Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Seca3g03202 ATGGCTTTCTTTGGTAAAGTTGGGAATATAGTAAGGCAAGTAACGAATAGGAAAATCAGTTCAGAGTTATGTTCGTTGCCATCTGTTTTCCAAGCTATACGGTGCTTGTCAAATTCTCCAAGTTCAAAGCTGTTTATAGGAGGTGTTTCATATTCAACCGATGAACAAAGTTTGAGGGAAGCTTTTTCAAAATATGGCGAAGTTCTTGACGCAAGAATAATTATGGATCATGAAACTGGTAGGTCCAGAGGATTTGGCTTTATTACTTATACTACCGTTGAGGAGGCATCAAGTGCCATTCAGGCCTTGGATGGAAAGGATCTACATGGTCGCCAGGTTAAGGTAGATTTTGCTAATGAAAGACAGCGTGGATTTGGTGGTGGTGGTTTTGATGGATCATATGGCAACACTTCCTATGGTGCTGGAGCTAGCACTGGATATCCAGGTGGTTATGGTAATGCTCCATATGGTGCTGCTTCAAGTGGTGGTGTATACGGTGATGCTGGTAGCTATGGTGGCAATGTCCCTGGAGGTTATAGTAGTGGTGGATATGGTGGAGGTGGCTATGGATCAGGTAGCAATTTTGGGGGCAGCAGCCCTGGCCATAACTATGGTGCTGATGACAATACTAAAAGTGCTGGTGGCAGTTACAGTGGAAGTGGAATCAATTATGGGAATGATGGTAGCTTCTCAAGTGGAAGTGGAATCAATTATGGGAATGATGGTAGCTTTGCAAGTGGAAGTGGAATCAATTATGGGAATGATGGTAGCTTTGCAAGTGGAAGCACTTACAATGCTGGAACCAGTCCAGGTTATGGTGGTAACAATGGGAATAATGGTGCTGCTGTGGGTGGTAGAGAAAATGATACTGTTAACTATGGTAAAGCTGATGCTGGTGGAGGTTATGGTAGCTATGATGCTGCTTCTGGATATGGCAAGAGTGTTAACTATGATAATTCTGGCAATAACTATGGTGCTGATGACAGTACCAGAAGTGCTGGTGGCATTTACCGTGGAAGTGGAATGAATTATGGGAATGATGGTACCTTTACAAGTGGAAGTGCAATGAATTGTGGGAATGGTGGTAGCTTTGCAAATGGAAACACTTACAATGTTGGAACTAGTGGAGGTTATGGTGGTAAAAATGGGAATTATGGTGCTGCTGTGGGTGGTGGAGAAAGTGACACTGTCAACTATGGTAGTGCTGCTGCTGCTGGAGGTTATGGTAGTTACGGTGCTGCTTCCGGATATGGCAAGAGTAATAATTATGATAGTTCTGCTGGATTTGGTAGTAGGGATAATTATTTTGATGCTGGTGGTGGTGGCAGCAACAATTTTGGTAGTAGTCAGCACCCTGGAAGTGCCATGGGGTATGGCAGTGGTCGTAACAGTGCCTTTGCTGGTGGATATGATGGAAGCAAAGGACTGGGATACGACAACAATGGCCCACTGGATAGCAATCAAAGAAATGTGGGTGAGGATTTTGGAGGTTCTATGCAAGAAAATTTGAGGAATAATGATAATGAAACGGGTGCATTTGCTAAATGGGCTTGA 1554 0.4369 MAFFGKVGNIVRQVTNRKISSELCSLPSVFQAIRCLSNSPSSKLFIGGVSYSTDEQSLREAFSKYGEVLDARIIMDHETGRSRGFGFITYTTVEEASSAIQALDGKDLHGRQVKVDFANERQRGFGGGGFDGSYGNTSYGAGASTGYPGGYGNAPYGAASSGGVYGDAGSYGGNVPGGYSSGGYGGGGYGSGSNFGGSSPGHNYGADDNTKSAGGSYSGSGINYGNDGSFSSGSGINYGNDGSFASGSGINYGNDGSFASGSTYNAGTSPGYGGNNGNNGAAVGGRENDTVNYGKADAGGGYGSYDAASGYGKSVNYDNSGNNYGADDSTRSAGGIYRGSGMNYGNDGTFTSGSAMNCGNGGSFANGNTYNVGTSGGYGGKNGNYGAAVGGGESDTVNYGSAAAAGGYGSYGAASGYGKSNNYDSSAGFGSRDNYFDAGGGGSNNFGSSQHPGSAMGYGSGRNSAFAGGYDGSKGLGYDNNGPLDSNQRNVGEDFGGSMQENLRNNDNETGAFAKWA. 518
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Seca3g03202 517 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 38 151 IPR035979 GO:0003676
Seca3g03202 517 SMART rrm1_1 43 116 IPR000504 GO:0003723
Seca3g03202 517 FunFam Glycine-rich RNA-binding protein 3, mitochondrial 12 143 - -
Seca3g03202 517 MobiDBLite consensus disorder prediction 477 517 - -
Seca3g03202 517 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 44 114 IPR000504 GO:0003723
Seca3g03202 517 Gene3D - 30 135 IPR012677 -
Seca3g03202 517 CDD RRM2_NsCP33_like 43 118 - -
Seca3g03202 517 MobiDBLite consensus disorder prediction 480 509 - -
Seca3g03202 517 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 42 120 IPR000504 GO:0003723
Seca3g03202 517 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 87F-RELATED 27 218 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Seca3g03202 Seca-Chr3 57581508 57584809 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Seca3g03202 42 189 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT2G36660 27.815 8.34e-11 62.8
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Seca3g03202 K12741 - ccaj:109815980 291.582