Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Vifa2g00539 ATGAGGTTTAACACAGAAGAGAAAATCAAACAAATCCAAGAAATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAGTTTAATAAGGAATGCGGCCAATGCGAAGATCGGTGCTGAGATTAAGCTACGTTCTTTCCCGTCTGTTTTTCAAGCCGTACGGTGCTTTTCGAGTACTCCGTCTACAAAGCTTTTTGTAGGAGGTGTTTCATATTCTACTGATGAACAAAGTTTGAGGGAGGTTTTTGCAAGATATGGGGAAGTTGTGGATGTGAGGATTATTATGGATCGTGAAACTGGTAGGTCCAAAGGATTTGGCTTTATTACTTACAATACTGTCGAGGAGGCATCAAGTGCCCTTCAAGCCTTGGATGGACAGGATTTGCATGGTCGCCGGGTTGGTGTAAATTTTGCCAACGAAAGAGCCCGTGGAGGATACGGTGGCGGTGATGGTGGTTTTGGTGGATCTTATGGAAACACTTCCTATGGTGGTGGAGGTGGTGCTGGATATCAAGGTGGTTATGGTTATGGTGGAGGAGGTTATGGAAGCACTTACAATGATGGAACTACTAGTGGAGGTTATGGTGGTGGTAACAATGCAAGTTACGGTGGTGGAGAAAGCAATTCTGTTAACTATACTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCAGTGGTAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGCGGAAAGCAATTCTGTTAACAATGGTAGTGCTCCTGGTGCTGGAGGTTATGGTGGTGGTAACAATGCAAGTTACGGTGGTGGAGAAAGCAATTCTGTTAACTATACTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCAGTGGTAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGCGGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTACTGCTCCTGTTGATGGTGGTTATGGTGCTTCTTCTGCTGCTGGTGATCCGAGCAATGGTTTCGCGGGTGGTCAATACCCTGGAAATGCAACAGGGTATGGCAGTGGCGGTTTAGGTACTGGGAGCAGCTTTGCTGGTCAATATGGTGAAAGTAGTCAAGAAAATTTCAGGAATGATGATCATGAAGCCGATACTTTTGCTAAACGGGCTTGA 1095 0.4548 MRFNTEEKIKQIQEMAFFGRVGSLIRNAANAKIGAEIKLRSFPSVFQAVRCFSSTPSTKLFVGGVSYSTDEQSLREVFARYGEVVDVRIIMDRETGRSKGFGFITYNTVEEASSALQALDGQDLHGRRVGVNFANERARGGYGGGDGGFGGSYGNTSYGGGGGAGYQGGYGYGGGGYGSTYNDGTTSGGYGGGNNASYGGGESNSVNYTAPGVGGYGSGNANYGAAVGGAESNSVNNGSAPGAGGYGGGNNASYGGGESNSVNYTAPGVGGYGSGNANYGAAVGGAESNSVNYGTAPVDGGYGASSAAGDPSNGFAGGQYPGNATGYGSGGLGTGSSFAGQYGESSQENFRNDDHEADTFAKRA 364
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Vifa2g00539 364 MobiDBLite consensus disorder prediction 307 364 - -
Vifa2g00539 364 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 58 136 IPR000504 GO:0003723
Vifa2g00539 364 Gene3D - 41 154 IPR012677 -
Vifa2g00539 364 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 53 218 - -
Vifa2g00539 364 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 60 129 IPR000504 GO:0003723
Vifa2g00539 364 MobiDBLite consensus disorder prediction 329 347 - -
Vifa2g00539 364 SMART rrm1_1 59 132 IPR000504 GO:0003723
Vifa2g00539 364 MobiDBLite consensus disorder prediction 348 364 - -
Vifa2g00539 364 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 53 148 IPR035979 GO:0003676
Vifa2g00539 364 CDD RRM2_NsCP33_like 59 134 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Vifa2g00539 Vifa-Chr2 103443910 103448708 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Vifa2g00539 52 212 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 28.049 5.67e-12 65.1
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Vifa2g00539 K12741 - gmx:100799124 190.274