Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Trre15g05564 ATGGCCATTTCAACTTCACTCCTCTCATTTTCATGCTTCTTACTACCAATTGTTTTAAGCTTAGTAAATGCCTATGCAAAAGAGAATTACTATAACACTAAGACACCGGTCCTCAACAAGATAGATTCTTGTTGGCGCGCGGAATCGAATTGGGCGTCAAACCGAAAAGCCTTAGCTAATTGTGCTATTGGTTTTGGCAAAGATGCAATTGGAGGCAAATATGGTGCAATATATATAGTTACAGATTCTTCTGATGATCCTGAAAATCCAAAACAAGGTACACTTCGTTATGGCGCAATCCAAACGAAGCCGCTTTGGATAATTTTCAAAAGGGACATGGTTATTGCATTAAAGAATGAACTTATTATGAATAGTTACAAGACTATTGATGGTAGAGGAGTTAAAGTTGAGATTGGAAATGGACCTTGTATTACAATACAAGGTGTAAGTCATGTTATTATACATGGTATTAGGATTCATGATTGTAAACCAAGTAAGGCTGGACTTGTTAGAAGTACTCCCGATCATGTCGGTCATCGACAAGGCTCGGATGGTGATGGTATTAGTATATTTGCTTCGTCGAATATTTGGATTGATCATTGTTTTTTGGCTAGTTGTAGTGATGGACTAATTGATATTATTCATGCCTCAACTGCTATTACCATTTCTAACAATTACTTTACTCAACATGACAAAGTTATGCTGCTAGGACACAGTGATGATTACACAGCAGATAAAATAATGAAAGTAACAATAGTCTTCAATCGGTTTGCTAGTGGACTAATTGAAAGGATGCCAAGGGTAAGATTTGGTTATGCACACGTGGCCAACAACAAATATGATGAGTGGAAAATGTATGCTATAGGAGGAAGTTCTAACCCAACTATTTTAAGTGAAGGGAATTTTTTTATAGCACCAAATGACAATAATGCAAAACAGATTACAAAGAGGGAAGCAAAGGCAAATTGGAAGAGTTGGAAATGGAGGTCTTCTAAGGATGCATTCTCAAATGGTGCTTATTTTGTACCATCTGGTTATGGAAGTTGTGCACCAAATTATACACCTTCTCAATCTTTTGTAGCTGTTCCAGCTTATATGGTGCCTGCTATAACTCTCAATGCAGGTCCATTGAGTTGTTATGTTGGGAGGGCATGTTAA 1158 0.3722 MAISTSLLSFSCFLLPIVLSLVNAYAKENYYNTKTPVLNKIDSCWRAESNWASNRKALANCAIGFGKDAIGGKYGAIYIVTDSSDDPENPKQGTLRYGAIQTKPLWIIFKRDMVIALKNELIMNSYKTIDGRGVKVEIGNGPCITIQGVSHVIIHGIRIHDCKPSKAGLVRSTPDHVGHRQGSDGDGISIFASSNIWIDHCFLASCSDGLIDIIHASTAITISNNYFTQHDKVMLLGHSDDYTADKIMKVTIVFNRFASGLIERMPRVRFGYAHVANNKYDEWKMYAIGGSSNPTILSEGNFFIAPNDNNAKQITKREAKANWKSWKWRSSKDAFSNGAYFVPSGYGSCAPNYTPSQSFVAVPAYMVPAITLNAGPLSCYVGRAC 385
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Trre15g05564 385 Gene3D - 38 378 IPR012334 -
Trre15g05564 385 Pfam Pectate lyase 120 303 IPR002022 -
Trre15g05564 385 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 35 383 IPR045032 GO:0030570
Trre15g05564 385 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 61 78 IPR018082 -
Trre15g05564 385 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 120 136 IPR018082 -
Trre15g05564 385 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 356 379 IPR018082 -
Trre15g05564 385 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 84 109 IPR018082 -
Trre15g05564 385 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 286 305 IPR018082 -
Trre15g05564 385 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 184 205 IPR018082 -
Trre15g05564 385 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 326 350 IPR018082 -
Trre15g05564 385 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 264 283 IPR018082 -
Trre15g05564 385 SMART amb_all 112 309 IPR002022 -
Trre15g05564 385 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 59 384 IPR011050 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Trre15g05564 Trre-Chr15 64120679 64122128 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Trre15g05564 3 385 Polysaccharide Lyase AT1G11920 65.104 0.0 533
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Trre15g05564 K01728 - gmx:100807483 638.647