Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Trre12g00322 ATGGTTTTGTTTATTTTCTTGGTTACTTTTGCCGTTACAATTCCATGCCTTGAGGCTGGGATTGCTGAGTTTGATGAATTTCTTAAAGCCCAAGCTGATGAAGCTCATCAACTTGCTCTTGATTCTTATATTCCAGTTCCTGAAGAAGTTGCACATGATCTCAATTTCCATGTTCACTTATCAATGGAAGAAGAAAACAGCACAAGGAGGGAATTGAAGGGAAGAGGAGGAAAACATAAAGGACCATGTGTAGCAAGCAACCCAATTGATAGATGTTGGAGGTGCAAAGCAGATTGGGCTCAAAATAGATTTCAATTAGCAAAATGTGGTAAGGGCTTTGGAAGAAAGGCCACTGGTGGGCTTGGAGGCCCAATTTATGTGGTAACTGATGAGTCAGATAATGACATGGTAACCCCAAAACCTGGTACACTTAGATTTGGTGCTGTCCAAAAGGGACCATTGTGGATAACATTCCAACGTAGTATGATCATTAGATTGAACCAAGAATTGATGGTTTCTTCTGACAAGACAATTGATGGTCGTGGTGTTAATGTTCAAATTAGGGATGGTGCTGGAATTACTATGCAATTTGTTAATAATGTTATTATTCATGGTCTTCATATTACAAATATTAAAGCTAAACCAGGGGGTATGATTAGGGATTCTTTTGATCATGTTGGATTAAGAACAAGGAGTGATGGTGATGCTATTTCTGTTTTTGGATCTTCTAATATTTGGATTGATCATATTTCACTCTCTCAATGTGAGGATGGTCTTGTTGATGTTATTCAAGCTTCTACTGGCATCACCATCTCAAATTGTCACATGACAAAACATAATGATGTTATGTTATTTGGAGCTAGTGATGATTACAGTAATGACAAGCTTATGCAAATAACAGTAGCATTCAACCATTTTGGTCAAGGATTGATTCAAAGAATGCCTAGGTGCAGGTTTGGTTTTATTCATGTTTTAAACAATGACTATACTCATTGGATAATGTATGCAATTGGTGGTAGCTCAGGACCAACAATTCTTAGTCAAGGAAACAGATTCATCGCTCCGGACAACGGCGCCGCGAAGGAAATCACACATAGAGATTATGCTCCACCTGAAGTTTGGAAAAATTGGCAATGGTCTTCAGAAATGGACTTGTTCATGAATGGTGCTAAGTTTGTCTCATCTGGTGCACCTATTAATAGGGCACCATACAAAAAAGGGTTTATGATGAAACCAAGAGATGGAACCGCTGTTAGTAGACTAACAAGGTATGCCGGTGCCCTAAATTGTATAGTAGGAAGGCCTTGTTAG 1311 0.3867 MVLFIFLVTFAVTIPCLEAGIAEFDEFLKAQADEAHQLALDSYIPVPEEVAHDLNFHVHLSMEEENSTRRELKGRGGKHKGPCVASNPIDRCWRCKADWAQNRFQLAKCGKGFGRKATGGLGGPIYVVTDESDNDMVTPKPGTLRFGAVQKGPLWITFQRSMIIRLNQELMVSSDKTIDGRGVNVQIRDGAGITMQFVNNVIIHGLHITNIKAKPGGMIRDSFDHVGLRTRSDGDAISVFGSSNIWIDHISLSQCEDGLVDVIQASTGITISNCHMTKHNDVMLFGASDDYSNDKLMQITVAFNHFGQGLIQRMPRCRFGFIHVLNNDYTHWIMYAIGGSSGPTILSQGNRFIAPDNGAAKEITHRDYAPPEVWKNWQWSSEMDLFMNGAKFVSSGAPINRAPYKKGFMMKPRDGTAVSRLTRYAGALNCIVGRPC 436
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Trre12g00322 436 Gene3D - 86 429 IPR012334 -
Trre12g00322 436 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 87 427 IPR011050 -
Trre12g00322 436 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 39 434 IPR045032 GO:0030570
Trre12g00322 436 Pfam Pectate lyase 169 352 IPR002022 -
Trre12g00322 436 Pfam Pectate lyase, N terminus 21 72 IPR007524 GO:0030570
Trre12g00322 436 SMART amb_all 161 358 IPR002022 -
Trre12g00322 436 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 377 401 IPR018082 -
Trre12g00322 436 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 335 354 IPR018082 -
Trre12g00322 436 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 109 126 IPR018082 -
Trre12g00322 436 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 313 332 IPR018082 -
Trre12g00322 436 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 407 430 IPR018082 -
Trre12g00322 436 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 233 254 IPR018082 -
Trre12g00322 436 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 169 185 IPR018082 -
Trre12g00322 436 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 133 158 IPR018082 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Trre12g00322 Trre-Chr12 2715356 2717924 Dispersed/Tandem
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Trre12g00322 4 436 Polysaccharide Lyase AT5G15110 54.957 0.0 530
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Trre12g00322 K01728 - gmx:100785801 717.613