Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vium3237g00043 ATGGATTACGAAGAACATCCGTCTCCCTCTATCCCTTCTTCCTCCCTTCTCAGGGACATCTCCAACTTCACCACTCCCAGACGGCCCCCTTTCTCTCTCACCACCGCCCCATCTCCCGCCACTCAATTCTTCACCGCCTCCAAACACGCAGCCACTTCCTCCTCCTTCCACCGCCGTCCCAACAAAGCATCCACCGCCACCGCAGCCAAGAAATTCAAGGCCTTCCAATTGGAGCAGTCCCAGTCCTCCCGTAAGGCCCAAATCAAGAAAGAGCGCTCCCTCAAATCCCTCGCCAAGTCTCTCTCAGTATGGCTCAACTTTCTCCTCCAAAATCCTAATTCATGTGGCTGCCACTACTCTTCCCCGGATGCTTCCGCTCCCACTACCAATGGCAAGCGAGACGGCGCCCCGGTAATCTCCGTTGTCGGCGTCGATTCCTCCTGGCGCACCCCCAAGCGCCAGAGGAAATCCTTGTCCAGCAAGGAAAATGCTGGGTCGGTGGCTGAGGTTGCTGATTCCTCATTTTCGCACCTAAGGGATTCTCTCGAGGACGTTTGCAGTTTTGATGATTTGAATCAGCGAATGAGCTTGTATTTCAGCCTCGCAACTTGTAAGGAGATCTTCCTTCAAATGAATCGCGTCGCCAAGGCAATTGACGAAGGAAGACTGAATATGAAGGCACATTGCCCTATAGTAACTGATGTTGGCTTGAAGGATAAGGCCATGAGAATTCTCACGTGTTATAATTCTACTTGGTTGCGAATTGGATTGTATGTAATTTTTGGCGGTGACTCCTTGGTGTTAAATGGTGATGTGGATTCTGATCATGATGCTGTGTTCTTGAGAATGGTCGTTGACAGGTTATTTTTTTCGCATGAGGGTTTGGCTAAAGCTTATGCTTATAACAAAATGGTTGAAGGCGTGTATAGGTCAGGTTACTATGAGAATTTGGGGAATGTGATATTGAAGAGAATTTTGTTGCTTGTGCTTGTTCTGGATAAAGCTAAATGCCAGAGTTACCTCCCACTGGAGTATGGTATTGATGGATTGGATGGGGGTTCTCCTTTGTTATTCAAACCAGAATCCTGGATTAAATCAAGCAGTCAGCTGATTCATGAATTTCTATCGTCTGACGTAATGCATGGAGAAGGCAATCTTCTAACACATTTGGTGATTTTAGGTTACAAATTATCTCATCAACAGGAACCTCTTGTCGAGTATGATTTCAGGATCAGAGATTTATTTGTAGATCTCCAAGATGGATTAAAACTGTGTAGAGCTATTCAGCTCTTGCAGCATAATTCTTCGATCCTCATGAAAATTGTAGTCCCCTCTGATACTCCTAAGAAAAAATTAGCAAACTGCAGTCTTGCCCTGCAATATATTAGGCAAGCTGGTGGGTCACTAGTTGATGAAGATGGCATGATGATTATGGCAGATGATATTGCTAATGGAGACAAAGAACTTACAGTTTCCTTGCTCTGGAATATATTTGTTCATTTGCAGCTACCTCTTTTGGTTGATAAAGCAAGTTTAGGAGGGGAAATTTCTAAAGTTCAAGGAGGCAAGGTTCCCGTAAACATTTCAAGTTCTAGCTCTATGGAATTGCTTTTGAATTGGATACAGGCAGTTTGTGACAACTATGATTGTGAAATTGACAATTTTCATTCCCTTGTTGATGGCAAAGCTGTCTGGTGCTTACTTGATTATTACTTCCAAAAAGAACTTCAAAATTCCTGTTCGTTGAAGGAAGTGAGTATAAAAAGTGGCAAGGCATCAATTATGTCTGTTGATGAATATTCAGATGCACTGTATAATTTTATACTATCCCAAAAGTTGACTACATTACTGGGGAACTTCCCAGAGGTACTTCAAATTAGTGAGCTACTTCAATATAATGGTGCTTGCAGTGACCGAAGTGTGGTGATTTTGTTGGTTTTCCTGGCAAGCCAATTATTTGTCAAGAAAAATTTGGATCACTTAAATTTCCACAAACTATTGGGTGATGACTGCCAAAGTCTGAACCATAGAAATTTGAGGATGCTAAGGTGCCTTTCAAATTCTGAATCCATACAAAAGCCTGATGCTTCCGATGTGCTTGACAATGAAGATGCTTCAAGAAAATTCAAGGCCATCCAAACTTGGTGGCAAGACATGGCCGAAAGAAACGGTCTCAACAAACAAGCTGCCTCTAATTTGAAAGGATCAAAAATCACCGAATGCAGCACCAACATCAGAAGAGAAAATGCTACAAAAACAATACAACTGCATCTCAGAGGATGGGTTGCACGGTGCAAGTTTCTGAAGATGGTAAACTCGATTACCCTTTTACAAACTGTTTTCAGAGCTTGGCTAAAAGTGAGGCAAAAGTCAGCCTATGCGATATTATCAACTGTTCAAGGCTGTGACTCTTCATGTGAAATATTGAAGCAATCAGAAACATATAAGAGATACGTCATGCTTTTCATGTATAGACGTTCCTTTTTGAGGTTAAAGAGCTCAGCACAGATTATCCAGAAAGCAGTTAGGAGTTGGCTCTATAGGAGGCATAAGAAAGAGACTAGTACAAATCCGGATCTTTTGATTTCAGATATGATAGTGGCTGCTCTTAATGTTCAGAAATTGGTCCCTGGTGGGATGGCACAATCTAGATATATTCATCAGCTAGATCAGAGAGAGAAAGACTTATTTTTTTCCCAACTGAAAGTCACTTTCCATCTTCAAACAAATGCAGCCACTACCATTCAGCTTGCTTGGAAAAAGTTCATGTGCTGCAAGTCTGCTCAGAAGCAACACCTGTTTGCAACTAAAATTCAACGAAATTTCCGTAGGTGGTTATTGAGAAAAAGTTTTTTACAGCAGATTCAGGCTGCCGTAAAGATTCAATCTTATTTTCGAAGGTGGAGATGTGTGAATGCTTTTCAGCTCTTCAAGATTGAATTTAAGGCAGCTGTTGTTATTCAATCATGTATGCGGGGCTGGTTAGCCCGAAAGAATGCTGGTGCACGTAGGAATCACCTATTTGCAACTAAAATTCAGTTAAATTTCCACAGGTGGTTGTCGAGAAAAAGGTTTTTAAATCAGATTCAAGCTGTCATAAAAATTCAATCATATTTTCGAATGTGGAGATGTTTAAATGCTTTCCAGCACTTCAAAATTGAGTTTAAAGCAGCTGTTATCATTCAGTCTTGTTTACGGGGCTGGTTTGCCCGAAAAGATGCTTGTACGCGTAGGAAGGACATTGTTGAGATTCAAAGGCACTGCCGTGGTTGGCTTGTAAAGAGGGACTTCTTGTTCCAAAAAGACGCTGTAATAAAGATCCAGTGTGTCGTTCGAAGTTTGAAGTGCCAAAAGGCTCTCAATTGCCAGAAAGATGCAGCTTTGGAGATCCAGCGCTTTATAAGGGGGCATGTAACTCGGAATCAGCTATTAGGCAGCGCTTCTAAGCTACGCACAGTTATTTCTGTTAGTTGCAGCTCAAAACCATTTGGCTTTTGTAGTTTTCAATTTGAACTGTTCTTGTTTTCGGTTGTGAAATTGCAACGATGGTGGAAGGGTCTCCTGTTGCTGAAGTTAATGAATAAATCGGCCATCATTATTCAGTCATGTACCCGTGGGTGGATAACCAGGCGAAATGCTACTCTTTATAGAAGCCATGTTGTCATCCAAGAAGATGCGGCGTTGGTGATTCAACGCTACATTAGGGGACATTTAACTCGACATCGGAGATTAGGTGGTGCTTCTAACCTAAGTGGAATCACTCCTGTTGGCTGCAACTCAGGGCCAGTTGGCTGTCGTAGTTTTCCACCAGATCAGTTTTTGCTTTCAGTTGTGAAATTGCAACGATGGTGGTAG 3855 0.4231 MDYEEHPSPSIPSSSLLRDISNFTTPRRPPFSLTTAPSPATQFFTASKHAATSSSFHRRPNKASTATAAKKFKAFQLEQSQSSRKAQIKKERSLKSLAKSLSVWLNFLLQNPNSCGCHYSSPDASAPTTNGKRDGAPVISVVGVDSSWRTPKRQRKSLSSKENAGSVAEVADSSFSHLRDSLEDVCSFDDLNQRMSLYFSLATCKEIFLQMNRVAKAIDEGRLNMKAHCPIVTDVGLKDKAMRILTCYNSTWLRIGLYVIFGGDSLVLNGDVDSDHDAVFLRMVVDRLFFSHEGLAKAYAYNKMVEGVYRSGYYENLGNVILKRILLLVLVLDKAKCQSYLPLEYGIDGLDGGSPLLFKPESWIKSSSQLIHEFLSSDVMHGEGNLLTHLVILGYKLSHQQEPLVEYDFRIRDLFVDLQDGLKLCRAIQLLQHNSSILMKIVVPSDTPKKKLANCSLALQYIRQAGGSLVDEDGMMIMADDIANGDKELTVSLLWNIFVHLQLPLLVDKASLGGEISKVQGGKVPVNISSSSSMELLLNWIQAVCDNYDCEIDNFHSLVDGKAVWCLLDYYFQKELQNSCSLKEVSIKSGKASIMSVDEYSDALYNFILSQKLTTLLGNFPEVLQISELLQYNGACSDRSVVILLVFLASQLFVKKNLDHLNFHKLLGDDCQSLNHRNLRMLRCLSNSESIQKPDASDVLDNEDASRKFKAIQTWWQDMAERNGLNKQAASNLKGSKITECSTNIRRENATKTIQLHLRGWVARCKFLKMVNSITLLQTVFRAWLKVRQKSAYAILSTVQGCDSSCEILKQSETYKRYVMLFMYRRSFLRLKSSAQIIQKAVRSWLYRRHKKETSTNPDLLISDMIVAALNVQKLVPGGMAQSRYIHQLDQREKDLFFSQLKVTFHLQTNAATTIQLAWKKFMCCKSAQKQHLFATKIQRNFRRWLLRKSFLQQIQAAVKIQSYFRRWRCVNAFQLFKIEFKAAVVIQSCMRGWLARKNAGARRNHLFATKIQLNFHRWLSRKRFLNQIQAVIKIQSYFRMWRCLNAFQHFKIEFKAAVIIQSCLRGWFARKDACTRRKDIVEIQRHCRGWLVKRDFLFQKDAVIKIQCVVRSLKCQKALNCQKDAALEIQRFIRGHVTRNQLLGSASKLRTVISVSCSSKPFGFCSFQFELFLFSVVKLQRWWKGLLLLKLMNKSAIIIQSCTRGWITRRNATLYRSHVVIQEDAALVIQRYIRGHLTRHRRLGGASNLSGITPVGCNSGPVGCRSFPPDQFLLSVVKLQRWW 1284
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vium3237g00043 1284 ProSiteProfiles IQ motif profile. 1223 1252 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 ProSiteProfiles IQ motif profile. 1123 1152 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 CDD CH_ASPM_rpt1 386 497 - -
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 1222 1244 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 953 975 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 1004 1026 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 930 952 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 769 792 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 830 852 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 1027 1049 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 979 1001 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 1099 1121 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 746 768 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 1076 1098 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 1192 1214 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 1053 1075 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SMART iq_5 1122 1144 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Gene3D - 529 653 IPR036872 -
