TF Amo08g1304 None None None None
VOZ Amo TF Amo13g4253 None None None None
VOZ Amo TF Amo18g0998 None None None None
VOZ Apr TF Apr1g1472 None None None None
VOZ Apr TF Apr3g1005 None None None None
VOZ Apr TF Apr3g1747 None None None None
VOZ Arst TF Arst3g04543 None None None None
VOZ Arst TF Arst3g04544 None None None None
VOZ Arst TF Arst3g04545 None None None None
VOZ Arst TF Arst8g02383 None None None None
VOZ Bach TF Bach12g01196 None None None None
VOZ Bach TF Bach13g00931 None None None None
VOZ Bach TF Bach7g00527 None None None None
VOZ Bach TF Bach9g00555 None None None None
VOZ Bisa TF Bisa02g3199 None None None None
VOZ Bisa TF Bisa04g1178 None None None None
VOZ Bisa TF Bisa07g1106 None None None None
VOZ Bisa TF Bisa12g0782 None None None None
VOZ Bva TF Bva09g00675 None None None None
VOZ Bva TF Bva12g01324 None None None None
VOZ Bva TF Bva14g01456 None None None None
VOZ Car TF Car06g01636 None None None None
VOZ Car TF Car06g01987 None None None None
VOZ Cca TF Cca01g00854 None None None None
VOZ Cca TF Cca04g01175 None None None None
VOZ Cca TF Cca08g02413 PF07047 OPA3 3.5e-41 No_clan
VOZ Dere TF Dere02g2761 None None None None
VOZ Dere TF Dere07g0283 None None None None
VOZ Dere TF Dere08g0650 None None None None
VOZ Dod TF Dod04g1405 None None None None
VOZ Dod TF Dod10g1212 None None None None
VOZ Enph TF Enph3g1106 None None None None
VOZ Enph TF Enph4g0773 None None None None
VOZ Enph TF Enph8g0552 None None None None
VOZ Enph TF Enph9g1326 None None None None
VOZ Eupl TF Eupl02g00771 None None None None
VOZ Eupl TF Eupl06g01074 None None None None
VOZ Gabi TF Gabi4083g00076 None None None None
VOZ Gabi TF Gabi4083g00077 None None None None
VOZ Gabi TF Gabi4083g00078 None None None None
VOZ Gabi TF Gabi4455g00086 None None None None
VOZ Gabi TF Gabi801g00004 None None None None
VOZ Gabi TF Gabi801g00005 None None None None
VOZ Gabi TF Gabi801g00006 None None None None
VOZ Glsi TF Glsi03g0742 None None None None
VOZ Glsi TF Glsi11g2303 None None None None
VOZ Glsi TF Glsi14g1249 None None None None
VOZ Gma TF Gma06g02569 None None None None
VOZ Gma TF Gma07g01968 None None None None
VOZ Gma TF Gma10g00632 None None None None
VOZ Gma TF Gma12g01088 None None None None
VOZ Gma TF Gma13g01319 None None None None
VOZ Gma TF Gma13g01532 None None None None
VOZ Gma TF Gma15g01932 None None None None
VOZ Gso TF Gso10g0592 None None None None
VOZ Gso TF Gso11g2084 None None None None
VOZ Gso TF Gso12g0996 None None None None
VOZ Gso TF Gso13g1191 None None None None
VOZ Gso TF Gso15g1690 None None None None
VOZ Gso TF Gso6g2349 None None None None
VOZ Gso TF Gso7g1721 None None None None
VOZ Lal TF Lal15g0653 None None None None
VOZ Lal TF Lal1g0513 None None None None
VOZ Lal TF Lal2g0494 None None None None
VOZ Lal TF Lal3g0101 None None None None
VOZ Lan TF Lan13g0529 None None None None
VOZ Lan TF Lan15g0382 None None None None
VOZ Lan TF Lan18g0542 None None None None
VOZ Lan TF Lan4g0666 None None None None
VOZ Lapu TF Lapu11g01357 None None None None
VOZ Lapu TF Lapu3g02391 None None None None
VOZ Lapu TF Lapu6g01300 None None None None
VOZ Lasa TF Lasa7g02603 None None None None
VOZ Lasa TF Lasa7g03157 None None None None
VOZ Lele TF Lele04g1741 PF13489 Methyltransf_23 1.8e-19 CL0063
VOZ Lele TF Lele09g0820 None None None None
VOZ Lele TF Lele10g0747 None None None None
VOZ Lele TF Lele11g0825 None None None None
VOZ Lele TF Lele12g0522 None None None None
