Hierarchical alignments with the V. vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Fabaceae genomes. We used P. vulgaris as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between P. vulgaris and other Fabaceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We created two hierarchical lists of homologous genes using P. vulgaris as a reference.
  The relevant gene ids can be obtained from the Fabaceae blast and match under the Tools module. This link is Fabaceae blast and match.
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Select Download Tree Vvi Acco_1 Acco_2 Accr_1 Accr_2 Adu_1 Adu_2 Aed_1 Aed_2 Aev_1 Aev_2 Ahy_1 Ahy_2 Aip_1 Aip_2 Alju_1 Alju_2 Amo_1 Amo_2 Apr_1 Apr_2 Arst_1 Arst_2 Bach_1 Bach_2 Bisa_1 Bisa_2 Bva_1 Bva_2 Car_1 Car_2 Cca_1 Cca_2 Dere_1 Dere_2 Dod_1 Dod_2 Enph_1 Enph_2 Glsi_1 Glsi_2 Gma_1 Gma_2 Gma_3 Gma_4 Gso_1 Gso_2 Gso_3 Gso_4 Lal_1 Lal_2 Lal_3 Lal_4 Lal_5 Lal_6 Lan_1 Lan_2 Lan_3 Lan_4 Lan_5 Lan_6 Lapu_1 Lapu_2 Lasa_1 Lasa_2 Lele_1 Lele_2 Lele_3 Lele_4 Lele_5 Lele_6 Lele_7 Lele_8 Lja_1 Lja_2 Mal_1 Mal_2 Mepo_1 Mepo_2 Mesa_1 Mesa_2 Mibi_1 Mibi_2 Mtr_1 Mtr_2 Phac_1 Phac_2 Phco_1 Phco_2 Prci_1 Prci_2 Psa_1 Psa_2 Pste_1 Pste_2 Pte_1 Pte_2 Pte_3 Pte_4 Pumo_1 Pumo_2 Pvu_1 Pvu_2 Rops_1 Rops_2 Seca_1 Seca_2 Spst_1 Spst_2 Ssu_1 Ssu_2 Sto_1 Sto_2 Tpr_1 Tpr_2 Trre_1 Trre_2 Tsu_1 Tsu_2 Vian_1 Vian_2 Vifa_1 Vifa_2 Vimu_1 Vimu_2 Viun_1 Viun_2 Vivi_1 Vivi_2 Vra_1 Vra_2
Vvi19g0420 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0421 . . . . . . . . . . . . Aip08g01262 . . . Amo18g1373 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Gma12g01308 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0422 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0423 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0424 . . . . . . . . . . Ahy18g1193 . Aip08g01261 . . . Amo18g1364 . . . . . . . . . . . . . . Cca04g01325 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0425 . . . . . . . . . . Ahy18g1190 . Aip08g01256 . . . Amo18g1362 . . . . . . . . . . . . . . Cca04g01323 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0426 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cca04g01322 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ssu3g1912 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0427 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0428 . . . . . . . Aed5g1076 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Cca04g01321 . . . . . . . . Gma06g02353 . . . Gso6g2142 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vvi19g0429 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Apr5g0050 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
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DecoBrowse

Select Species Gene Chromosome Start End Strand
Cca Cca04g01322 Chr04 16856047 16860910 -
Ssu Ssu3g1912 Chr3 60224043 60233385 +
Cca Cca04g01323 Chr04 16869262 16873256 +
Aip Aip08g01262 Chr08 18772675 18773523 -
Amo Amo18g1373 Chr18 25126487 25130175 +
Vvi Vvi19g0420 Chr19 4611355 4612076 -
Vvi Vvi19g0421 Chr19 4614385 4614945 -
Aip Aip08g01262 Chr08 18772675 18773523 -
Amo Amo18g1373 Chr18 25126487 25130175 +
Gma Gma12g01308 Chr12 18931783 18935789 -
Vvi Vvi19g0422 Chr19 4632191 4632319 +
Vvi Vvi19g0423 Chr19 4653435 4658256 -
Vvi Vvi19g0424 Chr19 4665736 4667112 +
Ahy Ahy18g1193 Chr18 19659589 19663320 +
Aip Aip08g01261 Chr08 18755465 18757718 +
Amo Amo18g1364 Chr18 24952637 24956802 -
Cca Cca04g01325 Chr04 16913555 16921716 -
Vvi Vvi19g0425 Chr19 4677542 4681527 -
Ahy Ahy18g1190 Chr18 19594481 19598418 +
Aip Aip08g01256 Chr08 18680457 18684340 +
Amo Amo18g1362 Chr18 24908750 24923802 -
Cca Cca04g01323 Chr04 16869262 16873256 +
Vvi Vvi19g0426 Chr19 4694353 4695212 -
Cca Cca04g01322 Chr04 16856047 16860910 -
Ssu Ssu3g1912 Chr3 60224043 60233385 +
Vvi Vvi19g0427 Chr19 4700623 4701638 +
Vvi Vvi19g0428 Chr19 4714589 4721730 -
Aed Aed5g1076 Chr5 8821249 8821931 -
Cca Cca04g01321 Chr04 16759868 16825926 -
Gma Gma06g02353 Chr06 44876203 44879560 +
Gso Gso6g2142 Chr6 40860286 40864027 +
Vvi Vvi19g0429 Chr19 4722292 4722965 -
Apr Apr5g0050 Chr5 468559 472334 -