Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vivi33g00021 ATGACAAACACACCTTTCTCTTTGGTTCTTTTGTTCTTCTCCCTTTTCATGCCTACCCTTATTTCTTCTACAACTCTTCAAAATCCTGAATTGGTTGTCCATGAAGTAAACAGCAAAATTAATGCCTCTTCAGCTAGAAGAAATTTAGGGTACCTATCTTGTGGAAGTGGAAACCCCATTGATGATTGTTGGAGATGTGACTCCAATTGGGAGAAAAACAGACAAAGGCTAGCGGATTGCGCAATTGGGTTTGGCAAAAACGCAATGGGTGGAAAAAACGGTAAAATTTACGTTGTAACAGACTCGGGCGATGACGATCCAGTGAGTCCAAAGCCGGGAACACTCCGTTACGCGGTGATCCAAGAGGAACCATTATGGATAATCTTCGCGCGAGACATGGTGATAAAATTAAAAGAAGAATTAATCATGAACTCTTTCAAAACAATTGATGGTAGAGGTGCTAGTGTGCACATTGCTGGTGGTCCATGCATTACTATACAATTTGTGACCAATATTATCATACATGGAATAAATATTCATGATTGTAAACAAGGTGGGAATGCTATGGTGAGGGACTCCCCACGGCATTTCGGGTGGAGGACTATATCGGACGGCGACGGTGTGTCGATTTTTGGTGGAAGTCATGTTTGGGTTGATCATTGCTCTTTGTCTAATTGTGAAGATGGTTTGATTGATGCTATTTATGGGTCCACTGCTATAACAATTTCTAACAATTTTATGACTCACCATGATAAGGTCATGTTGTTGGGTCATAGTGATTCTTATATTAAAGATAAAAATATGCAAGTCACAATTGCTTTTAATCACTTTGGTGAAGGTCTGGTTCAAAGAATGCCAAGGTGTAGGCTAGGATATTTCCATGTAGTAAACAATGACTACACTCACTGGGAAATGTATGCCATTGGAGGAAGTGCAAACCCTACCATAAACAGCCAAGGCAACAGATTTGTTGCACCCAATATCAGATTCAGCAAAGAGGTGACAAAGTATGAAGATGCACCAGAGAGTGAGTGGAAGAATTGGAACTGGAGATCAGAGGGAGATTTGTTGTTAAATGGTGCATTTTTCACTCCTTCTGGTGGTGGAACTTCATCTAGCTATGCAAGAGCTTCAAGTTTGAGTGCAAGACCTTCTTCTCTTGTGGGTTCTATAACTGTTGCTTCTGGGACACTTAACTGTAAGAAAGGTTCACCTTGCTAG 1221 0.4079 MTNTPFSLVLLFFSLFMPTLISSTTLQNPELVVHEVNSKINASSARRNLGYLSCGSGNPIDDCWRCDSNWEKNRQRLADCAIGFGKNAMGGKNGKIYVVTDSGDDDPVSPKPGTLRYAVIQEEPLWIIFARDMVIKLKEELIMNSFKTIDGRGASVHIAGGPCITIQFVTNIIIHGINIHDCKQGGNAMVRDSPRHFGWRTISDGDGVSIFGGSHVWVDHCSLSNCEDGLIDAIYGSTAITISNNFMTHHDKVMLLGHSDSYIKDKNMQVTIAFNHFGEGLVQRMPRCRLGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRFVAPNIRFSKEVTKYEDAPESEWKNWNWRSEGDLLLNGAFFTPSGGGTSSSYARASSLSARPSSLVGSITVASGTLNCKKGSPC 406
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vivi33g00021 406 SMART amb_all 132 329 IPR002022 -
Vivi33g00021 406 Pfam Pectate lyase 140 323 IPR002022 -
Vivi33g00021 406 FunFam Pectate lyase 57 399 - -
Vivi33g00021 406 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 22 404 IPR045032 GO:0030570
Vivi33g00021 406 Gene3D - 57 399 IPR012334 -
Vivi33g00021 406 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 40 378 IPR011050 -
Vivi33g00021 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 204 225 IPR018082 -
Vivi33g00021 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 306 325 IPR018082 -
Vivi33g00021 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 377 400 IPR018082 -
Vivi33g00021 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 104 129 IPR018082 -
Vivi33g00021 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 80 97 IPR018082 -
Vivi33g00021 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 284 303 IPR018082 -
Vivi33g00021 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 348 372 IPR018082 -
Vivi33g00021 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 140 156 IPR018082 -
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vivi33g00021 1 406 Polysaccharide Lyase AT4G24780 81.327 0.0 661
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vivi33g00021 K01728 - gmx:100101868 719.153