VOZ Lele TF Lele13g0818 None None None None
VOZ Lele TF Lele14g0709 None None None None
VOZ Lele TF Lele15g1660 None None None None
VOZ Lele TF Lele16g1698 None None None None
VOZ Lele TF Lele22g0288 None None None None
VOZ Lele TF Lele33g0766 None None None None
VOZ Lele TF Lele34g0638 None None None None
VOZ Lele TF Lele35g0745 None None None None
VOZ Lele TF Lele35g0747 None None None None
VOZ Lele TF Lele36g0730 None None None None
VOZ Lele TF Lele46g0468 None None None None
VOZ Lele TF Lele52g1733 None None None None
VOZ Lja TF Lja3g3034 None None None None
VOZ Lja TF Lja4g3756 None None None None
VOZ Mal TF Mal7g3022 None None None None
VOZ Mal TF Mal7g3476 None None None None
VOZ Mepo TF Mepo2g02763 None None None None
VOZ Mepo TF Mepo2g03212 None None None None
VOZ Mepo TF Mepo6g00499 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa13g01880 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa13g02286 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa14g01923 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa14g02557 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa15g02076 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa15g02447 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa5g04160 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa6g03917 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa7g04141 None None None None
VOZ Mesa TF Mesa8g04106 None None None None
VOZ Mibi TF Mibi01g0493 None None None None
VOZ Mibi TF Mibi03g1139 None None None None
VOZ Mibi TF Mibi06g1057 None None None None
VOZ Mtr TF Mtr4g2499 None None None None
VOZ Mtr TF Mtr4g2903 None None None None
VOZ Mupr TF Mupr10133g00004 None None None None
VOZ Mupr TF Mupr6510g00003 None None None None
VOZ Phac TF Phac3g01084 None None None None
VOZ Phac TF Phac3g01085 None None None None
VOZ Phac TF Phac3g01086 None None None None
VOZ Phac TF Phac3g01087 None None None None
VOZ Phac TF Phac3g01088 None None None None
VOZ Phac TF Phac6g02584 None None None None
VOZ Phac TF Phacun112g00043 None None None None
VOZ Phac TF Phacun112g00044 None None None None
VOZ Phac TF Phacun112g00045 None None None None
VOZ Phac TF Phacun112g00046 None None None None
VOZ Phco TF Phco11g00463 None None None None
VOZ Phco TF Phco8g02606 None None None None
VOZ Phco TF Phco9g01403 None None None None
VOZ Pral TF Pral1353g00009 None None None None
VOZ Pral TF Pral1353g00010 None None None None
VOZ Pral TF Pral1565g00001 None None None None
VOZ Pral TF Pral1565g00002 None None None None
VOZ Pral TF Pral1565g00003 None None None None
VOZ Pral TF Pral4651g00057 None None None None
VOZ Pral TF Pral4833g00054 None None None None
VOZ Pral TF Pral4833g00055 None None None None
VOZ Prci TF Prci11g2865 None None None None
VOZ Prci TF Prci11g2866 None None None None
VOZ Prci TF Prci1707g0005 None None None None
VOZ Prci TF Prci2254g0001 None None None None
VOZ Prci TF Prci3g1103 None None None None
VOZ Prci TF Prci7g2085 None None None None
VOZ Prci TF Prci7g2086 None None None None
VOZ Psa TF Psa7g2688 None None None None
VOZ Psa TF Psa7g3160 None None None None
VOZ Pste TF Pste1g03547 None None None None
VOZ Pste TF Pste2g02079 None None None None
VOZ Pste TF Pste3g03934 None None None None
VOZ Pte TF Pte18g00291 None None None None
VOZ Pte TF Pte1g01407 None None None None
VOZ Pte TF Pte2g01930 None None None None
VOZ Pumo TF Pumo11g01022 None None None None
VOZ Pumo TF Pumo2g00771 None None None None
VOZ Pumo TF Pumo6g02034 None None None None
