Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Spst9g02493 ATGGCTCCAAAGAAGCATGCCTACACCTCAACTCCAGTTATCAAAACCATCTCTCTTGTTGCTGGAATGGCTTTCCTTGGTAGAGTTGGGAATATACTGAAACAAACAACGAATAGGAAGGTGAGTTCAGAGTTATGTTCTTTCCCATCTGTTTTTCAGGCTACACGACGGCGAATGTCAAATGCTCCAACTTCAAGGCTATATATAGGAGGTGTTTCATATTCCATGGATGAGCAAAGTTTGAGGGAAATTTGTTCAAAATATGGCCAAGTTATTGATGCGAGGTTAGTTATGGATCGTGAAACTGGTAGGCCCAGAGGATTTGGTTTTATCACTTACAGTACAGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAGGGCTTGGATGGACAGGATCTGCAAGGTCGCCGGGTTAAGGTAAATTTTGCTGATGAAAGACCTCGTGGTGGATTTGGTGCTGGCGCTGGATATCAAGGTAGTTATGGCAACTCTCCTTATGGTGCTTCTGCAAGTGATGGTGGGTATGGGGATGCTGGTGGTGGCAATGCTACTGAAGGTTGGAGTGGTGGATATGGTGATGGCTCCAGAACAGGTGGCAGTTTTGGGGGCAGCAACTTTGGCTGTAACTATGATGATACTGGTGCCTATGGTGGCAATGCTGCTGGGGGTTATGGCACTGGAGGATCAATTGGTATCGCTGGTGCCTATGGTGGCAATGATGCTGGGGGTTATGGCACTGGAGGATCAATTGGTGTCGCCGGTGCCTATGGTAGCAATGCTGCTAGAGGTTATGGAAGTGGTGGGTATGTTGGAGAATCAGGTGACAGTTTTGGGGGAAGCAGCTCTGGCAAGAACTATAATGATGCCGGTGCCTGTGGTGGTAATGCTAGTGGCGGCAATGGCAGTGGTGGATATGGTGGTAGTAGCAATGCTGCTGGAGGTTATGGCAGCAGTCCATATGGTAGTGGATCAGTCAGAAGTCCCGGGAATAGCAACTCTGGCAAGAATTATGGTGCTGCTGGAGGTTACGGCAGCGGTGGACATGGTGGAGGATCAGGTGGTAGTTTTGGGGGAAGCAGCTCTGGCAATAACTATGTTGCTGCTGTTGGATACAAAGGAAGTGGAACAAGTTTTGGGAATGCTGGTAGCTTTGCAAGCGGTGACACTTACAATGATGGAACAGGTAGAAATTATGGTGTTGCTGTGAGTGGTGAAGGTAAAACTGGTAACTATGGTAATACTCCAGGTAGTGGTTATGGAAGCTTTGCTGCTGTGGGATATGGGAAGAATAATTCTTATGACAGTTCTGCAGGATTTGGCAAAAATAATACACATGACAGTTCAGCAGGATTTGGTGGCAACTATGCTGCTGCTGCAGGTATTGGCAAGAATAATACATATGACAGTTCTGCAGGATTTGGTGGCAGCAGTAGCCATGGTAGTACTGCTGTTGGTGGCAGGCCGAGTACTGCTGGATATGATGGTGGATCAGTCAGCAGTCCTGGGGACACCAAGTCTGGCAAGAACTATGGCGATGCTGGTGTCTATGGTGGCAATGCTGCTGGAGGTTACAGCAGTAGTGGATATGGTGGAGGATCAGGTGGTAGTTTTAGGGTTAGAAGCTCTGGCAATAACTATGGTGCTGGTGGTGGTTACAGTGGAAGTGGAACTAGTGTTGGAAATGCTGGTAGCTTTGCAAGCAGTAACACTTACAATGACGGACCAGGTGGAGGTTATGGTGGTAAAAGTGGGAATTATGGTGTTAGTGTGAGTAAAGGTAATACCGGTAACTGTGGTAATGCTCCTGGTACTGGTTATGGCAGCTTTGCTGCTTCAGGAGCATTTGGCAAGAATAATACTTATGACAGTTCTGCAGGATTTGGGAAGAATAATACACATGACAGTTTTGCAGGATTTGGCGTCAGCAGTAGCTATGGTAGTACTGCTGGCGGTGGCAGTCAGAGTTTTGCCCGTAATCAGCACCCTGGAAGTGCCACAGCGTATGGCAGTGGTGGTGATCAGAGTTTTGCCAGTAGTCAACACCCTGGAAGCGCTACGGCGGATGGCAATGGTAGAACAAGTACTGGCAGTGCCATTGCTGGTGGACATTATGGCAGCAGTGGCCAATTTGGCAGCAATAAATGCAGAAATTTGGGTCAACATGGTGGAGATTTTGGAGGCTCATTTCGAGAAAATTCCAAGAGTGATGATTATGAAAACGATGCCTTTGATAGACGGGCTTGA 