Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vivi549g00002 ATGGAGTTACGGTTTGTATCACAGTTCGTCTTCAGCATTCTCGTTATCACGCTTCTTTTTTCTCTCAATCTCACCAATGCAATCGATCATAATGAATCGAGTGTTGTTGATGGAGAAGAGAAGCTACAGATGCAGAGCTTGAAGAATTCGTCAATGGCGGAAAGTTTAAGTGATGCTTTGAACGAGCATGCTGTTGATAATCCAGAGGAACTTGCTTCCATGGTAGATACGACTATACGCAATCACACGGAGAGAAGGAGTCTGAGTTTTTTCTCATGTGGGACTGGAAATCCAATGGATGACTGCTGGCGCTGTGACAGACGTTGGTCCTTCCGGCGAAAGAGGTTGGCTGATTGCGCCATTGGTTTCGGTCGCAATGCCATCGGTGGTCGTGATGGAAAGTACTATGTTGTGTCGGACCCAAAAGACGATGACCCCGTGAACCCAAGACCGGGCACTCTCCGTCACGCTGTCATTCAAGATAGGCCATTATGGATCGTGTTCAAGAGAGACATGGTGATCACTCTGAAGCAAGAACTGATCATGAACAGCTTTAAGACCATTGATGGTCGTGGTGCCAACGTTCATATTGCATTTGGAGCCTGCATTACAATTCAGTTTATCACCAATGTCATCATCCATGGTGTTCATATTCATGATTGTAAGCCTACTGGGAATGCTATGGTTCGTAGCTCCCCTTCCCATTTTGGATGGAGGACAATGGCTGATGGTGATGGCATTTCCATCTTTGGTTCCAGTCATATTTGGATTGACCACAACTCTCTTTCCAATTGCGCTGATGGTCTTGTTGATGCTATTATGGGTTCCACTGCCATTACTATTTCCAATAACTATTTCACCCACCACAATGAGGTTATACTATTGGGTCACAGTGACTCGTATGTCCGTGACAAGCAGATGCAAGTAACCATTGCATACAACCATTTTGGGGAGGGCCTTATCCAAAGGATGCCTAGGTGCAGACATGGGTATTTCCATGTGGTAAACAATGACTATACCCATTGGGAGATGTATGCCATTGGAGGTAGTGCTGAACCCACAATTAACAGCCAAGGAAACAGATACCTTGCTCCTCAGAACCCTTTTGCTAAGGAGGTAACAAAGAGGGTGGATACAGGGTCCGGCATATGGAAAGGTTGGAATTGGAGGTCTGAGGGAGACCTTTTGCTAAATGGAGCCTTTTTCATTCCATCAGGAGCAGAAGCTGGAGCAAGCTATGCTAGAGCCTCAAGTTTAGGGGCCAAATCATCTTCTCTAGTAGGCTCCTTAACCTCAAGTGCTGGAGTTATTAGCTGTCGCAGGGGTGGCGTGTGTTAA 1338 0.4589 MELRFVSQFVFSILVITLLFSLNLTNAIDHNESSVVDGEEKLQMQSLKNSSMAESLSDALNEHAVDNPEELASMVDTTIRNHTERRSLSFFSCGTGNPMDDCWRCDRRWSFRRKRLADCAIGFGRNAIGGRDGKYYVVSDPKDDDPVNPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVITLKQELIMNSFKTIDGRGANVHIAFGACITIQFITNVIIHGVHIHDCKPTGNAMVRSSPSHFGWRTMADGDGISIFGSSHIWIDHNSLSNCADGLVDAIMGSTAITISNNYFTHHNEVILLGHSDSYVRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSAEPTINSQGNRYLAPQNPFAKEVTKRVDTGSGIWKGWNWRSEGDLLLNGAFFIPSGAEAGASYARASSLGAKSSSLVGSLTSSAGVISCRRGGVC 445
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vivi549g00002 445 FunFam Pectate lyase 96 438 - -
Vivi549g00002 445 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 74 439 IPR011050 -
Vivi549g00002 445 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 66 442 IPR045032 GO:0030570
Vivi549g00002 445 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 345 364 IPR018082 -
Vivi549g00002 445 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 119 136 IPR018082 -
Vivi549g00002 445 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 179 195 IPR018082 -
Vivi549g00002 445 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 387 411 IPR018082 -
Vivi549g00002 445 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 323 342 IPR018082 -
Vivi549g00002 445 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 416 439 IPR018082 -
Vivi549g00002 445 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 143 168 IPR018082 -
Vivi549g00002 445 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 243 264 IPR018082 -
Vivi549g00002 445 Pfam Pectate lyase 179 360 IPR002022 -
Vivi549g00002 445 Gene3D - 96 438 IPR012334 -
Vivi549g00002 445 SMART amb_all 171 368 IPR002022 -
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vivi549g00002 43 445 Polysaccharide Lyase AT4G13710 77.129 0.0 675
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vivi549g00002 K01728 - gmx:100809277 766.148