Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vium4649g00003 ATGGCGGTGGTTTCTTCTTCTTCTTCTTCCATGCGGGTCTTCTTTTTTCTCCTTCTGGCGCTGTTCATTCACCTACAAGCAGCCATGGCCACCACCACTCCACAGATCTCTCACCTCAGGAATGTTGAAGTGAAAAAACACAGGCTGCCGAGCTTGCAGAACTCGTCAATGGCGGAGAGGGCACTGGAGGCTGAAAAATTAAATGAACAAGCTGCAGTGGCTAACCCAGAGGAAGTGGTTTCAATGGTTGAGATGAGCATCCAGAATAGTACACAGAGAAGGAATCTGGGGTTTTTCTCTTGTGGAACTGGTAACCCCATTGATGATTGCTGGCGTTGTGACCCCAACTGGCAGCGCAACAGGAAGCGTCTTGCAGATTGTGGCATTGGATTTGGCAGAAATGCCATTGGTGGTCGTGATGGAAAGTTCTATGTTGTGACTGACCCCAGGGATGATGATCCTGTGAACCCCAAACCTGGCACTCTTCGTCATGCTGTGATCCAGGACAGGCCCTTGTGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATTCAGTTGAAGCAAGAGCTAATTATGAACAGCTTCAAGACCATTGATGGAAGAGGAGCCAATGTGCACATTGCTAATGGGGCATGTATCACAATTCAGTTTGTTACCAATGTCATCATCCATGGTCTGCATATTCATGATTGCGTACCTACCGGAAATGCCATGGTGAGGAGCTCCCCCACCCACTTTGGGTGGAGGACAATGGCTGATGGAGATGCCATCTCCATATTTAGCTCAAGCCACATTTGGGTTGACCACAACTCCTTGTCCCACTGTGCTGATGGCCTTGTGGATGCTGTCTTGGGCTCAACAGCCATTACTATTTCAAACAACCACTTCACTCACCACAATGAGGTGATTCTGCTGGGCCACAGTGACTCTTACACAAGAGACAAACTCATGCAAGTGACCATCGCATACAACCATTTCGGAGAGGGACTTATCCAGAGAATGCCACGGTGTAGACATGGATATTTTCACGTGGTGAACAATGACTATACTCACTGGGAAATGTATGCCATTGGTGGAAGTGCTAACCCCACCATTAACAGCCAGGGAAACCGATACAATGCTCCTGTTAACCCTTTTGCAAAGGAGGTGACTAAGAGAGTGGAAACAGCAGAAAGTCAGTGGAAGGGTTGGAATTGGAGGTCTGAGGGAGATTTGTTGCTGAATGGTGCCTTTTTCACACCATCAGGAGCCGGAGCCTCAGCCAGCTATGCCAGGGCCTCAAGCTTAGGTGCCAAATCTTCTTCCATGGTTGGTTCCATGACTTCCAATGCCGGTGCACTAGGTTGCAAAAGAGGCCGTCAGTGCTAG 1362 0.4868 MAVVSSSSSSMRVFFFLLLALFIHLQAAMATTTPQISHLRNVEVKKHRLPSLQNSSMAERALEAEKLNEQAAVANPEEVVSMVEMSIQNSTQRRNLGFFSCGTGNPIDDCWRCDPNWQRNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGKFYVVTDPRDDDPVNPKPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVIQLKQELIMNSFKTIDGRGANVHIANGACITIQFVTNVIIHGLHIHDCVPTGNAMVRSSPTHFGWRTMADGDAISIFSSSHIWVDHNSLSHCADGLVDAVLGSTAITISNNHFTHHNEVILLGHSDSYTRDKLMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYNAPVNPFAKEVTKRVETAESQWKGWNWRSEGDLLLNGAFFTPSGAGASASYARASSLGAKSSSMVGSMTSNAGALGCKRGRQC 453
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vium4649g00003 453 Pfam Pectate lyase 186 368 IPR002022 -
Vium4649g00003 453 FunFam Pectate lyase 104 446 - -
Vium4649g00003 453 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 66 451 IPR045032 GO:0030570
Vium4649g00003 453 SMART amb_all 179 376 IPR002022 -
Vium4649g00003 453 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 79 447 IPR011050 -
Vium4649g00003 453 Gene3D - 104 446 IPR012334 -
Vium4649g00003 453 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 353 372 IPR018082 -
Vium4649g00003 453 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 424 447 IPR018082 -
Vium4649g00003 453 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 251 272 IPR018082 -
Vium4649g00003 453 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 151 176 IPR018082 -
Vium4649g00003 453 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 331 350 IPR018082 -
Vium4649g00003 453 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 395 419 IPR018082 -
Vium4649g00003 453 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 127 144 IPR018082 -
Vium4649g00003 453 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 187 203 IPR018082 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Vium4649g00003 Vium-Chr4649 33211 38699 Dispersed/Tandem
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vium4649g00003 43 453 Polysaccharide Lyase AT4G13710 80.769 0.0 725
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vium4649g00003 K01728 - gmx:100781845 843.188