Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Ssu1g2029 ATGTGTATATTGTGTTTTGAATGTGGTGTGCAGAATCGCTTCAGTGTTTATGGTTTTGTTCAGGTTGCAGGAATGGCTTTCTTTGGTAGAGTTGGGAATGTACTGAGACAAGCAACGAATAGGAAGATCAGTTCAGAGTTATGTTCATTCCCATCTGTTTTCCAGGCTATACGGTGTGTGTCAAATGCTCCAAGTTCAAGGCTGTATATAGGAGGTGTTTCATATAATATTGATGAGCAAAGTTTGAGGgaaatatgttcaaaatatggCCAAGTTGTTGATGCAAGGGTAGTTATGGATCGGGAGACTGGTAGGCCCAGAGGATTTGGTTTTATCACTTACAGTACAGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCCTTCAGGCCTTGGATGGACAAGATCTGCATGGTCGCCGGTTAAAGGTAAATTTTGCCAATGAAAGACCCCATGgatttggtggtggtggtggtggttttgATGGATCTTATGGCAGTACTCCCTATGGTGCTGGAGCTGGCACTGGATATCCAGGTAGTTATGGCAACTCTCCATATGGTGCTGCTGCAAGTAGTGGTGGGTATGGTAATGCTGGTAGTGGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAGTAGTGGATATGGTGGAGGTGGCTACGGATTGGGTGGCAGTTTTGGGGGCAGTGGCGTTGGCAATAACTATGGTGATGCTGGTCCACACGGTGGCAATGCTACTGGAGGTTATGGCATCGGGGGATATGGTGGAGGGTCTGGTAGTGATGTTGGTGCCTATGGTAGCAATGCTGCTGAAGGTTATGGCAGCAGTGGATATGGTAGAGGATCAGGTGGCAGTTTTGGGGACAACAGCTCTAGCAAGAACTATGGTGATGCTAGTACCTATGGTGGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAGTGGTAGATTTGGTGGAGGATCAGGTGGTGATGCTGGTGCCTTTGGTAGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAGCAGTGGATATGGTGGAGGATCGGGTGGCAGTTTTGGGGACTGCAGCTCTGCTGGCAAGAACTATGGTGATGCTGGTGCCTATGATGGCAATGCTGCTGGAGTTTATGGCAACGGTGGATATGGTGGAGGATCAGGTGGCAGTTTCAGTAGCAGCAGCTCTGGCAATAACTATGGTGCTTCTGGGGGTTACAGTGGAAAAGCAACAAATTATAGGAATGCTGGTAACTTTCCAAGCGGTAACACTTACACCGATGGAACAGGTGGAGGTTATGGTGGTAACAGTGGGAATTATGGTGTTGCTGTGGGTGGTGAAGGTAATACTGGTAACTATGGTAGTGCTCCTGCTAGTGGTTATGGTAGCTATGGAGCTGCTGCTGGATTTGGcaagaataataattatgacAGTTCTGTGGGATTGGGTGGCAGCAGTAGCTATGGTAGTGTTGCTGCTGGTGGCGGCCAGAGTTTTGCCGATAGTCAACAACCTGGAAGTGCCACAGCGTATGGCAGTGGTGGTACGGGTACTGGCAGTGGCTTTGCTGGTGGATATTATGGCAGCAATGGCCAATTTGATAGCAATCAAAGCAGCAATGTGGGTCAACATGGTGGAGATTTTGGAGGGTCGCTTGAAGAAAATTTCAAGAATAACGATTTTGAAAATGACGCCTTTGCTAGACGAGCTTGA 1668 0.4658 MCILCFECGVQNRFSVYGFVQVAGMAFFGRVGNVLRQATNRKISSELCSFPSVFQAIRCVSNAPSSRLYIGGVSYNIDEQSLREICSKYGQVVDARVVMDRETGRPRGFGFITYSTVEEASSALQALDGQDLHGRRLKVNFANERPHGFGGGGGGFDGSYGSTPYGAGAGTGYPGSYGNSPYGAAASSGGYGNAGSGNAAGGYGSSGYGGGGYGLGGSFGGSGVGNNYGDAGPHGGNATGGYGIGGYGGGSGSDVGAYGSNAAEGYGSSGYGRGSGGSFGDNSSSKNYGDASTYGGNAAGGYGSGRFGGGSGGDAGAFGSNAAGGYGSSGYGGGSGGSFGDCSSAGKNYGDAGAYDGNAAGVYGNGGYGGGSGGSFSSSSSGNNYGASGGYSGKATNYRNAGNFPSGNTYTDGTGGGYGGNSGNYGVAVGGEGNTGNYGSAPASGYGSYGAAAGFGKNNNYDSSVGLGGSSSYGSVAAGGGQSFADSQQPGSATAYGSGGTGTGSGFAGGYYGSNGQFDSNQSSNVGQHGGDFGGSLEENFKNNDFENDAFARRA 555
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Ssu1g2029 555 MobiDBLite consensus disorder prediction 518 555 - -
Ssu1g2029 555 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 66 144 IPR000504 GO:0003723
Ssu1g2029 555 PANTHER GLYCINE-RICH RNA-BINDING PROTEIN 3, MITOCHONDRIAL 25 301 - -
Ssu1g2029 555 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 62 170 IPR035979 GO:0003676
Ssu1g2029 555 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 25 301 - -
Ssu1g2029 555 Gene3D - 39 160 IPR012677 -
Ssu1g2029 555 PRINTS Eggshell protein signature 239 254 - -
Ssu1g2029 555 PRINTS Eggshell protein signature 150 161 - -
Ssu1g2029 555 PRINTS Eggshell protein signature 266 276 - -
Ssu1g2029 555 PRINTS Eggshell protein signature 308 326 - -
Ssu1g2029 555 SMART rrm1_1 67 140 IPR000504 GO:0003723
Ssu1g2029 555 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 68 138 IPR000504 GO:0003723
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Ssu1g2029 Ssu-Chr1 57670581 57673653 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Ssu1g2029 62 184 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 33.333 7.59e-09 56.2
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Ssu1g2029 K12741 - gmx:100801928 280.411
       

Event-related genes

Select Gene_1 Chr_1 Start_1 End_1 Gene_2 Chr_2 Start_2 End_2 Event_name
Ssu1g2029 1 57670581 57673653 Ssu1g2029 1 57670581 57673653 ECH