Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Trre15g02987 ATGACAACATCACTCTCTTCCCTTTTCTTTCTCTTCTCTCTCCTCACAATTTCTCTCATTTCCTCCTCACCCCTTCAAGACTCTCATTTGGTTACACAAGAAGTTAACAGGAAAATCAATGGGTCATTAGCTAGGAGGAATTTGGGGTATCTTTCATGTGGGAGTGGAAACCCAATTGATGATTGTTGGAGATGTGACAAAAACTGGGAACAAAACAGACAAAGACTAGCAGATTGTGCAATTGGGTTTGGTAAAAACGCTATTGGTGGTAAAAATGGTAAAATTTACGTCGTAACGGATTCGGGCGATGACGATCCGGTTAACCCAAGACCCGGTACAATCCGTTACGCGGTGATTCAAGACGAACCATTATGGATAATTTTTGCAAGAGACATGGTGATTCAACTAAAAGAAGAGCTTATAATGAATTCATTTAAGACAATTGATGGAAGAGGAGCTAGTGTTCATATAGCTGGTGGTCCTTGTATAACAATTCAATATGTAACAAATGTTATAATACATGGTATACATATACATGATTGTAAACAAGGTGGTAATGCTATGGTGAGGGACTCCCCACGGCATTATGGGTGGAGAACAATATCGGATGGTGATGGTGTGTCTATCTTTGGTGGAAGTCATGTTTGGGTGGATCATTGTTCTTTGTCTAACTGTAATGATGGTTTGATTGATGCTATACATGGGTCCACTGCAATTACAATCTCTAACAATTACATGACACATCATGATAAAGTCATGCTTTTGGGTCATAGTGATACTTATACTCAAGACAAGAACATGCAAGTCACTATTGCTTTTAATCACTTTGGTGAAGGTCTTGTTCAAAGAATGCCAAGATGTAGGCATGGTTATTTCCATGTGGTGAACAATGACTATACTCACTGGGAAATGTATGCTATTGGAGGAAGTGCTAATCCTACCATCAATAGTCAAGGAAACAGATTTGTTGCCCCCGATGACAGATTCAGCAAAGAGGTGACAAAGCATGAGGATGCACCAGAAGGTGAATGGAAGGGATGGAATTGGAGATCAGAAGGGGACTTATTGATGAATGGTGCATTTTTTACAGCATCAGGAGCAGAAGGAGCATCATCAAGCTATGCAAGAGCATCAAGTTTAAGTGCAAGACCATCTACTCTAGTTGGTACAATAACTACTGGTGCTGGTGTACTCACATGTAGAAAGGGTTCTAGTTGTTGA 1221 0.4005 MTTSLSSLFFLFSLLTISLISSSPLQDSHLVTQEVNRKINGSLARRNLGYLSCGSGNPIDDCWRCDKNWEQNRQRLADCAIGFGKNAIGGKNGKIYVVTDSGDDDPVNPRPGTIRYAVIQDEPLWIIFARDMVIQLKEELIMNSFKTIDGRGASVHIAGGPCITIQYVTNVIIHGIHIHDCKQGGNAMVRDSPRHYGWRTISDGDGVSIFGGSHVWVDHCSLSNCNDGLIDAIHGSTAITISNNYMTHHDKVMLLGHSDTYTQDKNMQVTIAFNHFGEGLVQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRFVAPDDRFSKEVTKHEDAPEGEWKGWNWRSEGDLLMNGAFFTASGAEGASSSYARASSLSARPSTLVGTITTGAGVLTCRKGSSC 406
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Trre15g02987 406 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 26 404 IPR045032 GO:0030570
Trre15g02987 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 79 96 IPR018082 -
Trre15g02987 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 139 155 IPR018082 -
Trre15g02987 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 103 128 IPR018082 -
Trre15g02987 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 203 224 IPR018082 -
Trre15g02987 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 305 324 IPR018082 -
Trre15g02987 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 377 400 IPR018082 -
Trre15g02987 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 283 302 IPR018082 -
Trre15g02987 406 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 347 371 IPR018082 -
Trre15g02987 406 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 33 401 IPR011050 -
Trre15g02987 406 Gene3D - 56 399 IPR012334 -
Trre15g02987 406 FunFam Pectate lyase 56 399 - -
Trre15g02987 406 SMART amb_all 131 328 IPR002022 -
Trre15g02987 406 Pfam Pectate lyase 140 322 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Trre15g02987 Trre-Chr15 26885218 26887630 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Trre15g02987 7 406 Polysaccharide Lyase AT5G63180 81.297 0.0 680
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Trre15g02987 K01728 - gmx:100101868 729.169