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Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Trre15g04152 ATGAGCCCTATATTTGATATGCTTGGTGTTATTTATCCTGGAAGAGAAGCTTGGAGGATCAAGGTTCGTGTTATTAGTTTGTGGACTGTCAATTCGGTTTTTAGAGCTAATCAAGTCAATTCCCTTGAGATGGTTTTCATTGATGAGAAGGTATTAGTTATTAATGTACTTTGTTATGCGACTTCTGTTCGTCGTCAGCTTATTTATTTGTTTTTGTCCAAGATTGTAGAAGGAAATATGTATAAGATGTCTCATTTTATTGTTGTTCCAGCTGATGATCGTTATCGAACAACTTTTTATCCTTATAAACTTATGTTTATGATGAAAACCAAGGTTCGAAATTGTCCAAATCATACTATTGATCGATATGGTTTAAGTGCTACCAATATTACCCAGATATGTTCATTTGGAGCTGATTATTGTTATTTAATTGATGTTATTGGTGTTGTTACTGGAATAACTATCGAGAGGGAGTATATTCGTGATGCAAAAATGACAAGGATGATTATTCTTGAGTTAACTGATCACAGTGGTAAAGTTGAATGTGTTTTGTTTGGTGAATATGTGAGTTTATTCCAAGAGTTGATTGCGGAAAATAATGGGAAGCTTCCTGTGATTGTGATTCAGTTCGGAAAAGTTAAATTATTTAGAGACAAGGTGTCTATCCAAAATGTTGATTTTGCTACCAGGATCTATTTTGATCCTCCTACTCAAGATGTTCTTGCTTTCAAGAATGGTATTTCTCTTCATCGAGTTAATTATGGTGTAGATATTTCTTTGATTGATCCTCCAAATAGTATATTATTCGAGGATGAGTTTTTGGCTAAATATCCAAAGAGAACTATATCTCAGTTAGTTGATGGTAGTGAAGATGGTATATATGTTGTTAGTGGTGTTGTTGTTAGCATTGTGGGAGGTGAAGATTGGTGGTATCCATCATGTAGTTGCCTTAAAATTGTTTCCCGTGAGCCCCGAGGTTATTATTGTGAAGCTTGTGTGAAATATTTTTTACACATGGTTCCTAGGTACAGGGTTAAGGTCAATGTTGAAGATGCTACTGGTCAGGCTGTTTTCGTTTTGTTTGAGCTTGATATGTATAATCTTATTGATAAAAAGTGTTCTGAATTGTATCTCAATGACAAGGTTGAAGATGATGGATCCTATCCCGTTGAGTTTGATTTATTGTTAGGGTTGAAATTGTTGTTTCAAGTTGAAAAGGGTTTAACAACAGATATTCAATTGGATGGATCCTATAGAGTTAAAAGGGTTTGTGATCATGAAATTATCGTTGCAAAATTTGATGTTGGAAGTTTCGATAATAGTGGTGCTGGAGATTGTGAAGTTGGAGATTATGTAATTTGA 1362 0.3429 MSPIFDMLGVIYPGREAWRIKVRVISLWTVNSVFRANQVNSLEMVFIDEKVLVINVLCYATSVRRQLIYLFLSKIVEGNMYKMSHFIVVPADDRYRTTFYPYKLMFMMKTKVRNCPNHTIDRYGLSATNITQICSFGADYCYLIDVIGVVTGITIEREYIRDAKMTRMIILELTDHSGKVECVLFGEYVSLFQELIAENNGKLPVIVIQFGKVKLFRDKVSIQNVDFATRIYFDPPTQDVLAFKNGISLHRVNYGVDISLIDPPNSILFEDEFLAKYPKRTISQLVDGSEDGIYVVSGVVVSIVGGEDWWYPSCSCLKIVSREPRGYYCEACVKYFLHMVPRYRVKVNVEDATGQAVFVLFELDMYNLIDKKCSELYLNDKVEDDGSYPVEFDLLLGLKLLFQVEKGLTTDIQLDGSYRVKRVCDHEIIVAKFDVGSFDNSGAGDCEVGDYVI 453
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Trre15g04152 453 SUPERFAMILY Nucleic acid-binding proteins 126 251 IPR012340 -
Trre15g04152 453 Gene3D - 7 115 IPR012340 -
Trre15g04152 453 Gene3D - 275 424 IPR012340 -
Trre15g04152 453 Gene3D - 119 253 IPR012340 -
Trre15g04152 453 CDD RPA1_DBD_A_like 19 112 - -
Trre15g04152 453 SUPERFAMILY Nucleic acid-binding proteins 11 117 IPR012340 -
Trre15g04152 453 PANTHER OS03G0429900 PROTEIN 11 404 IPR004591 GO:0003677|GO:0005634|GO:0006260|GO:0006281|GO:0006310
Trre15g04152 453 SUPERFAMILY Nucleic acid-binding proteins 279 404 IPR012340 -
Trre15g04152 453 CDD RPA1_DBD_B_like 145 244 - -
Trre15g04152 453 Pfam Domain of unknown function DUF223 45 116 IPR003871 -
Trre15g04152 453 Pfam Replication factor-A C terminal domain 300 385 IPR013955 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Trre15g04152 Trre-Chr15 52106426 52108547 Proximal
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Trre15g04152 8 377 Core DNA Replication Machinery Family AT2G06510 24.500 2.12e-11 63.9
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Trre15g04152 - - tpra:123893724 407.142