Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Trre6g01826 ATGGCTTTCTTTGGTAGAATTGGGAATTTATTAAGAACTGCGGCAAATACGAAGATCAGTTCTGAGGTTAAGTTGCGTTCTGTTCCGTCTGTTTTCCAAGCCATTCGGTGCTTTTCGAGTCCTCCGTCTACTAAGCTGTTTGTAGGAGGTGTTTCCTATTCTACTGATGAACAAAGTTTGAGGGAAGTTTTTTCAAAATATGGTGAAGTTGTTGATGTAAGGATAATTACGGATCGTGAAACTGGTCAGTCCAAGGGATTTGGCTTTATTACTTACAATACAATCGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAAGCCTTGGATGGACAGGATTTGCATGGTCGCCGGGTTGGTGTAAATTTTGCCAATGAAAGACCCCGTGGATATGGTGGTGGATATGGTGGTGGCTTTGAAGGACCTGTTAGAAAGACTTCCTATGACGGTGGAGATGGTTACGGTTATGGGGGTTACGGAAGCACTTATAATGACGGAACTACTAGCGGAGGTTATGGTGCCAACAATGTGAATTATGGTGCTGCTGTGGGAGGTGGTGAAAGAAATACTGTTAACTATGGTAGTCCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGTGGAAACAACACAAATTATGGTGCTGCTGTGGGTGGTGGTGAAAGCAATACTGTTAACTATGGTACTCCTGCTGTTGGTGGTTATGGTGGTAACAATGTGAGTTATGGTGCTGCTGATACTGTTAACTATGGTAGTGCTCCCGGCGTTGGCGGTTATGGTGGTGGCAACAATGCGACTTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGGTGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTACTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCGGTGGTAACAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTGGGTGGTGGAGATAGCAATTTTGTTAACTATGGTACTGCTCCTGCTGATGGTGGTTATGGTGCTGCTGTTGGATTTGGCAATAGTACTCCTGGTAGTGGTCCTAGCAATGGTTTCGCCAGTGGTCCATACCCCGGAAATGAAACAGGGTATGGCATTGGCAGTTCAGGTACCGGGAGCAGCTTTGCTGGTGGATATGATAAAAGTGTAGGAGGACTTGGATACAGCGAAAGTGGTCAAGAAAATTTCAGGAGTAATGATCATGAAGTTGATGCTTTTGCTAAACGGGGTTGA 1173 0.4535 MAFFGRIGNLLRTAANTKISSEVKLRSVPSVFQAIRCFSSPPSTKLFVGGVSYSTDEQSLREVFSKYGEVVDVRIITDRETGQSKGFGFITYNTIEEASSAIQALDGQDLHGRRVGVNFANERPRGYGGGYGGGFEGPVRKTSYDGGDGYGYGGYGSTYNDGTTSGGYGANNVNYGAAVGGGERNTVNYGSPPGVGGYGGNNTNYGAAVGGGESNTVNYGTPAVGGYGGNNVSYGAADTVNYGSAPGVGGYGGGNNATYGAAVGGGESNSVNYGTAPGVGGYGGGNNANYGAAVGGGDSNFVNYGTAPADGGYGAAVGFGNSTPGSGPSNGFASGPYPGNETGYGIGSSGTGSSFAGGYDKSVGGLGYSESGQENFRSNDHEVDAFAKRG 390
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Trre6g01826 390 SMART rrm1_1 45 118 IPR000504 GO:0003723
Trre6g01826 390 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 44 122 IPR000504 GO:0003723
Trre6g01826 390 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 4 264 - -
Trre6g01826 390 MobiDBLite consensus disorder prediction 369 390 - -
Trre6g01826 390 MobiDBLite consensus disorder prediction 375 390 - -
Trre6g01826 390 Gene3D - 36 161 IPR012677 -
Trre6g01826 390 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 46 115 IPR000504 GO:0003723
Trre6g01826 390 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 40 153 IPR035979 GO:0003676
Trre6g01826 390 CDD RRM2_NsCP33_like 45 120 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Trre6g01826 Trre-Chr6 15183183 15185600 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Trre6g01826 46 219 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT2G36660 28.333 6.51e-11 62.0
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Trre6g01826 K12741 - ccaj:109815980 216.468