Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vivi1346g00001 ATGGCTTTCTTTGGAAGATTTGGGAATATAATAAGGAATGCGGCGAATGCAAAGATCAGTTCTGAGATTAAGCTACGTTCTTTTCCATCTGTTTTCCAAGCTATTCGGTGTTTTTCGAGTGTTCCGTCTACAAAGCTGTTTGTAGGAGGTGTTTCATTTTCTACTGATGAACAAAGTTTGAGGGAAGTTTTTGCAAGATATGGGGAAGTTGTCGATGTGAGGATCATTATGGATCGTGAAACTGGTAGGTCCAAAGGATTTGGCTTTATTACTTACAATACAGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCCTTCAAGCTTTGGATGGACAGGATTTGCATGGTCGCCGGGTTGGTGTAAATTTTGCCAACGAAAGAGCCCGTGGAGGATACGGCGGCGGTGATGGTGGTTTTGGTGGATCTTATGGAAATACTTCCTATGGTGGTGGAGGTGCTGCTGGATATCAAGGTGGTTATGGTAACTCTCCATACGGTGCTGCTCCAAGCGGTGGTGGGTATGGTGATGCTGGTGCTAATGTCACTGGAGGTTATGGCGGAGGTGGTTATGGAAGCACTTACAATGATGGAACTACTAGTGGAGGTTATGGCGGCAACAATGTGAACTATGGTGCTCCTGTGGGTGGTGCTGAAAGCAATACGCCTAACTATGGCAGTGCTCCTGCTGTTGGTGGTTATGACGGTGGTAACAATGGGAATTACGGTGCTGCTGATACTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGCTGGTGGTTATGGTGGTGGTAACAATGCAAGTTATGGTGGTGGAGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCAGTGGTAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGTGGAAAGCAATTCTGTTAATTATGGTACTCCTCCTGTTGATGGCGCTTATGGTGCTTCTTCTGCTGCTGCTGGTCCGACCAGTGGTTTCGCGGGTAGTCAATACCCTGGAAATGCAACGGGGTATGGCAGTGGAGGACTTGGATATGGCGAAAATTTCAGGAATGATGATCATGAAGCAGATGCTTTTGCTAAACGGGCTTGA 1086 0.465 MAFFGRFGNIIRNAANAKISSEIKLRSFPSVFQAIRCFSSVPSTKLFVGGVSFSTDEQSLREVFARYGEVVDVRIIMDRETGRSKGFGFITYNTVEEASSALQALDGQDLHGRRVGVNFANERARGGYGGGDGGFGGSYGNTSYGGGGAAGYQGGYGNSPYGAAPSGGGYGDAGANVTGGYGGGGYGSTYNDGTTSGGYGGNNVNYGAPVGGAESNTPNYGSAPAVGGYDGGNNGNYGAADTVNYGSAPGAGGYGGGNNASYGGGESNSVNYGSAPGVGGYGSGNANYGAAVGGVESNSVNYGTPPVDGAYGASSAAAGPTSGFAGSQYPGNATGYGSGGLGYGENFRNDDHEADAFAKRA 361
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vivi1346g00001 361 Gene3D - 33 140 IPR012677 -
Vivi1346g00001 361 SMART rrm1_1 45 118 IPR000504 GO:0003723
Vivi1346g00001 361 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 33 210 - -
Vivi1346g00001 361 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 40 149 IPR035979 GO:0003676
Vivi1346g00001 361 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 44 122 IPR000504 GO:0003723
Vivi1346g00001 361 CDD RRM2_NsCP33_like 45 120 - -
Vivi1346g00001 361 MobiDBLite consensus disorder prediction 346 361 - -
Vivi1346g00001 361 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 46 115 IPR000504 GO:0003723
Vivi1346g00001 361 MobiDBLite consensus disorder prediction 340 361 - -
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vivi1346g00001 46 130 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 31.395 4.88e-07 49.7
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vivi1346g00001 K12741 - gmx:100799124 192.971