Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Trre16g02951 ATGACAACATCACTCTCTTCCCTTTTCTTCCTCTTCTCTCTCCTCACATTTTCTCTCATTTCCTCTTCACCCCTTCAAGACCCTCATTTGGTTACACAAGAAGTTAACAGGAAAATCAATGGCTCACTAGCTAGGAGGAATTTGGGGTATCTCTCATGTGGTAGTGGAAACCCAATTGATGATTGTTGGAGATGTGACAAAAACTGGGAACAAAACAGACAAAGATTAGCAGATTGTGCAATTGGGTTTGGCAAAAACGCTATTGGTGGTAAAAATGGTAAAATTTACGTCGTAACGGATTCCGGCGACGACGATCCGGTTAACCCAAGACCTGGTACAATCCGTTACGCCGTAATTCAAGATGAACCATTATGGATAATTTTTGCAAGAGACATGGTGATTCAACTAAAAGAAGAGCTTATAATGAATTCATTTAAGACAATTGATGGAAGAGGAGCTAGTGTTCACATAGCTGGTGGTCCTTGTATAACAATTCAATATGTAACTAATGTTATAATACATGGTATACATATACATGATTGTAAACAAGGTGGTAATGCTATGGTGAGGGACTCCCCACGGCATTATGGGTGGAGAACAATATCGGATGGTGATGGTGTGTCTATCTTTGGTGGAAGTCATGTTTGGGTGGATCATTGTTCTTTGTCTAACTGTAATGATGGTTTGATTGATGCTATACATGGGTCCACTGCAATTACAATCTCTAACAATTACATGACACATCATGATAAAGTCATGCTTTTGGGTCATAGTGATACTTATACTCAAGACAAGAACATGCAAGTCACTATTGCTTTTAATCACTTTGGTGAAGGTCTTGTTCAAAGAATGCCAAGATGTAGGCATGGTTATTTCCATGTGGTGAACAATGACTATACTCACTGGGAAATGTATGCTATTGGAGGAAGTGCTAATCCAACCATCAATAGTCAAGGAAACAGATTTGTTGCCCCCGATGACAGATTCAGCAAAGAGGTGACAAAGCATGAGGATGCACCAGAAGGTGAATGGAAAGGATGGAATTGGAGATCAGAAGGGGACTTATTGTTAAATGGTGCATATTTTAGAGCATCAGGAGCAGAAGGAGCATCATCAAGCTATGCAAGAGCATCAAGTTTAAGTGCAAGACCATCTACTCTAGTTGGTACAATAACTACTGGTGCTGGTGTACTCACATGTAGAAAGGGTTCTAGTTGTTGA 1221 0.3997 MTTSLSSLFFLFSLLTFSLISSSPLQDPHLVTQEVNRKINGSLARRNLGYLSCGSGNPIDDCWRCDKNWEQNRQRLADCAIGFGKNAIGGKNGKIYVVTDSGDDDPVNPRPGTIRYAVIQDEPLWIIFARDMVIQLKEELIMNSFKTIDGRGASVHIAGGPCITIQYVTNVIIHGIHIHDCKQGGNAMVRDSPRHYGWRTISDGDGVSIFGGSHVWVDHCSLSNCNDGLIDAIHGSTAITISNNYMTHHDKVMLLGHSDTYTQDKNMQVTIAFNHFGEGLVQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRFVAPDDRFSKEVTKHEDAPEGEWKGWNWRSEGDLLLNGAYFRASGAEGASSSYARASSLSARPSTLVGTITTGAGVLTCRKGSSC 406
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Trre16g02951 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 79 96 IPR018082 -
Trre16g02951 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 139 155 IPR018082 -
Trre16g02951 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 103 128 IPR018082 -
Trre16g02951 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 203 224 IPR018082 -
Trre16g02951 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 305 324 IPR018082 -
Trre16g02951 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 347 371 IPR018082 -
Trre16g02951 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 377 400 IPR018082 -
Trre16g02951 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 283 302 IPR018082 -
Trre16g02951 406 Gene3D - 56 399 IPR012334 -
Trre16g02951 406 Pfam Pectate lyase 140 322 IPR002022 -
Trre16g02951 406 FunFam Pectate lyase 56 399 - -
Trre16g02951 406 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 34 401 IPR011050 -
Trre16g02951 406 SMART amb_all 131 328 IPR002022 -
Trre16g02951 406 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 25 404 IPR045032 GO:0030570
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Trre16g02951 Trre-Chr16 25318488 25320857 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Trre16g02951 3 406 Polysaccharide Lyase AT5G63180 80.049 0.0 680
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Trre16g02951 K01728 - gmx:100101868 737.643