Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vifa2g00540 ATGCAATTCACTTACACAACACAGATTAACAAGTATGGTTCGTTTAAAGGGTTTAACACAGAAGAGAAAATCAAACAAATCCAAGAAATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAGTTTAATAAGGAATGCGGCCAATGCGAAGATCGGTGCTGAGATTAAGCTACGTTCTTTCCCGTCTGTTTTTCAAGCCGTACGGTGCTTTTCGAGTACTCCGTCTACAAAGCTTTTTGTAGGAGGTGTTTCATATTCTACTGATGAACAAAGTTTGAGGGAGGTTTTTGCAAGATATGGGGAAGTTGTGGATGTGAGGATTATTATGGATCGTGAAACTGGTAGGTCCAAAGGATTTGGCTTTATTACTTACAATACTGTCGAGGAGGCATCAAGTGCCCTTCAAGCCTTGGATGGACAGGATTTGCATGGTCGCCGGGTTGGTGTAAATTTTGCCAACGAAAGAGCCCGTGGAGGATACGGTGGCGGTGATGGTGGTTTTGGTGGATCTTATGGAAACACTTCCTATGGTGGTGGAGGTGGTGCTGGATATCAAGGTGGTTATGGTTATGGTGGAGGAGGTTATGGAAGCACTTACAATGATGGAACTACTAGTGGAGGTTATGGTGGTGGTAACAATGCAAGTTACGGTGGTGGAGAAAGCAATTCTGTTAACTATACTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCAGTGGTAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGCGGAAAGCAATTCTGTTAACAATGGTAGTGCTCCTGGTGCTGGAGGTTATGGTGGTGGTAACAATGCAAGTTACGGTGGTGGAGAAAGCAATTCTGTTAACTATACTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCAGTGGTAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGCGGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTACTGCTCCTGTTGATGGTGGTTATGGTGCTTCTTCTGCTGCTGGTGATCCGAGCAATGGTTTCGCGGGTGGTCAATACCCTGGAAATGCAACAGGGTATGGCAGTGGCGGTTTAGGTACTGGGAGCAGCTTTGCTGGTCAATATGGTGAAAGTAGTCAAGAAAATTTCAGGAATGATGATCATGAAGCCGATACTTTTGCTAAACGGGCTTGA 1140 0.45 MQFTYTTQINKYGSFKGFNTEEKIKQIQEMAFFGRVGSLIRNAANAKIGAEIKLRSFPSVFQAVRCFSSTPSTKLFVGGVSYSTDEQSLREVFARYGEVVDVRIIMDRETGRSKGFGFITYNTVEEASSALQALDGQDLHGRRVGVNFANERARGGYGGGDGGFGGSYGNTSYGGGGGAGYQGGYGYGGGGYGSTYNDGTTSGGYGGGNNASYGGGESNSVNYTAPGVGGYGSGNANYGAAVGGAESNSVNNGSAPGAGGYGGGNNASYGGGESNSVNYTAPGVGGYGSGNANYGAAVGGAESNSVNYGTAPVDGGYGASSAAGDPSNGFAGGQYPGNATGYGSGGLGTGSSFAGQYGESSQENFRNDDHEADTFAKRA 379
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vifa2g00540 379 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 68 233 - -
Vifa2g00540 379 Gene3D - 55 169 IPR012677 -
Vifa2g00540 379 SMART rrm1_1 74 147 IPR000504 GO:0003723
Vifa2g00540 379 MobiDBLite consensus disorder prediction 363 379 - -
Vifa2g00540 379 CDD RRM2_NsCP33_like 74 149 - -
Vifa2g00540 379 MobiDBLite consensus disorder prediction 344 362 - -
Vifa2g00540 379 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 68 163 IPR035979 GO:0003676
Vifa2g00540 379 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 73 151 IPR000504 GO:0003723
Vifa2g00540 379 MobiDBLite consensus disorder prediction 322 379 - -
Vifa2g00540 379 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 75 144 IPR000504 GO:0003723
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Vifa2g00540 Vifa-Chr2 103445396 103448708 Tandem
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vifa2g00540 67 227 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 28.049 7.96e-12 64.7
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vifa2g00540 K12741 - gmx:100799124 190.274
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Vifa2g00540 2 103445396 103448708 Vifa2g00540 2 103445396 103448708 ECH