Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Stsc90689g00005 ATGGAGGTTTCTTCAGCAAAATGGGTTTCCAATGCTTGCTTGTTTCTGCTCTTTCTGCTCCTCATTGGAGAAGCCATGGCGGCATCTCAGATCTCTGAGCTCAAGGTAAAAGAGGCTGAGGAATTAAATGAACGTGCCGCTGTTACTGACCCGGAAGAGGTGGTTTCCATGGTTCAGATGGCAATCAAGAACAGCACTGAGAGAAGGAAGCTAGGATACTTCTCCTGTGGAACTGGTAACCCAATTGATGATTGCTGGCGTTGTGATCCCAATTGGCACAAAAACAGGAAGCGCCTGGCGGATTGTGGCATTGGTTTCGGCCGGAACGCCATTGGTGGCCGCGACGGAAAGTTCTATGTTGTGACTGACCCCAGAGACGATGACCCTGTTAACCCGAAGCCGGGGACGTTGCGCCACGCCGTGATCCAGGACAGGCCACTGTGGATTGTGTTCCAAAGGGACATGGTGATCCAGCTGAAGCAGGAGCTGATTGTTAATAGCTTCAAGACCATTGATGGAAGAGGTGCTAATGTGCACATTGCCAATGGAGCTTGCATCACAATTCAGTATGTTACCAATGTTATCATCCATGGCCTTCACATCCATGATTGTAAGCCTACCGGGAATGCCATGGTGAGAAGCTCGCCCACGCATTTCGGGTGGAGGACTATGGCTGATGGGGATGGAGTCTCCATTTTTGGGTCAAGCCATATTTGGGTTGATCATAATTCATTGTCTCATTGTGCTGATGGCCTTGTTGATGCTGTCATGGGCTCAACAGCTATAACTATTTCTAACAACCATCTCACCCACCATAATGAGGTGATGCTGTTAGGGCACAGTGACTCTTACACAAGAGACAAGCAAATGCAGGTGACCATTGCCTACAACCATTTTGGAGAAGGACTCATCCAGAGAATGCCAAGGTGTAGACATGGGTATTTCCATGTGGTGAACAATGACTACACTCATTGGGAGATGTATGCAATTGGTGGAAGTGCAAACCCCACCATCAATAGCCAGGGCAATAGATACAATGCTCCAGCTAATCCATTTGCTAAAGAGGTGACAAAGAGAGTAGAAACAGCTGCAAGTCAGTGGAAAGGTTGGAATTGGAGATCAGAGGGAGATTTATTGCTGAATGGTGCTTATTTCACTCCATCTGGTGCTGGAGCTTCAGCAAGCTATGCAAGAGCCTCTAGCTTAGGTGCAAAATCTTCATCCATGGTTGGTTCCATGACTTCCAATGCTGGTGCTCTTGGCTGCAAGAGAGGACATCAGTGCTAG 1287 0.4802 MEVSSAKWVSNACLFLLFLLLIGEAMAASQISELKVKEAEELNERAAVTDPEEVVSMVQMAIKNSTERRKLGYFSCGTGNPIDDCWRCDPNWHKNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGKFYVVTDPRDDDPVNPKPGTLRHAVIQDRPLWIVFQRDMVIQLKQELIVNSFKTIDGRGANVHIANGACITIQYVTNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPTHFGWRTMADGDGVSIFGSSHIWVDHNSLSHCADGLVDAVMGSTAITISNNHLTHHNEVMLLGHSDSYTRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYNAPANPFAKEVTKRVETAASQWKGWNWRSEGDLLLNGAYFTPSGAGASASYARASSLGAKSSSMVGSMTSNAGALGCKRGHQC 428
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Stsc90689g00005 428 SMART amb_all 154 351 IPR002022 -
Stsc90689g00005 428 FunFam Pectate lyase 79 421 - -
Stsc90689g00005 428 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 44 426 IPR045032 GO:0030570
Stsc90689g00005 428 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 55 422 IPR011050 -
Stsc90689g00005 428 Gene3D - 79 421 IPR012334 -
Stsc90689g00005 428 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 226 247 IPR018082 -
Stsc90689g00005 428 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 162 178 IPR018082 -
Stsc90689g00005 428 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 102 119 IPR018082 -
Stsc90689g00005 428 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 370 394 IPR018082 -
Stsc90689g00005 428 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 399 422 IPR018082 -
Stsc90689g00005 428 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 126 151 IPR018082 -
Stsc90689g00005 428 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 306 325 IPR018082 -
Stsc90689g00005 428 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 328 347 IPR018082 -
Stsc90689g00005 428 Pfam Pectate lyase 160 343 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Stsc90689g00005 Stsc-Chr90689 42809 47344 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Stsc90689g00005 12 428 Polysaccharide Lyase AT1G04680 82.660 0.0 716
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Stsc90689g00005 K01728 - gmx:100808253 781.941