Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Viun6g02263 ATGGCCACCTTAACCATTCTCATAGTGCTCTCAGCATGCTCTCTACCCACCTTAGCTTCACCACTCAATAACAGAGATTCAACAAAGGAGTTCAATGCCCTCTCTCCTATTCCAAGTTATATCACTGAGAGTAGCCCTAAGAATGTTGTGATGAACACAATTGATTCATGTTGGAGAGCCAAAACAAATTGGGCTTCTAATCGCCAATCCTTGGCGGATTGTGCAATTGGCTTTGGCAAAGATGCCATAGGAGGAAAGTTTGGTGATGTATATGAAGTCACTGACCCTTCTGATGACCCTGTAGACCCAAAACCTGGCACACTTCGTTATGGTGCAATCCAAACAGAACCCCTTTGGATAACTTTCGGCAAGGACATGGTTATCACGCTGAAGAACGAGCTCATGGTGAATAGCTACAAGAGCATTGATGGGAGAGGAGCCAAAGTGGAGATCGCAAACGGGGCTTGCATTACGATACAAGGTGTTAGCCATGTGATCATACATGGAATTAGCATTCATGATTGTAAACCTGGTGATGGTGGCATGGTTAGGAGCACCCCTGAACATGTTGGGTATCGTGAAGGCTCTGATGGAGATGCCATTAGCATATTTGCCTCCTCCAATGTTTGGATTGACCATTGCTTTTTGGCTCGTTGCACCGATGGTCTCATTGATGTTATTCATGCCTCAACTGCAATCACCATCTCTAACAACTACTTCACCCACCACGACAAAGTGATGCTGCTAGGGCACAGCGATGAATACAGCGCGGATAAAGTGATGAAAGTAACAGTAGCTTTTAACCACTTTGCCAGTGACTTAATAGAAAGAATGCCAAGGGTGAGATTTGGTTATGCTCATGTGGTGAACAACCGTTATGACGAGTGGGTGATGTATGCCATCGGTGGCAGTGCCGACCCTACCATTTTCAGTGAATGCAACTATTTTATGGCTTCAGATGATTCTGCTGCAAAAGAGGTTACGAAGAGGGAAAGTAGTGAAAAGTGGAATAATTGGAAATGGAGGAGTTATGGAGATGAATTCTTAAATGGTGCTTATTTTGTGCCATCTGGGTATGGAAGTTGCAGCCCATTGTATTCATCTGCTCAAACTTTCACAGCTACCGAGGCATCCATGGTGCCCTTGTTAACTCTCAATGCAGGGCCACTCAACTGTGTTGTTGACAAAGCTTGTTAA 1197 0.4461 MATLTILIVLSACSLPTLASPLNNRDSTKEFNALSPIPSYITESSPKNVVMNTIDSCWRAKTNWASNRQSLADCAIGFGKDAIGGKFGDVYEVTDPSDDPVDPKPGTLRYGAIQTEPLWITFGKDMVITLKNELMVNSYKSIDGRGAKVEIANGACITIQGVSHVIIHGISIHDCKPGDGGMVRSTPEHVGYREGSDGDAISIFASSNVWIDHCFLARCTDGLIDVIHASTAITISNNYFTHHDKVMLLGHSDEYSADKVMKVTVAFNHFASDLIERMPRVRFGYAHVVNNRYDEWVMYAIGGSADPTIFSECNYFMASDDSAAKEVTKRESSEKWNNWKWRSYGDEFLNGAYFVPSGYGSCSPLYSSAQTFTATEASMVPLLTLNAGPLNCVVDKAC 398
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Viun6g02263 398 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 133 149 IPR018082 -
Viun6g02263 398 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 369 392 IPR018082 -
Viun6g02263 398 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 74 91 IPR018082 -
Viun6g02263 398 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 197 218 IPR018082 -
Viun6g02263 398 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 339 363 IPR018082 -
Viun6g02263 398 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 277 296 IPR018082 -
Viun6g02263 398 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 299 318 IPR018082 -
Viun6g02263 398 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 97 122 IPR018082 -
Viun6g02263 398 SMART amb_all 125 322 IPR002022 -
Viun6g02263 398 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 44 394 IPR045032 GO:0030570
Viun6g02263 398 Pfam Pectate lyase 131 316 IPR002022 -
Viun6g02263 398 Gene3D - 51 391 IPR012334 -
Viun6g02263 398 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 51 389 IPR011050 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Viun6g02263 Viun-Chr6 28214521 28216361 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Viun6g02263 6 398 Polysaccharide Lyase AT4G22080 65.903 0.0 541
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Viun6g02263 K01728 - gmx:100803229 708.368
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Viun3g06108 3 64661973 64663392 Viun6g02263 6 28214521 28216361 PCT