Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vium8795g00025 ATGGAAATTCTAATTCTGCTGTCATTTATGTTACTCTTTCTGCTGCTTGTACCTTCCTGCATTTGTTCTTCCCCACTTCAAGATCCTGAACTAGTGGTGGAAGATGTACAAAAGAGCATTAAAGCCTCAAGGAGGAACTTAGCATTTCTCTCTTGTGGGACGGGGAACCCCATTGATGATTGTTGGAGGTGTGATGCCAATTGGGAAAAGAATCGGAAGAATTTAGCAGAGTGTTCCATTGGGTTTGGTAAGCATGCAATTGGAGGGAGGGATGGTAAAATATATGTGGTGACTGACCCTGGTGATCACGCTGTGAATCCCAAGCCAGGAACACTGAGATATGGTGTGATCCAAGAGGAACCAATGTGGATCATTTTCCAGCGTGACATGGTGATCAAGCTGAAGCAAGAGCTTATGATGAACTCTTTCAAGACCATAGATGGTAGAGGGGTAAGTGTGCACATTGCCGGTGGCCCTTGCATTACTATACAGTATGTGAGCAACATTATCATTCATGGGATTAACATCCATGACTGCAAGCAAGGAGGGAATGCCTATGTGAGAGAATCCCCTACACACTATGGGTGGAGGACTCTCTCAGATGGTGATGGCATCTCAATCTTTGGTGGGAGCCATGTTTGGGTGGATCACTGTTCTCTCTCCAATTGCCGTGATGGACTGATTGATGCCATCCATGGATCCACTGCCATTACCATATCCAACAATTTCTTTACCCACCACAACAAGGTCATGCTTTTGGGCCACAGTGATACTTTCACTAGGGACAAGAACATGCAAGTCACCATTGCCTTTAACCATTTTGGAGAAGGGCTAGTACAGAGAATGCCAAGATGTAGGTATGGATACTTCCATGTGGTGAACAATGATTACACCCAATGGAAAATGTATGCCATAGGAGGGAGTTCTGCCCCAACAATCAATAGCCAAGGGAATAGATTTTTTGCTTCTAATGACCATACCTTCAAAGAGGTGACAAAGAGGGAGAATGCAGCACAGAGCCAATGGAAGAGTTGGAATTGGAGGTCAACGGGAGATTTGATGCTAAACGGTGCGTTTTTCACTGCATCAGGAGCAGGTGCATCTTCAAGCTATGCAAGAGCTTCCAGTTTGGCAGCAAAACCATCTTCACTCGTCAGTTCTTTAACAGCAACAGCTGGATCACTTAGATGTAGAAAGGGTTCACGTTGCTGA 1212 0.4497 MEILILLSFMLLFLLLVPSCICSSPLQDPELVVEDVQKSIKASRRNLAFLSCGTGNPIDDCWRCDANWEKNRKNLAECSIGFGKHAIGGRDGKIYVVTDPGDHAVNPKPGTLRYGVIQEEPMWIIFQRDMVIKLKQELMMNSFKTIDGRGVSVHIAGGPCITIQYVSNIIIHGINIHDCKQGGNAYVRESPTHYGWRTLSDGDGISIFGGSHVWVDHCSLSNCRDGLIDAIHGSTAITISNNFFTHHNKVMLLGHSDTFTRDKNMQVTIAFNHFGEGLVQRMPRCRYGYFHVVNNDYTQWKMYAIGGSSAPTINSQGNRFFASNDHTFKEVTKRENAAQSQWKSWNWRSTGDLMLNGAFFTASGAGASSSYARASSLAAKPSSLVSSLTATAGSLRCRKGSRC 403
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vium8795g00025 403 Gene3D - 55 396 IPR012334 -
Vium8795g00025 403 Pfam Pectate lyase 137 320 IPR002022 -
Vium8795g00025 403 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 27 401 IPR045032 GO:0030570
Vium8795g00025 403 SMART amb_all 129 326 IPR002022 -
Vium8795g00025 403 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 42 397 IPR011050 -
Vium8795g00025 403 FunFam Pectate lyase 55 396 - -
Vium8795g00025 403 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 201 222 IPR018082 -
Vium8795g00025 403 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 345 369 IPR018082 -
Vium8795g00025 403 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 281 300 IPR018082 -
Vium8795g00025 403 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 374 397 IPR018082 -
Vium8795g00025 403 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 78 95 IPR018082 -
Vium8795g00025 403 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 101 126 IPR018082 -
Vium8795g00025 403 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 137 153 IPR018082 -
Vium8795g00025 403 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 303 322 IPR018082 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Vium8795g00025 Vium-Chr8795 134928 137094 Dispersed/Tandem
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vium8795g00025 7 403 Polysaccharide Lyase AT5G63180 74.010 0.0 618
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vium8795g00025 K01728 - gmx:100782388 744.962