Gene search

Sequence information

Select Gene Cds Cds_length GC_content Pep Pep_length
Sebi644g00011 ATGAAGCATGAGGCTAAAGGGGTTCTCGAAGACAAGCATGTTATAGATGGAAGAACGGTTGATGCAAAGAGGGCATTCTCAAGAGAGGATCAACAAATTTCTGTCACTTCTAGGGCCGGAAATCCCAATTCTGGTATGAATTCTGGAAATGGTGGAAATGTCAGGACCAAAAAGATATTTGTTGGAGGGCTGCCTCCTACCCTGACTGAAGAAAAGTTTCGTCAGTACTTTGAATCTTATGGGCATGTAACTGATGTAGTAGTCATGTATGACCAGAATACTGGACGACCACGGGGATTTGGTTTTATTTCATTTGATACTGAGGAGGCAGTTGATAGGGTTTTGCACAAGTCATTTCATGATTTAAATGGTAAACAAGTAGAGCCCCAAAGTGCTGCAGGTGGATTCCCACCTTATGGTTCTTCTGCCTATAGTGCTCCTGGATATGGGTATGGTTCGGCTAATAATGGCATGGGTTATGGTGCATATGGAAGTTATGGTGGTGCCACTGCTGGGTATGGTGGACCTGCTGCTGCAACGTACGGGAATCCCAATGTCCCTAATGCTGCTTATGCTGGTGGTCCACCAGGTGGCCCAAGGAGTTCATGGCCTGCTCAGCCTCCCTCTGGTTATGGGTCTATGGGTTATGGGAACACTGCCCCTTGGGGTGCTCCAAGTGGCGGTGCAGGGTCTGGTGGTGGCGGCCCTGGTTCAGCAGCTGCAGGTCAATCCCCTAGTGGAGCTACTGGATATGGGAATCAAGGTTATGGATATGGTGGATATGGTGGGTATGGTGGAAGTGATAGTTCTTACGGGAATCCAGGTGTATATGGTGCTGTTGGAGGGCGCACTGGGAGTACTCCAAATAGTAATGCCAGTGGTCCCGGTGGGAGTGAACTACAAGGTAGTGGTGGCAGTGGAAGCTATATGGGCAGTGGCTATGGGGATGCGAATGGAAACTCAGGTTATGGAAATGCAGCTTGGAGATCTGAACAAGGTCAAGCACCTGGAAATTATGGGACTCCTCAGGGAAATGGTGCCCATGGTGGGCAAGTTGGTTATGGTGGTGGCTATGGTGGTGCTCAGTCTCGACAAGCCCAACAGCAGTAA 1110 0.4919 MKHEAKGVLEDKHVIDGRTVDAKRAFSREDQQISVTSRAGNPNSGMNSGNGGNVRTKKIFVGGLPPTLTEEKFRQYFESYGHVTDVVVMYDQNTGRPRGFGFISFDTEEAVDRVLHKSFHDLNGKQVEPQSAAGGFPPYGSSAYSAPGYGYGSANNGMGYGAYGSYGGATAGYGGPAAATYGNPNVPNAAYAGGPPGGPRSSWPAQPPSGYGSMGYGNTAPWGAPSGGAGSGGGGPGSAAAGQSPSGATGYGNQGYGYGGYGGYGGSDSSYGNPGVYGAVGGRTGSTPNSNASGPGGSELQGSGGSGSYMGSGYGDANGNSGYGNAAWRSEQGQAPGNYGTPQGNGAHGGQVGYGGGYGGAQSRQAQQQ 369
       

Annotation information

Select Seq ID Length Analysis Description Start End IPR GO
Sebi644g00011 369 Gene3D - 53 132 IPR012677 -
Sebi644g00011 369 ProSiteProfiles Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. 57 128 IPR000504 GO:0003723
Sebi644g00011 369 SMART rrm1_1 58 130 IPR000504 GO:0003723
Sebi644g00011 369 MobiDBLite consensus disorder prediction 272 369 - -
Sebi644g00011 369 MobiDBLite consensus disorder prediction 283 345 - -
Sebi644g00011 369 SUPERFAMILY RNA-binding domain, RBD 55 161 IPR035979 GO:0003676
Sebi644g00011 369 MobiDBLite consensus disorder prediction 23 54 - -
Sebi644g00011 369 Pfam RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) 59 125 IPR000504 GO:0003723
Sebi644g00011 369 CDD RRM2_Hrp1p 58 132 - -
Sebi644g00011 369 PANTHER HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN 1 7 130 - -
Sebi644g00011 369 MobiDBLite consensus disorder prediction 29 54 - -
Sebi644g00011 369 MobiDBLite consensus disorder prediction 227 246 - -
Sebi644g00011 369 MobiDBLite consensus disorder prediction 192 216 - -
       

Duplication type information

Select Gene Chromosome Start End Duplicated_type
Sebi644g00011 Sebi-Chr644 141089 151045 Transposed
       

Functional genes information

Select Gene Gene_start Gene_end Function Ath_gene Identity(%) E-value Score
Sebi644g00011 59 120 Eukaryotic Initiation Factors Gene Family AT2G36660 41.270 4.54e-08 53.1
       

Pathway information

Select Query KO Definition Second KO KEGG Genes ID GHOSTX Score
Sebi644g00011 K14411 - gmx:100811267 428.713