Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Seca7g04617 ATGGAGGTTGCTTTTTCTGCGTCTGCTAAATGGGTTTTCAATGTCTGCTTCTTGTTGCTTCTTGTGTCACTCATTGGAGAAGAAGCCATGGCCACACCACAGATCTCTCTGCTCAGGAATATTGAAGTTGAATCACACAGGTTGCAAAGCTTCAACGACTCATCAATGGTGGCAAGGGCAAAAGAGGCTGAGAAATTGAATGAGGGTGCTGCGGTGGCTAACCCAGAAGAGGTGGCTTCTATGGTTGAAATGAACATCCAGAATAGCACTGAAAGAAGAAAGCTTGGATTTTTCTCCTGTGGAACTGGTAACCCCATTGATGATTGCTGGCGTTGTGACCCCAATTGGCAACGTAACAGGAAGCGCCTTGCAGATTGTGGCATTGGTTTTGGTAGAAATGCCATTGGTGGCCGTGATGGAAAGTTCTATGTTGTTACTGACCCAAGAGATGATGACCCTGTTAACCCCAAGCCTGGAACTTTGCGCCATGCTGTTATCCAAGACAGGCCTCTTTGGATTGTGTTCAAGAGGGACATGGTTATTCAGTTGAAGCAAGAGCTCATTGTGAACAGCTTCAAGACAATTGATGGAAGAGGAGCCAATGTCCACATTGCTAATGGAGGGTGCATCACAATCCAGTATGTTACTAATGTCATCATTCATGGCCTTCACATCCATGACTGCAAACCCACAGGAAATGCCATGGTGAGGAGCTCCCCAACACACTTTGGATGGAGGACAATGGCTGATGGAGATGCTGTCTCCATATTTGGCTCAAGTCATATTTGGGTTGATCACAATTCCTTGTCCCATTGTGCTGATGGTCTTGTGGATGCTGTCATGGGCTCAACAGCTATAACAATTTCTAACAACCACTTCACCCACCACAATGAGGTGATTCTGCTGGGCCACAGTGACTCTTACACAAGAGACAAACAAATGCAAGTGACCATTGCATATAACCATTTTGGAGAGGGACTTATCCAGAGAATGCCACGGTGTAGACATGGATATTTCCATGTGGTGAACAATGACTACACTCACTGGGAGATGTATGCTATTGGTGGAAGTGCTAACCCCACCATCAACAGCCAGGGAAATAGATACAATGCTCCTGTTAACCCTTTTGCCAAGGAGGTAACTAAGAGAGTTGAAACAGCTGAAAGTCAGTGGAAAGGTTGGAATTGGAGGTCAGAGGGAGATTTGTTGCTGAATGGAGCTTACTTCACCCCATCAGGAGCTGGAGCCTCAGCAAGCTATGCAAGGGCATCAAGCTTAGGAGCTAAATCATCTTCTATGGTTGGTGCCATGACTTCTAATGCTGGTGCACTTGGTTGCCGCAGGGGGCGTCAATGCTAG 1359 0.4643 MEVAFSASAKWVFNVCFLLLLVSLIGEEAMATPQISLLRNIEVESHRLQSFNDSSMVARAKEAEKLNEGAAVANPEEVASMVEMNIQNSTERRKLGFFSCGTGNPIDDCWRCDPNWQRNRKRLADCGIGFGRNAIGGRDGKFYVVTDPRDDDPVNPKPGTLRHAVIQDRPLWIVFKRDMVIQLKQELIVNSFKTIDGRGANVHIANGGCITIQYVTNVIIHGLHIHDCKPTGNAMVRSSPTHFGWRTMADGDAVSIFGSSHIWVDHNSLSHCADGLVDAVMGSTAITISNNHFTHHNEVILLGHSDSYTRDKQMQVTIAYNHFGEGLIQRMPRCRHGYFHVVNNDYTHWEMYAIGGSANPTINSQGNRYNAPVNPFAKEVTKRVETAESQWKGWNWRSEGDLLLNGAYFTPSGAGASASYARASSLGAKSSSMVGAMTSNAGALGCRRGRQC. 453
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Seca7g04617 452 Pfam Pectate lyase 184 367 IPR002022 -
Seca7g04617 452 Gene3D - 103 445 IPR012334 -
Seca7g04617 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 126 143 IPR018082 -
Seca7g04617 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 423 446 IPR018082 -
Seca7g04617 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 394 418 IPR018082 -
Seca7g04617 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 250 271 IPR018082 -
Seca7g04617 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 186 202 IPR018082 -
Seca7g04617 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 150 175 IPR018082 -
Seca7g04617 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 352 371 IPR018082 -
Seca7g04617 452 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 330 349 IPR018082 -
Seca7g04617 452 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 72 450 IPR045032 GO:0030570
Seca7g04617 452 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 80 446 IPR011050 -
Seca7g04617 452 SMART amb_all 178 375 IPR002022 -
Seca7g04617 452 FunFam Pectate lyase 103 445 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Seca7g04617 Seca-Chr7 138878530 138883923 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Seca7g04617 34 452 Polysaccharide Lyase AT4G13710 80.189 0.0 724
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Seca7g04617 K01728 - gmx:100808253 845.499