Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sebi71g00099 ATGACCACCTCAACCTCACTACTCCTCTTGCTCTCATGCATCTTATTACACCAACATGCTTTAAGCTTGGTTAATGCCTCTTCCTACTACAGCACCACTTCTCAATCCATTTCCAAGACCAAGAAAGCATTTTTCAACGAGATAGACTCTTGCTGGCGGGCCAATTCAAATTGGGCATCAAATCGCCAAGCCTTGGCTGATTGTGCAATTGGTTTTGGCAAAGATGCCATTGGAGGCAAGTATGGGCCAATATATGTAGTCACAGATCCCTCTGATGACCCTGCAAACCCAAAACCAGGCACACTTCGTTATGGGGCAATCCAAAGTAAGCCCCTTTGGATCATTTTTGAGAGGAACATGGTTATAACACTAGAGAATGAGCTTATAATGAATAGCTACAAGACCATTGATGGGAGAGGAGCTAAAGTGGAGATTGCAAATGGGCCTTGTATTACAATACAAGGTGTTAGCCATGTTATTATACATGGCATTAGCATCCATGATTGTAAGCCAAGCAAGGCTGGCCTTGTGAGGAGTACTCCTGACCATGTTGGCCATCGTAGAGGCTCTGATGGAGATGCTATTAGTATTTTTTCTTCCTCAAATGTTTGGATTGATCATTGCTTTTTGGCTCGTTGTGCTGATGGCCTAATTGATATTATTCATGCCTCAACTGCCATTACAGTTTCTAACAATTACTTAACCCAGCATGACAAAGTTATGTTGCTAGGACACAATGACCAATACACAGCAGATAAAATCATGAGAGTTACAATTGCCTTCAACAGGTTTGCTAGTGGCCTAACTGAAAGGATGCCAAGGGTGAGATTTGGTTATGCTCATGTGGTCAACAACAAATATGATGAATGGAGAATGTATGCTATAGGTGGTAGTGCTAACCCAACCATTTTAAGTGAAGGGAATTTTTATATAGCACCAAATAACCCAAGTGCAAAACAGATTACCAAGAGGGAAGTGAAGGAAAAGTGGAACGGTTGGAAATGGAGGTCTTCTAAGGATGTATTCTTGAATGGTGCTTATTTTGTACCATCTGGGTATGGAAGTTGTGCCCCAAATTATTCTCCTTCCCAATCTTTTGCAGTTGTTCCAGCGTACATGGTGCCTGCAATAACTCTCAATGCCGGTCCCTTGAATTGTGTTGTTGGGAAAGCATGTTAG 1179 0.4207 MTTSTSLLLLLSCILLHQHALSLVNASSYYSTTSQSISKTKKAFFNEIDSCWRANSNWASNRQALADCAIGFGKDAIGGKYGPIYVVTDPSDDPANPKPGTLRYGAIQSKPLWIIFERNMVITLENELIMNSYKTIDGRGAKVEIANGPCITIQGVSHVIIHGISIHDCKPSKAGLVRSTPDHVGHRRGSDGDAISIFSSSNVWIDHCFLARCADGLIDIIHASTAITVSNNYLTQHDKVMLLGHNDQYTADKIMRVTIAFNRFASGLTERMPRVRFGYAHVVNNKYDEWRMYAIGGSANPTILSEGNFYIAPNNPSAKQITKREVKEKWNGWKWRSSKDVFLNGAYFVPSGYGSCAPNYSPSQSFAVVPAYMVPAITLNAGPLNCVVGKAC 392
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sebi71g00099 392 SMART amb_all 119 316 IPR002022 -
Sebi71g00099 392 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 293 312 IPR018082 -
Sebi71g00099 392 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 333 357 IPR018082 -
Sebi71g00099 392 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 68 85 IPR018082 -
Sebi71g00099 392 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 363 386 IPR018082 -
Sebi71g00099 392 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 91 116 IPR018082 -
Sebi71g00099 392 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 271 290 IPR018082 -
Sebi71g00099 392 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 191 212 IPR018082 -
Sebi71g00099 392 PRINTS Pollen allergen Amb family signature 127 143 IPR018082 -
Sebi71g00099 392 Gene3D - 45 385 IPR012334 -
Sebi71g00099 392 PANTHER PECTATE LYASE 18-RELATED 28 390 IPR045032 GO:0030570
Sebi71g00099 392 SUPERFAMILY Pectin lyase-like 44 383 IPR011050 -
Sebi71g00099 392 Pfam Pectate lyase 129 310 IPR002022 -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Sebi71g00099 Sebi-Chr71 1062769 1064208 Wgd
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Sebi71g00099 6 392 Polysaccharide Lyase AT1G11920 66.753 0.0 544
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sebi71g00099 K01728 - gmx:100807483 644.425