Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sebi94g00044 ATGGCAACAAACCCCATTGATAGGTGTTGGAGGTGTGACCCTAATTGGGCAAACAACCGCAAGAAGCTTGCAGATTGTGTGCAGGGTTTTGGAAGAAACACTGTTGGAGGAAAGTATGGTCCAATCTATGTGGTAACTGATCCATCAGATAATGACATGCTCAATCCAAAAGAAGGTACCCTTAGGCATGCAGTTACAAGAAATGGACCCTTATGGATTATCTTTGCCCGTAGCATGAACATTAGGCTCAACCAGGAGCTCATAATGACAAGTAACAAGACCATTGATGGGAGAGGAGCTGATGTTTACATTGCTAATGGGGCTGGTATTACGATCCAGTTCATTAACAATGTGATCATCCATGGGATTAAAATCTTTGACATTCAGGTTGGCACTGGTGGTCTTATTAGAGATTCTGAGGACCACTTTGGTCTAAGGACTGTGAGTGATGGTGATGGAATTTCCATCTTTGGCTCCAGCAATGTTTGGATTGATCATGTTTCCATGAGAAACTGCAGAGATGGACTCATAGATGCCATTATGGGATCCACTGCTATTACCATCTCCAATGGCCATTTCACAGATCACAACGAGGTGATGTTGTTTGGTGCCAGTGACAGCTATGATGGTGATAAGAGAATGCAGATCACACTAGCATTCAACCACTTCGGTAAGAGATTAGTCCAAAGGATGCCAAGGTGCAGATGGGGTTTTGTCCATGTGGTTAACAATGACTACACTCATTGGGAAATGTATGCCATTGGTGGTAGCAAGCACCCTACCATTATTAGTGAGGGTAACCGATTCATAGCCCCTGACAACAACTTCGCTAAAGAGATAACAAAGAGGGAATACTCACCAGAGCTAGAATGGAAAAACTGGCAATGGAGATCAATTGATGATGCTTATATGAATGGAGCATTTTTCAGACAAGCTGGGCCTGAACTGACAAACAGACCATTTTCAAGGCAGGACATGATAAAAGCTAAGCCTGGATCATATGTGGGAAGGCTTACTCGCTATGCTGGCAGTCTTAGATGCATAGTGGGAAAAGCTTGTTAA 1062 0.4331 MATNPIDRCWRCDPNWANNRKKLADCVQGFGRNTVGGKYGPIYVVTDPSDNDMLNPKEGTLRHAVTRNGPLWIIFARSMNIRLNQELIMTSNKTIDGRGADVYIANGAGITIQFINNVIIHGIKIFDIQVGTGGLIRDSEDHFGLRTVSDGDGISIFGSSNVWIDHVSMRNCRDGLIDAIMGSTAITISNGHFTDHNEVMLFGASDSYDGDKRMQITLAFNHFGKRLVQRMPRCRWGFVHVVNNDYTHWEMYAIGGSKHPTIISEGNRFIAPDNNFAKEITKREYSPELEWKNWQWRSIDDAYMNGAFFRQAGPELTNRPFSRQDMIKAKPGSYVGRLTRYAGSLRCIVGKAC 353
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sebi94g00044 353 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 230 249 IPR018082 -
Sebi94g00044 353 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 26 43 IPR018082 -
Sebi94g00044 353 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 150 171 IPR018082 -
Sebi94g00044 353 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 294 318 IPR018082 -
Sebi94g00044 353 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 252 271 IPR018082 -
Sebi94g00044 353 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 86 102 IPR018082 -
Sebi94g00044 353 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 324 347 IPR018082 -
Sebi94g00044 353 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 50 75 IPR018082 -
Sebi94g00044 353 Pfam Pectate lyase 87 269 IPR002022 -
Sebi94g00044 353 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 4 344 IPR011050 -
Sebi94g00044 353 SMART amb_all 78 275 IPR002022 -
Sebi94g00044 353 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 2 351 IPR045032 GO:0030570
Sebi94g00044 353 Gene3D - 3 346 IPR012334 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Sebi94g00044 Sebi-Chr94 620194 621578 Dispersed/Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Sebi94g00044 1 353 Polysaccharide Lyase AT1G14420 68.715 0.0 511
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sebi94g00044 K01728 - gmx:100796307 661.373