Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Trre2g01754 ATGGAGGTTTCTACCAAATGGTTTCTCAATGTTTGTTTCTTGTTGTTACTTTTTGTGTTGTTCGTTGAACAACAAACCATTGCTTCACCACAGATCTCTCAGCTTAGTTACAGCAATGTTGAAATTGAGACACACAGGTTACCAAGCTTTAACGATTCATCAATGGCGGCAAGGGAAAAAGAGGCTGAGAAATTGAATGAGCGTGCTGCCGTGGCTAATCCGCAAGAGGTGGTTTCTATGGTTGAGATGCACATTCAGAACAGCACTGAAAGAAGGAATCTCGGATTTTTCTCCTGTGGAACCGGTAACCCTATTGACGATTGCTGGCGTTGTGATGCCAATTGGCAACGCAACAGGAAGCGTCTAGCAGACTGTGGTATTGGTTTCGGTAGAAACGCTATTGGTGGTCGTGATGGGAAGTACTATGTTGTCACCGACCCAAGAGACGATGACCCTGTTAACCCAAGACCAGGAACTTTGCGTCACGCCGTCATCCAAGATAGGCCACTTTGGATTGTGTTCAAAAGAGACATGGTTATTCAGTTGAAACAAGAGCTTATTGTGAACAGTTTCAAGACAATTGATGGAAGAGGAACCAATGTTCATATTGCTAATGGAGGATGTATTACAATTCAGTATGTTACTAATGTTATCATTCATGGTCTTCATATTCATGATTGTAAACCTACTGGTAATGCTATGGTGAGAAGCTCAGAAACACATTTTGGTTGGAGAACAATGGCTGATGGTGATGCTGTTTCTATCTTCGGTTCAAGTCATATTTGGGTTGATCATAATTCTTTGTCTCATTGCGCCGATGGTCTTGTTGATGCTGTCATGGGCTCAACCGCTATCACCATTTCTAACAACCATTTCACTCACCACAATGAGGTGATTCTGTTGGGCCACAGTGACTCCTACACAAGAGACAAACAAATGCAAGTGACCATAGCTTATAACCATTTTGGAGAAGGACTTATTCAGAGAATGCCACGTTGTAGACATGGATATTTCCATGTGGTGAACAATGACTATACTCACTGGGAGATGTATGCTATTGGTGGTAGTGCTGACCCTACAATCAACAGCCAGGGTAACAGATACAATGCCCCTACTAACCCTTTTGCCAAAGAGGTAACTAAGAGAGTGGAAACACCAGAAGGTCAATGGAAAGGATGGAATTGGAGATCAGAAGGAGATTTATATCTCAATGGTGCATACTTCACAGCATCTGGTGCTGGAGCTTCAGCTAGCTATGCAAGAGCCTCAAGTTTAGGAGCAAAATCATCAGCTATGGTTGGAACCATTACATCAAATGCTGGTGCACTAGGTTGCAAAAGAGGTCGTCAGTGCTAA 1356 0.4285 MEVSTKWFLNVCFLLLLFVLFVEQQTIASPQISQLSYSNVEIETHRLPSFNDSSMAAREKEAEKLNERAAVANPQEVVSMVEMHIQNSTERRNLGFFSCGTGNPIDDCWRCDANWQRNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGKYYVVTDPRDDDPVNPRPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVIQLKQELIVNSFKTIDGRGTNVHIANGGCITIQYVTNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSETHFGWRTMADGDAVSIFGSSHIWVDHNSLSHCADGLVDAVMGSTAITISNNHFTHHNEVILLGHSDSYTRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSADPTINSQGNRYNAPTNPFAKEVTKRVETPEGQWKGWNWRSEGDLYLNGAYFTASGAGASASYARASSLGAKSSAMVGTITSNAGALGCKRGRQC 451
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Trre2g01754 451 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 67 449 IPR045032 GO:0030570
Trre2g01754 451 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 77 445 IPR011050 -
Trre2g01754 451 SMART amb_all 177 374 IPR002022 -
Trre2g01754 451 Pfam Pectate lyase 183 366 IPR002022 -
Trre2g01754 451 Gene3D - 102 444 IPR012334 -
Trre2g01754 451 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 249 270 IPR018082 -
Trre2g01754 451 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 351 370 IPR018082 -
Trre2g01754 451 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 185 201 IPR018082 -
Trre2g01754 451 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 149 174 IPR018082 -
Trre2g01754 451 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 329 348 IPR018082 -
Trre2g01754 451 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 393 417 IPR018082 -
Trre2g01754 451 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 422 445 IPR018082 -
Trre2g01754 451 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 125 142 IPR018082 -
Trre2g01754 451 FunFam Pectate lyase 102 444 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Trre2g01754 Trre-Chr2 14202632 14208242 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Trre2g01754 33 451 Polysaccharide Lyase AT4G13710 78.066 0.0 707
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Trre2g01754 K01728 - gmx:100808253 792.341