2238 0.4754 MAPKKHAYTSTPVIKTISLVAGMAFLGRVGNILKQTTNRKVSSELCSFPSVFQATRRRMSNAPTSRLYIGGVSYSMDEQSLREICSKYGQVIDARLVMDRETGRPRGFGFITYSTVEEASSAIQGLDGQDLQGRRVKVNFADERPRGGFGAGAGYQGSYGNSPYGASASDGGYGDAGGGNATEGWSGGYGDGSRTGGSFGGSNFGCNYDDTGAYGGNAAGGYGTGGSIGIAGAYGGNDAGGYGTGGSIGVAGAYGSNAARGYGSGGYVGESGDSFGGSSSGKNYNDAGACGGNASGGNGSGGYGGSSNAAGGYGSSPYGSGSVRSPGNSNSGKNYGAAGGYGSGGHGGGSGGSFGGSSSGNNYVAAVGYKGSGTSFGNAGSFASGDTYNDGTGRNYGVAVSGEGKTGNYGNTPGSGYGSFAAVGYGKNNSYDSSAGFGKNNTHDSSAGFGGNYAAAAGIGKNNTYDSSAGFGGSSSHGSTAVGGRPSTAGYDGGSVSSPGDTKSGKNYGDAGVYGGNAAGGYSSSGYGGGSGGSFRVRSSGNNYGAGGGYSGSGTSVGNAGSFASSNTYNDGPGGGYGGKSGNYGVSVSKGNTGNCGNAPGTGYGSFAASGAFGKNNTYDSSAGFGKNNTHDSFAGFGVSSSYGSTAGGGSQSFARNQHPGSATAYGSGGDQSFASSQHPGSATADGNGRTSTGSAIAGGHYGSSGQFGSNKCRNLGQHGGDFGGSFRENSKSDDYENDAFDRRA 745
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Spst9g02493 745 MobiDBLite consensus disorder prediction 728 745 - -
Spst9g02493 745 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 67 137 IPR000504 GO:0003723
Spst9g02493 745 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 58 170 IPR035979 GO:0003676
Spst9g02493 745 SMART rrm1_1 66 139 IPR000504 GO:0003723
Spst9g02493 745 MobiDBLite consensus disorder prediction 647 745 - -
Spst9g02493 745 MobiDBLite consensus disorder prediction 473 504 - -
Spst9g02493 745 CDD RRM2_NsCP33_like 66 141 - -
Spst9g02493 745 PANTHER TRANSFORMER-2-RELATED 35 145 - -
Spst9g02493 745 Gene3D - 33 159 IPR012677 -
Spst9g02493 745 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 65 143 IPR000504 GO:0003723
Spst9g02493 745 MobiDBLite consensus disorder prediction 647 714 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Spst9g02493 Spst-Chr9 58733997 58740003 Dispersed/Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Spst9g02493 29 144 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT3G16380 36.207 1.82e-10 62.4
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Spst9g02493 K12741 - ccaj:109815980 414.075