Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vifa3g01518 ATGGATTCGGATCAGGGAAAGCTTTTCATCGGTGGGATTTCATGGGATACTAATGAGGAGAAGCTGAAGGAGCATTTCGGAAATTATGGTGATGTTTTGAACACTTCAGTTATGAGAGAGAAGAACACTGGCAAACCTAGAGGTTTTGGTTTCGTGGTTTTTTCAGATCCTTCTGTTCTTGATAGGGTTCTTGAAGACAAGCATGTTATTGACGGAAGAACGGTTGACGCTAAGAGGGCATTCTCAAGAGAGGATCAACCGATTTCTGTCACTTCAAGAACTGGAAACTCTAATTCTGGTTTGAGTTCAGAATACTGGACGACCACGAGGATTCGGGTAAAGCGTGCACTTCCAAAGGATGCCAATCCTGGTGCAAGTAGTCGAATGATGGGTGGTGCTGGAGGTGGTAGTGGCGGAATGGGTGGTTATCAAGGGTATGGGGCTTCCGGTGGCAACCAAAATGCATATGATGGTCGTTCTGATTCTAGTAGGTATATGCAGCCTCAAAGTGCTGCAGGTGGATTCCCAACTTATGGTTCCTCTGCTTATAGTGCTGCTGGGTATGGGTATGGTTCGGCTAGCAATGGCCTTGGTTATGGTGCGGCATATGGAGGTTATGGCGGTGCCACTGCTGGTTATGGCGGACCTGCTGCCGCAACGTATGGGAACCCAAATGTTCCTAATGCAGCTTATGCTGGTGGTGGCCCAAGGAGTTCATGGCCTGCTCAGGCTCCCTCTGGCTATGGTTCTATGGGTTATGGAAACACTGCTCCTTGGGGTGCTCCAAGTGGTGGTGCTGGATCTGGTTCAGCAACTGCAGGTCAATCCCCCAGTGGGGCTGCTGGATATGGTAATCAAGGTTATGGGTATGGTGGTTATGGTGGCGGGTACGGTGCAAGTGATAGTTCTTATGGGAATCCAGGTGTATATGGTGCTGTTGGTGGGCGTACTGGGAGTGCTCCAAGTAGTAATGCTAGTGGTCAGAGTGGTAGTGAACTGCAAGGTAGTGGTGGAAGTGGCAACTATATGGGCAGCGGCTATGGAGATGCAAATGGAAATTCTGGTTATGGAAATGCAGCTTGGAGATCTGAACAGGCTCAAGCATCTGGTAATTATGGGACTCCTCAGGGAAATGGTGGGCAAGTTGGTTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGCTCAGACCCGACAAGCCCAACAACAGTAA 1200 0.4925 MDSDQGKLFIGGISWDTNEEKLKEHFGNYGDVLNTSVMREKNTGKPRGFGFVVFSDPSVLDRVLEDKHVIDGRTVDAKRAFSREDQPISVTSRTGNSNSGLSSEYWTTTRIRVKRALPKDANPGASSRMMGGAGGGSGGMGGYQGYGASGGNQNAYDGRSDSSRYMQPQSAAGGFPTYGSSAYSAAGYGYGSASNGLGYGAAYGGYGGATAGYGGPAAATYGNPNVPNAAYAGGGPRSSWPAQAPSGYGSMGYGNTAPWGAPSGGAGSGSATAGQSPSGAAGYGNQGYGYGGYGGGYGASDSSYGNPGVYGAVGGRTGSAPSSNASGQSGSELQGSGGSGNYMGSGYGDANGNSGYGNAAWRSEQAQASGNYGTPQGNGGQVGYGGGYGGAQTRQAQQQ 399
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vifa3g01518 399 CDD RRM1_hnRNPA_hnRNPD_like 8 78 - -
Vifa3g01518 399 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 1 1 101 - -
Vifa3g01518 399 FunFam Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1 5 87 - -
Vifa3g01518 399 SMART rrm1_1 7 78 IPR000504 GO:0003723
Vifa3g01518 399 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 6 82 IPR000504 GO:0003723
Vifa3g01518 399 MobiDBLite consensus disorder prediction 317 399 - -
Vifa3g01518 399 Gene3D - 4 87 IPR012677 -
Vifa3g01518 399 MobiDBLite consensus disorder prediction 317 378 - -
Vifa3g01518 399 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 8 75 IPR000504 GO:0003723
Vifa3g01518 399 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 3 102 IPR035979 GO:0003676
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Vifa3g01518 Vifa-Chr3 392621404 392624106 Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vifa3g01518 2 55 C2H2 Transcription Factor Family AT2G19380 42.593 2.64e-08 53.9
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vifa3g01518 K14411 - gmx:100811267 319.701
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Vifa3g01518 3 392621404 392624106 Vifa3g01518 3 392621404 392624106 ECH