Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Trre5g01775 ATGGCTTTCTTTGGTAGAATTGGGAATTTATTAAGAACTGCGGCAAATACGAAGATCAGTTCTGAGGTTAAGTTGCGTTCTGTCCCGTCTGTTTTCCAAGCGATACGGTGCTTTTCGAGTCCTCCGTCTACAAAGCTGTTTGTAGGAGGTGTTTCCTATTCTACTGATGAACAAAGTTTGAGGGAAGTTTTTTCAAAATATGGTGAAGTTGTTGATGTGAGGATAATTATGAATCGTGAAACTGGTCAGTCCAAAGGATTTGGCTTTATTACTTACAATACAGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAAGCCTTGGATGGACAGGATTTGCATGGTCGCCGGGTTGGTGTAAATTTTGCCAATGAAAGACCCCGTGGATATGGTGATGGTGGTGGCTTTGATTATACGGTTAGAAAGAATTCCTATGGCGTTGAAGGTGGTTACGGTAACTCTACATACAGTGCTCCTTCAAGCGGTGGTGGGTATGGTGGTAATGTCCCTGGAGGTTATGGGGGAGATGGTTACGGAAGCACTTATCATGATGGAACTACTAGTGGAGGTTATGGTGCCAACAATGTGAATTATGGTGCTGCTGTGGGAGGTGGTGAAAGAAATACTGTTAACTATGGTAGTCCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGTGGAAACAGCACAAATTATGGTGCTGCTGTGGGTGGTGGTGAAAGCAATACTGTTAACTATGGTAGTGCTCCTGGCGTTGGCGGTTATGGTGGCGTCAACAATGCAACTTATGGTGCTGCTGTAGGTGGTGGTGGTGAAAGCAATTCTGTTAACTATGGTACTGCTCCTGGTGTTGGTGGTTATGGCGGTGGTAACAATGCAAATTATGGTGCTGCTGTGGGTGGTGGAGATAGCAATTTTGTTAACTATGGTACTGCTCCCGTTGATGGTGGTTATGGTGCTGCTGCTGGATTTGGCAATAGCACTCCTGGTAGTGGTCCTAGCAATGGTTTCACCAGTAGTCCATACCCTGGAAATGAAACCGGGTATGGCATTGGTGGTTCAAGTACCGGGAGCAGCTTTGGTGGTGGATATGATAAAAGTAGAGGAGGACTTGGATACAGCGAAAGTGGTCAAGATAATGATCATGAAGTTGATGCTTTTGCTAAACGGGGTTGA 1155 0.4537 MAFFGRIGNLLRTAANTKISSEVKLRSVPSVFQAIRCFSSPPSTKLFVGGVSYSTDEQSLREVFSKYGEVVDVRIIMNRETGQSKGFGFITYNTVEEASSAIQALDGQDLHGRRVGVNFANERPRGYGDGGGFDYTVRKNSYGVEGGYGNSTYSAPSSGGGYGGNVPGGYGGDGYGSTYHDGTTSGGYGANNVNYGAAVGGGERNTVNYGSPPGVGGYGGNSTNYGAAVGGGESNTVNYGSAPGVGGYGGVNNATYGAAVGGGGESNSVNYGTAPGVGGYGGGNNANYGAAVGGGDSNFVNYGTAPVDGGYGAAAGFGNSTPGSGPSNGFTSSPYPGNETGYGIGGSSTGSSFGGGYDKSRGGLGYSESGQDNDHEVDAFAKRG 384
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Trre5g01775 384 MobiDBLite consensus disorder prediction 324 384 - -
Trre5g01775 384 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 38 130 IPR035979 GO:0003676
Trre5g01775 384 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 4 261 - -
Trre5g01775 384 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 46 115 IPR000504 GO:0003723
Trre5g01775 384 SMART rrm1_1 45 118 IPR000504 GO:0003723
Trre5g01775 384 Gene3D - 22 136 IPR012677 -
Trre5g01775 384 MobiDBLite consensus disorder prediction 324 355 - -
Trre5g01775 384 CDD RRM2_NsCP33_like 45 120 - -
Trre5g01775 384 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 44 122 IPR000504 GO:0003723
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Trre5g01775 Trre-Chr5 13139300 13141670 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Trre5g01775 46 239 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT2G36660 27.551 8.61e-11 61.6
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Trre5g01775 K12741 - ccaj:109815980 222.246