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Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Trre3g04199 ATGTCAACTTTTTCCAAAGTAACCTCTTTGGTTGATCTTCATACTAAAAGCTTAGATTGGACTATTAAGGTGAGGGTGGTGAGAATGTGGAACATTAAAAGCCTCATCAATCCAGACAAAATCTTTGAGATTCAACTTATCTTACTTGATCAAGAGGGTAAAAAGATCCAAGCAACTGTGCCTGCTGAATGTGTTGATCGTTTCTCCAACATTTTATTTGAAAGTGGTATATATATGATTGTGTATTTCTGTGTTGAAGAGAATGTTAGCTCATGTATGATCACTTTCAATCAGCTGAAGTTAGTCTTCAATCAGAGCACTATAATTTTTGAATCTCAGAGTTTAGCTATTCCTCGCTATTCCCTTACGTTATTCACTTCTCAAAGGATTGCAAACTATCGAAATGGCTCAAGTTATTTGATTGATTTTGTTGGGGTTGTTACCGATGTGTTTACAAAACCAGTTAATGAGATTGGTGAAGAGATGTCTAATGCTGTCAAAGTGTTATTAACTGACTCAAGAGGTTCTTGTGAGTGTATTTTGGTTGGACAGTTTGCTGATCAGTTCAACAAAATGATGTTTGAATCCTCCACTGAGGTGCCTATTTTGGTATTGCAGTTTGTTAGGATTAATAGTAAAAGAGGAATTCCTTATGTTGAAAGTGTGGAGGATATTACTAAAGTTTTATTGAACCCTCAATTCATTGAAGTGGAGAAATTAAAGATTGATATGGGTTATATCAACAATTCTTATCCTTTGACTAAGACATGGTATTATTCAAGTTCTAAAGTTTGTAAGGAGTTGGAGTTCAATGGTTTGTACCCTCACAAAACTATATATGAATTTATCAACACATTTGAAGATGGATTGTTCGTTTTGTGTGGCAAAATGGTTGGTCTCTTCAAGGTGGATAAATGGTTTTACCCTGTTTGCTACTGTGGTGCTTTCTTGAATATTGCTTCTGGCTCATACTATTGTGCTCGCTGCCATGTTACTGTCTTCAGTGGTTCATCCAAATGTAAGGTTCAAGTTGGCTTCCAAGATCTCACATCTGCAGCATTGTTTCCCATGCTTGAAAGTTTGATTGAAGAAATTGATTGCATCAATAATAATGGATCATTATTTGGTGTAAGTAATCCTGAGGAGAAGGTTTTGATTGATAAGATGGTGCTTTTGATTGTTAAGATGATTAAAAGTTCTGATGATTTATCTGATGATGTTGTTGAAGTTTTGCGGATGACCGATGACATTGAACTTATTAAGCAATTTCATGTTGAAGGAAACAATTTTACACCATTGAAGAGTATGTTTCAAACAACTTCTTCTGATTTGGGATCTCAATTTGCCGAGTTTAGTATTCCAGCATGTTCTCCATCTTGTGTTGATGTTGGAAAGAGTGCATTCGTCGAAGATAATTTTCAAGCGATTCTTGATAGTACAGAGCTTGAATACCGCAAAAAATACAAAGAATTCAAAATTCGTAATGAATGTGGTTTGTGCATTGGTGGTGCGAGCGGTGAAGGCTGTTCTTCCAATATTAACTAA 1545 0.3547 MSTFSKVTSLVDLHTKSLDWTIKVRVVRMWNIKSLINPDKIFEIQLILLDQEGKKIQATVPAECVDRFSNILFESGIYMIVYFCVEENVSSCMITFNQLKLVFNQSTIIFESQSLAIPRYSLTLFTSQRIANYRNGSSYLIDFVGVVTDVFTKPVNEIGEEMSNAVKVLLTDSRGSCECILVGQFADQFNKMMFESSTEVPILVLQFVRINSKRGIPYVESVEDITKVLLNPQFIEVEKLKIDMGYINNSYPLTKTWYYSSSKVCKELEFNGLYPHKTIYEFINTFEDGLFVLCGKMVGLFKVDKWFYPVCYCGAFLNIASGSYYCARCHVTVFSGSSKCKVQVGFQDLTSAALFPMLESLIEEIDCINNNGSLFGVSNPEEKVLIDKMVLLIVKMIKSSDDLSDDVVEVLRMTDDIELIKQFHVEGNNFTPLKSMFQTTSSDLGSQFAEFSIPACSPSCVDVGKSAFVEDNFQAILDSTELEYRKKYKEFKIRNECGLCIGGASGEGCSSNIN 514
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Trre3g04199 514 SUPERFAMILY Nucleic acid-binding proteins 7 113 IPR012340 -
Trre3g04199 514 Gene3D - 6 113 IPR012340 -
Trre3g04199 514 Gene3D - 116 247 IPR012340 -
Trre3g04199 514 Gene3D - 272 366 IPR012340 -
Trre3g04199 514 CDD RPA1_DBD_A_like 21 109 - -
Trre3g04199 514 Pfam Domain of unknown function DUF223 46 126 IPR003871 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Trre3g04199 Trre-Chr3 53835501 53838140 Dispersed/Tandem
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Trre3g04199 6 365 Core DNA Replication Machinery Family AT4G19130 23.426 8.50e-10 59.7
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Trre3g04199 - - tpra:123886453 454.907