Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vivi3g06569 ATGGCTTTCTTTGGAAGAATTGGGAATATAATAAGGAATGCGGCGAATGCAAAGATCAGTTCTGAGATTAAGCTACGTTCTTTTCCATCTGTTTTCCAAGCTATTCGGTGTTTTTCGAGTGTTCCGTCTACAAAGCTGTTTGTAGGAGGTGTTTCATATTCTACTGATGAACAAAGTTTGAGGGAAGTTTTTGCAAGATATGGGGAAGTTGTCGATGTGAGGATCATTATGGATCGTGAAACTGGTAGGTCCAAAGGATTTGGCTTTATTACTTACAATACAGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCCTTCAAGCTTTGGATGGACAGGATTTACATGGTCGCCGGGTTGGTGTAAATTTTGCCAACGAAAGAGCCCGTGGAGGGTATGGCGGCGGTGATGGTGGTTTTGGTGGATCTTATGGAAATACTTCCTATGGTGGTGGAGGTGGTGTTGGATATCAAGGTGGTTATGGTAACTCTCCATATGGTGCTGCTCCAAGCGGTGGTGGGTATGGTGATGCTGGTGGTAATGTCACTGGAGGTTATGGAAGCACTTACAATGATGGAACTACTAGTGGAGGTTATGGTGGCAACAATGCGAATTATGGTGCTCCTGTGAGTGGTGGTGAAAGCAATACACTTAACTATGGCAGTGCTCCCGCTGTTGGTGGTTATGGCGGTGGTAACAATGGGAATTATGGAGCTGCTGATACTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGCTGGTGGTTATGGTGGTGACAATGCAAGTTACGGTGGTGGAGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCAGTGGTAGTGCAAATTATGGTGCTGCTGTAGGTGGCGTGGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTTCTCCTCCTGTTGATGGTGGTTATGGTGCTTCTTCTGTCGCTGCTGCCGGTACGAGCAATGGTTTCACTGGTAGTCAATACCCTGGAAATGCAACAGGGTATGGCAGTGGCAGTTTAGGTACTGGGAGCAGCTTTGCTGGTGGATATGGCGAAAGTGGTCAAGAAAATTTCAGGAATGATGATCATGAAGCAGATGCTTTTGCTAAAAGGGCTTGA 1107 0.458 MAFFGRIGNIIRNAANAKISSEIKLRSFPSVFQAIRCFSSVPSTKLFVGGVSYSTDEQSLREVFARYGEVVDVRIIMDRETGRSKGFGFITYNTVEEASSALQALDGQDLHGRRVGVNFANERARGGYGGGDGGFGGSYGNTSYGGGGGVGYQGGYGNSPYGAAPSGGGYGDAGGNVTGGYGSTYNDGTTSGGYGGNNANYGAPVSGGESNTLNYGSAPAVGGYGGGNNGNYGAADTVNYGSAPGAGGYGGDNASYGGGESNSVNYGSAPGVGGYGSGSANYGAAVGGVESNSVNYGSPPVDGGYGASSVAAAGTSNGFTGSQYPGNATGYGSGSLGTGSSFAGGYGESGQENFRNDDHEADAFAKRA 368
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vivi3g06569 368 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 33 235 - -
Vivi3g06569 368 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 40 151 IPR035979 GO:0003676
Vivi3g06569 368 Gene3D - 32 140 IPR012677 -
Vivi3g06569 368 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 44 122 IPR000504 GO:0003723
Vivi3g06569 368 SMART rrm1_1 45 118 IPR000504 GO:0003723
Vivi3g06569 368 MobiDBLite consensus disorder prediction 341 368 - -
Vivi3g06569 368 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 46 115 IPR000504 GO:0003723
Vivi3g06569 368 MobiDBLite consensus disorder prediction 352 368 - -
Vivi3g06569 368 CDD RRM2_NsCP33_like 45 120 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Vivi3g06569 Vivi-Chr3 181971664 181975066 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vivi3g06569 46 130 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 31.395 3.73e-07 50.1
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vivi3g06569 K12741 - gmx:100799124 209.534