Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vium4649g00002 ATGGCGGTGGTTTCTTCTTCTTCTTCTTCCATGCGGGTCTTCTTTTTTCTCCTTCTGGCGCTGTTCATTCACCTACAAGCAGCCATGGCCACCACCACTCCACAGATCTCTCACCTCAGGGCACTGGAGGCTGAAAAATTAAATGAACAAGCTGCAGTGGCTAACCCAGAGGAAGTGGTTTCAATGGTTGAGATGAGCATCCAGAATAGTACACAGAGAAGGAATCTGGGGTTTTTCTCTTGTGGAACTGGTAACCCCATTGATGATTGCTGGCGTTGTGACCCCAACTGGCAGCGCAACAGGAAGCGTCTTGCAGATTGTGGCATTGGATTTGGCAGAAATGCCATTGGTGGTCGTGATGGAAAGTTCTATGTTGTGACTGACCCCAGGGATGATGATCCTGTGAACCCCAAACCTGGCACTCTTCGTCATGCTGTGATCCAGGACAGGCCCTTGTGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATTCAGTTGAAGCAAGAGCTAATTATGAACAGCTTCAAGACCATTGATGGAAGAGGAGCCAATGTGCACATTGCTAATGGGGCATGTATCACAATTCAGTTTGTTACCAATGTCATCATCCATGGTCTGCATATTCATGATTGCGTACCTACCGGAAATGCCATGGTGAGGAGCTCCCCCACCCACTTTGGGTGGAGGACAATGGCTGATGGAGATGCCATCTCCATATTTAGCTCAAGCCACATTTGGGTTGACCACAACTCCTTGTCCCACTGTGCTGATGGCCTTGTGGATGCTGTCTTGGGCTCAACAGCCATTACTATTTCAAACAACCACTTCACTCACCACAATGAGGTGATTCTGCTGGGCCACAGTGACTCTTACACAAGAGACAAACTCATGCAAGTGACCATCGCATACAACCATTTCGGAGAGGGACTTATCCAGAGAATGCCACGGTGTAGACATGGATATTTTCACGTGGTGAACAATGACTATACTCACTGGGAAATGTATGCCATTGGTGGAAGTGCTAACCCCACCATTAACAGCCAGGGAAACCGATACAATGCTCCTGTTAACCCTTTTGCAAAGGAGGTGACTAAGAGAGTGGAAACAGCAGAAAGTCAGTGGAAGGGTTGGAATTGGAGGTCTGAGGGAGATTTGTTGCTGAATGGTGCCTTTTTCACACCATCAGGAGCCGGAGCCTCAGCCAGCTATGCCAGGGCCTCAAGCTTAGGTGCCAAATCTTCTTCCATGGTTGGTTCCATGACTTCCAATGCCGGTGCACTAGGTTGCAAAAGAGGCCGTCAGTGCTAG 1302 0.4862 MAVVSSSSSSMRVFFFLLLALFIHLQAAMATTTPQISHLRALEAEKLNEQAAVANPEEVVSMVEMSIQNSTQRRNLGFFSCGTGNPIDDCWRCDPNWQRNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGKFYVVTDPRDDDPVNPKPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVIQLKQELIMNSFKTIDGRGANVHIANGACITIQFVTNVIIHGLHIHDCVPTGNAMVRSSPTHFGWRTMADGDAISIFSSSHIWVDHNSLSHCADGLVDAVLGSTAITISNNHFTHHNEVILLGHSDSYTRDKLMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYNAPVNPFAKEVTKRVETAESQWKGWNWRSEGDLLLNGAFFTPSGAGASASYARASSLGAKSSSMVGSMTSNAGALGCKRGRQC 433
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vium4649g00002 433 Gene3D - 84 426 IPR012334 -
Vium4649g00002 433 FunFam Pectate lyase 84 426 - -
Vium4649g00002 433 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 46 431 IPR045032 GO:0030570
Vium4649g00002 433 Pfam Pectate lyase 166 348 IPR002022 -
Vium4649g00002 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 375 399 IPR018082 -
Vium4649g00002 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 167 183 IPR018082 -
Vium4649g00002 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 231 252 IPR018082 -
Vium4649g00002 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 311 330 IPR018082 -
Vium4649g00002 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 333 352 IPR018082 -
Vium4649g00002 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 404 427 IPR018082 -
Vium4649g00002 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 107 124 IPR018082 -
Vium4649g00002 433 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 131 156 IPR018082 -
Vium4649g00002 433 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 59 427 IPR011050 -
Vium4649g00002 433 SMART amb_all 159 356 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Vium4649g00002 Vium-Chr4649 33211 38699 Dispersed/Tandem
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vium4649g00002 42 433 Polysaccharide Lyase AT4G13710 83.123 0.0 713
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vium4649g00002 K01728 - gmx:100781845 799.66