VOZ Pvu TF Pvu11g1190 None None None None
VOZ Pvu TF Pvu3g0763 None None None None
VOZ Pvu TF Pvu6g1875 None None None None
VOZ Rops TF Rops11g00614 None None None None
VOZ Rops TF Rops2g02170 None None None None
VOZ Rops TF Rops3g01512 None None None None
VOZ Sebi TF Sebi295g00014 None None None None
VOZ Sebi TF Sebi414g00061 None None None None
VOZ Seca TF Seca11g04819 None None None None
VOZ Seca TF Seca12g04674 None None None None
VOZ Seca TF Seca3g04761 None None None None
VOZ Seca TF Seca4g04853 None None None None
VOZ Seca TF Seca5g05029 None None None None
VOZ Seca TF Seca6g04835 None None None None
VOZ Spst TF Spst11g00915 None None None None
VOZ Spst TF Spst3g02045 None None None None
VOZ Spst TF Spst6g00830 None None None None
VOZ Ssu TF Ssu1g0500 None None None None
VOZ Ssu TF Ssu3g2081 None None None None
VOZ Ssu TF Ssu5g1627 None None None None
VOZ Sto TF Sto13g2154 None None None None
VOZ Sto TF Sto2g0064 None None None None
VOZ Sto TF Sto7g0487 None None None None
VOZ Stsc TF Stsc30365g00003 None None None None
VOZ Stsc TF Stsc30459g00001 None None None None
VOZ Stsc TF Stsc369g00013 None None None None
VOZ Stsc TF Stsc96g00011 None None None None
VOZ Tpr TF Tpr2g5830 None None None None
VOZ Tpr TF Tpr3g2000 None None None None
VOZ Tpr TF Tpr7g3010 None None None None
VOZ Trme TF Trme158882g00001 None None None None
VOZ Trme TF Trme237742g00001 None None None None
VOZ Trme TF Trme53035g00001 None None None None
VOZ Trme TF Trme8445g00001 None None None None
VOZ Trre TF Trre7g02045 None None None None
VOZ Trre TF Trre7g03404 None None None None
VOZ Trre TF Trre8g02146 None None None None
VOZ Trre TF Trre8g03444 None None None None
VOZ Tsu TF Tsu02g02006 None None None None
VOZ Tsu TF Tsu02g02944 PF07047 OPA3 1.7e-22 No_clan
VOZ Tsu TF Tsu08g04007 None None None None
VOZ Vian TF Vian1g02607 None None None None
VOZ Vian TF Vian5g00723 None None None None
VOZ Vian TF Vian6g01730 None None None None
VOZ Vifa TF Vifa6g01651 None None None None
VOZ Vifa TF Vifa6g02528 None None None None
VOZ Vifa TF Vifaun17038g00001 None None None None
VOZ Vimu TF Vimu11g01977 None None None None
VOZ Vimu TF Vimu2g00712 None None None None
VOZ Vimu TF Vimu2g02212 None None None None
VOZ Vimu TF Vimu5g01321 PF07047 OPA3 2.2e-28 No_clan
VOZ Vium TF Vium3104g00037 None None None None
VOZ Vium TF Vium3104g00038 None None None None
VOZ Vium TF Vium3104g00039 None None None None
VOZ Vium TF Vium3104g00040 None None None None
VOZ Vium TF Vium5160g00004 None None None None
VOZ Vium TF Vium5160g00005 None None None None
VOZ Vium TF Vium5160g00006 None None None None
VOZ Vium TF Vium8649g00001 None None None None
VOZ Vium TF Vium8649g00002 None None None None
VOZ Vium TF Vium8649g00003 None None None None
VOZ Vium TF Vium8649g00004 None None None None
VOZ Viun TF Viun11g01297 None None None None
VOZ Viun TF Viun11g01298 None None None None
VOZ Viun TF Viun3g02379 None None None None
VOZ Viun TF Viun3g02380 None None None None
VOZ Viun TF Viun3g02381 None None None None
VOZ Viun TF Viun6g02727 None None None None
VOZ Vivi TF Vivi337g00009 None None None None
VOZ Vivi TF Vivi337g00010 None None None None
VOZ Vivi TF Vivi5g03364 None None None None
VOZ Vivi TF Vivi5g03365 None None None None
VOZ Vivi TF Vivi5g04023 None None None None
VOZ Vra TF Vra10g1270 None None None None
VOZ Vra TF Vra7g0872 None None None None
VOZ Vvi TF Vvi10g0197 None None None None
VOZ Vvi TF Vvi12g0257 None None None None