Vium3237g00043 1284 ProSiteProfiles IQ motif profile. 980 1009 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SUPERFAMILY P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases 902 999 IPR027417 -
Vium3237g00043 1284 MobiDBLite consensus disorder prediction 8 38 - -
Vium3237g00043 1284 Gene3D - 953 1000 - -
Vium3237g00043 1284 Gene3D - 907 950 - -
Vium3237g00043 1284 ProSiteProfiles IQ motif profile. 1193 1220 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 PANTHER UNCHARACTERIZED 38 851 - -
Vium3237g00043 1284 ProSiteProfiles Calponin homology (CH) domain profile. 380 502 IPR001715 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 ProSiteProfiles IQ motif profile. 1077 1106 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 1081 1097 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 956 974 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 982 999 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 833 850 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 1125 1143 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 1225 1242 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 1056 1073 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 749 767 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 1030 1045 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 935 951 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Pfam IQ calmodulin-binding motif 1195 1212 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 ProSiteProfiles IQ motif profile. 747 775 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 ProSiteProfiles IQ motif profile. 1054 1083 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 MobiDBLite consensus disorder prediction 1 38 - -
Vium3237g00043 1284 Gene3D - 395 503 IPR036872 -
Vium3237g00043 1284 Pfam Calponin homology (CH) domain 410 501 IPR001715 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 Gene3D - 1055 1100 - -
Vium3237g00043 1284 Gene3D - 746 794 - -
Vium3237g00043 1284 Gene3D - 1003 1054 - -
Vium3237g00043 1284 Gene3D - 1191 1247 - -
Vium3237g00043 1284 Gene3D - 1101 1152 - -
Vium3237g00043 1284 SUPERFAMILY P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases 1175 1242 IPR027417 -
Vium3237g00043 1284 ProSiteProfiles IQ motif profile. 931 960 IPR000048 GO:0005515
Vium3237g00043 1284 SUPERFAMILY P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases 1008 1101 IPR027417 -
Vium3237g00043 1284 SUPERFAMILY Calponin-homology domain, CH-domain 327 579 IPR036872 -
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vium3237g00043 902 997 Myosins gene family AT5G43900 32.653 3.33e-06 50.1
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vium3237g00043 K16743 - gmx:100817636 2046.94